爆發初期
乾隆六十年(1795年)，湖北各地白蓮教首，祕商在“辰年辰月辰日”(嘉慶元年三月初十)共同起事，讓教徒製備刀把火藥。白蓮教的迅速發展和其反清內容，引起了清政府的嚴重不安，清廷遂下令大規模搜捕白蓮教徒。大批教首、教徒被捕遇害，地方官則以查拿邪教爲名，行敲詐勒索之實。“不論習教不習教，但論給錢不給錢”，“不遂所欲，即誣以邪教治罪”。各地教首遂以“官逼民反”爲口號，號召教徒奮起反抗。
嘉慶元年正月初七(1796年2月15日)，湖北宜都、枝江一帶首領張正謨、聶傑人等因官府查拿緊急，被迫提前發起反抗。長陽、來鳳、當陽、竹山等縣教徒接踵而起。三月初十，襄陽地區的教徒，在王聰兒、姚之富等率領下，按原定日期起義。各路教亂軍，互不相屬，各自爲戰，所據山寨或縣城，多被清軍各個擊破。唯有襄陽教亂軍採取流動作戰的策略，力量迅速壯大，成爲湖北教亂軍的主力。
在湖北白蓮教亂影響下，四川各地的白蓮教徒也紛紛響應。九月，達州教首徐添德，東鄉(今四川宣漢)教首王三槐、冷天祿等皆各率衆發動暴亂。
流動作戰
嘉慶二年(1797年)初，襄陽教亂軍又開始了大規模流動作戰，轉戰於湖北、四川、河南、陝西，後分三股進入四川。清軍只尾隨其後，疲於奔命。七月，四川教亂軍被清軍圍困，襄陽教亂軍趕到解圍，在東鄉與四川教亂軍會師。各路教亂軍按青、黃、藍、白分號，設立掌櫃、元帥、先鋒、總兵等職。然而，小生產者固有的分散性與保守性，使教亂軍並未真正聯爲一體，各股仍然各自爲戰，分散行動。
同年，清廷合州知州龔景瀚獻“堅壁清野”之策，嘉慶帝親政後立即採用。白蓮教活動遇到極大困難，他們不得不離開川東北的根據地轉戰他處。清軍終於奪得了戰爭的主動權。襄陽士紳樑友谷、南充知縣曾自柏、梁山知縣方積都憑藉這一策略捍衛了一方安定。
嘉慶三年(1798年)三月，襄陽教亂軍在湖北鄖西被清軍包圍，首領王聰兒、姚之富跳崖犧牲，餘部仍繼續鬥爭。四川教亂軍也受到重大損失。餘部在張漢潮等率領下，與四川義軍聯合 。
清廷整肅
乾隆末年，乾隆帝崇奢之風對敗壞的吏治起到推波助瀾的作用，其寵臣和珅的擅權結黨更是使腐敗進一步加深，庫銀連年銳減，吏治每況愈下，川楚白蓮教亂爆發後地方局勢趨於惡化。對於前朝之弊與當朝之患，嘉慶帝心裏十分清楚，改革的關鍵在吏治，而整飭吏治的關鍵在於懲辦和珅。嘉慶四年(1799年)正月初三，太上皇乾隆帝駕崩，嘉慶帝立即對和珅及其黨羽採取了行動。直接將白蓮教久剿不滅歸罪於和珅。和珅一黨的覆滅在一定程度上緩和了階級矛盾，安定了民心。和珅滅而綱紀肅，嘉慶帝終於掌握朝中人事行政大權，從而加快了平定白蓮教亂的進程。
嘉慶帝在明確整肅對象之後就立即採取了行動，首先針對的必然是川楚前線大將。據統計，嘉慶帝自嘉慶四年(1799年)親政到嘉慶七年(1802年)白蓮教覆滅的這四年裏，於川陝楚前線作戰主要的二十三位一、二品大員，都受過或重或輕的處罰。同時下令各路糧官按旬開報、按月匯奏，軍中亂支軍餉的情況終於有所好轉，提高了軍隊的戰鬥力。
鎮壓川楚教亂久戰無功，嘉慶帝認爲單純的軍事手段並不能迅速取得戰爭的勝利。於是，嘉慶帝在親政之後立即逮捕四川達州知州戴如煌、武昌府同知常丹葵等官逼民反的“禍端”。嘉慶四年(1799年)七月，嘉慶帝下令捉拿殺降卒冒功的達州候命福寧，下詔罪己。嘉慶帝又以勒保爲經略大臣，明亮、額勒登保爲參贊大臣，節制川、陝、楚、豫、甘五省官軍進擊，從而統一前線指揮。並曉諭州縣辦團練，依山隘寨堡，扼守要路，堅壁清野，攻撫並施，使義軍處境艱難，荊州教匪首領張漢潮等相繼犧牲。嘉慶四年(1799年)底，亂軍首領冉天元率部由陝返川，大敗額勒登保部 。
