二戰結束後，作爲戰後處理的重要一環，同盟國在日本東京設立了遠東國際軍事法庭，根據國際法對發動侵略戰爭的日本戰犯進行了審判。東京審判既是對世界反法西斯戰爭的歷史總結，也是戰後日本和遠東國際關係新格局的起點。
東京審判從1946年5月3日開始，到1948年11月12日結束，前後持續2年半之久，共開庭818次，法官內部會議131次，有419位證人出庭作證，779位證人提供宣誓口供，受理證據4336份，英文審判記錄48412頁。整個審判耗資750萬美元。1948年4月16日，法庭宣佈休庭，以作出判決。11月4日，審判長開始宣讀長達1231頁的判決書，到12日纔讀完。
除東京審判外，同盟國還在馬尼拉、新加坡、仰光、西貢以及伯力等地，對乙、丙級戰犯進行審判。據統計，被同盟國起訴的日本各類戰犯總數爲5423人，被判刑者4226人，其中被判處死刑者941人。
東京審判的歷史功績和意義
遠東國際軍事法庭對日本主要戰犯作出的合乎正義的嚴正判決，對世界歷史產生了重要影響。
第一，東京審判是和平對戰爭、文明對野蠻、正義對邪惡的一次大審判，它既是法律的審判，也是政治的審判，具有劃時代的政治意義和歷史意義。
東京審判以反和平罪、戰爭罪、反人道罪審判戰犯是國際政治和國際法發展的需要。由日、德、意法西斯發動的第二次世界大戰是人類歷史上規模最大、範圍最廣、生命財產遭受最巨大的戰爭，僅以戰爭罪審判直接參加的普通罪犯，無法懲治策劃、發動和指揮侵略戰爭的領導者。只有用反和平罪、反人道罪，才能將策劃、發動和指揮侵略戰爭的領導者押上神聖法庭懲罰其戰爭罪行。
遠東國際軍事法庭根據許多第一手原始資料和1000多人的證詞，覈實了大量史實，系統地揭發和列舉了日本政府和軍部策劃發動侵略戰爭及其在戰爭中犯下的駭人聽聞的種種罪行，尤其是南京大屠殺，在國際社會產生了巨大震動，血腥的鐵的事實表明了日本從九一八事變到太平洋戰爭期間所進行的都是侵略戰爭。遠東國際軍事法庭用法律的手段審判和嚴懲了反和平罪、戰爭罪、反人道罪的策劃、發動和指揮侵略戰爭的戰犯，伸張了和平、正義與人道主義的精神，從而在政治上確認了任何侵略戰爭行爲都是違反國際法，都將受到嚴厲懲罰，這有利於防止戰爭，維護亞太地區乃至世界的和平與穩定，它符合人類進步與世界和平的歷史發展規律。所以，遠東軍事法庭是代表所有戰爭受害國，代表世界人民對戰爭罪犯進行審判，絕不是戰勝國對戰敗國的單方面審判，它的本質是國際正義對法西斯邪惡勢力的審判。
第二，東京審判對國際法的發展特別是國際刑法的發展做出了重大貢獻。
東京審判的軍事法庭的設立是由二戰期間同盟國達成的《波茨坦公告》、《日本投降書》等一系列具有法律約束力的國際文件所確定，遠東盟軍最高統帥部的《特別公告》和《遠東國際軍事法庭憲章》，基於《非戰公約》以及《莫斯科宣言》、《倫敦協定》等國際法或國際文件而制定，它與歐洲軍事法庭判決書一樣，是世界各國公認的關於戰爭的重要的國際法文件，它肯定了反和平罪、戰爭罪、反人道罪等都是違反國際法的罪行。這在國際法上開了先河，促進了戰爭法規的建立與發展，在國際法的理論上和實踐上都具有重大的開拓意義。
東京審判嚴懲反和平罪、戰爭罪、反人道罪，發展了傳統國際法的正當性，將以往國際法中默示的概念首次明示和確定。從法律上講，它則體現了對公平與正義的追求和對國際法體系的完善與發展，絕非勝者對敗者的報復。因而，戰後國際社會將這些犯罪概念普