由於八旗、綠營兵丁在鎮壓白蓮教的戰爭中表現十分不力，嘉慶帝在裁撤滿族帶兵大員的同時重用漢族地主武裝，也就是其後著名的團練、鄉勇。楊遇春、楊芳與羅思舉是漢族地主武裝的傑出代表，二楊隨從額勒登保轉戰川陝，功勳卓著。平定教亂之後，楊遇春因功升至陝甘總督，楊芳官至甘肅提督。
平定教亂
嘉慶五年(1800年)正月，亂軍首領冉天元又聯合各路義軍搶渡嘉陵江，於蓬溪再敗清軍，斬總兵朱射鬥。不久，集兵江油，以伏擊再敗清軍。後因地主團練增援，冉天元被俘殺，餘部萬餘人南下川西腹地，成都戒嚴 [1] 。嘉慶五年(1800年)三月以前，教亂軍處於發展、壯大階段。教亂軍因得到各地人民的支持，所到之處，有羣衆提供屋舍給他們居住藏匿，有衣食、火藥來不斷接濟他們，有騾馬和草料以備他們隨時使用，且有各地教徒爲亂軍作爲嚮導，多次重創清軍。嘉慶五年(1800年)四月四川江油馬蹄岡戰役以後，起義始轉入低潮。
嘉慶五年(1800年)，清廷提出“隨剿隨撫，但治從逆，不治從教，剿撫並施”的策略，將參與謀反之“亂民”與習教之“教民”區分開來處置，收效甚好。同時清廷又拿出一套實事求是的招撫措施，“其綏靖之法有三，或清查叛產，或量給流亡絕產，或於南山老林墾荒”，在墾荒地區，嘉慶帝還增設提督、總兵加強軍事統治。爲加快平定白蓮教亂的進程，嘉慶帝提出“不論教不教，但論匪不匪”的觀點。嘉慶五年(1800年)七月，因勒保在川經略半載無功，嘉慶帝又以額勒登保爲經略大臣，對白蓮教採取“迎截夾擊”的戰略，效果顯著，川楚白蓮教陷入困境。
此後，清廷用分而治之的辦法瓦解了教亂軍。嘉慶六年(1801年)，清廷頒佈《御製邪教說》，強調將參與造反的“首逆”與受愚弄脅迫的“附衆”區別對待，一些教徒或臨陣投降，或因朝廷招撫策略的推行而歸順，這些措施加快了平定川楚教亂的進程。
白蓮教亂人數從十幾萬減至幾萬人，許多重要將領相繼犧牲。清政府的“堅壁清野”與“寨堡團練”之策，已逐漸推廣併發揮作用。通過築寨堡、並村落，令百姓移居其中，將民間糧秣給養充實其內，又訓練丁壯，進行防守，從而切斷了教亂軍同人民間的聯繫，使之無法得到糧草與兵源的補充，力量日漸枯竭。
嘉慶六年(1801年)下半年，白蓮教亂軍活動基本上只限於川楚陝邊境地區，轉戰在萬山老林之中，人數已不超過兩萬四千，而圍剿的清軍，則十倍於此。教亂軍在極端艱苦的條件下，堅持戰鬥，至嘉慶九年(1804年)九月，起義終告失敗。
戰爭結果
嘉慶三年(1798年)，襄陽白蓮教軍在湖北鄖西被包圍，王聰兒、姚之富皆跳崖自殺。此後，清朝推行團練和堅壁清野戰術，築起大量寨堡，將村落百姓強行移居其中，又訓練團練進行防守，從而切斷白蓮教軍隊的糧草與兵源。至嘉慶九年(1804年)，白蓮教軍隊被全部鎮壓。
失敗原因
沒有明確政治綱領
川楚陝五省白蓮教亂從性質上來說是一次披着宗教外衣的農民階級領導的起義，“所謂宗教戰爭也根本是爲着十分明確的物質的階級利益而進行的，這些戰爭……都是階級鬥爭。” 從本質上講，白蓮教亂仍然是農民階級反對地主階級的階級鬥爭，“一切社會變遷和政治變革的終極原因，不應當在人們的頭腦中，而應當在生產方式和交換方式的變革中去尋找”。
教亂軍主要由破產農民、失業工人、流民、棚民及僱工組成，教亂軍的領導階級實際上是分散經營的小生產者，他們思想意識保守、狹隘，與歷史上無數次的農民起義一樣，由於其階級的侷限性，白蓮教的領導階層仍然不可能提出徹底解放他們的政治綱領。白蓮教亂前川楚陝社會這種特殊的社會經濟關係，決定了參加起義的階層的階級性質，從而制約了白蓮教亂不可能提出明確的政治綱領。
白蓮教亂軍所採取的軍事行動，僅爲解決生活問題，沒有遠大的目標，也提不出進一步的政治綱領，而這種沒有革命遠景的單純軍事行動，不可能經常鼓舞羣衆的鬥志，以號召農民來反抗統治階級。勞動人民跟着白蓮教起來反抗清朝統治者的剝削與壓迫只是暫時的現象，白蓮教亂軍很難取得廣大人民羣衆長期的支持與清軍進行長期的鬥爭。階級的侷限性決定了他們不可能去奪取封建政治重心的城市，更不可能建立自己的根據地來保存和發展自己的實力。
流寇主義風氣
游擊戰爭是中國曆代農民起義反抗統治階級的主要鬥爭形式，但如果僅僅停留在游擊戰爭上，不把大小隊伍匯合壯大進行集中統一的鬥爭，是不可能取得最終的勝利的。白蓮教亂軍多由破產農民、手工業者、城市無產遊民及農場僱工組成，中途更有大量流民加入，他們都受到官僚、地主及手工業場主的剝削及壓迫，生活朝不保夕、漂泊不定，經濟地位很不穩定。加入教亂軍之後，自然會把原來的經濟生活習慣及所帶有的意識帶進亂軍的隊伍，這種社會根源導致了白蓮教亂軍在整個起義過程中都採取了流寇主義的作戰方式。例如白蓮教亂初期，襄陽教亂軍從嘉慶二年(1797年)正月到同年十二月，在一年的時間內，兩次進入陝西，兩次進入四川，繞三省邊界轉了半個圈子，行程幾千公里。白蓮教亂軍在漢水川楚陝南巴老林地區穿來穿去進行東蕩西遊的游擊戰，也沒有建立起穩固的根據地進行統一的戰爭。
在白蓮教亂初期，義軍的力量不夠強大，這種“東蕩西遊”的游擊戰無疑是正確的和必要的，但機械呆板的運用勢必導致教亂軍最後的失敗。對白蓮教亂軍這種流寇式作戰方式，清政府應付闕如，採取了堅壁清野、築堡團練的政策。白蓮教始終處於清政府軍隊的追剿下。清政府“堅壁清野”的政策，切斷了亂軍與當地人民羣衆的聯繫，使白蓮教亂軍的糧食和兵員得不到補充，教亂軍受到重大打擊，軍事行動難以爲繼，最終導致了教亂軍的失敗。
內部宗派主義
白蓮教亂軍本身是一個個狹隘的小集團組成，它以自然經濟爲基礎，爲一個社會特定的階層或特定的集團利益服務。它幾乎吸收了各個階層的人物，由於各自利益不一致，在反對清政府封建剝削和階級壓迫前進的道路上，必然會有所分化，必然會產生宗派主義。在清政府招撫政策宣傳之後，很多已加入白蓮教義軍的下層羣衆開始動搖。清政府的這些政策，使得“困極思安”、“久勞思息” 的白蓮教亂軍紛紛乞降、投誠，出現了“賊夥自行投誠及難民由賊營逃出者絡繹不絕”的情況。
戰爭影響
白蓮教大規模起義耗費了清朝政府十六省的數十萬軍力，並導致十餘名提督、總兵等高級武官及副將以下400餘名中級武官陣亡。據統計，清朝前後投入超過兩億兩白銀，相當國庫五年的財政收入，使國庫爲之一空。 而且八旗、綠營等清朝正規軍之腐朽在起義中暴露無遺，清政府被迫依靠地方團練鎮壓起義。
乾隆後期，由和珅帶頭貪瀆，各種社會矛盾激化，官僚大肆兼併土地，貪官污吏橫行。川楚教亂標誌着清朝走向衰落的開始。 川楚教亂平亂不久，直隸、河南、山東諸省又發生天理教領導的天理教之亂。
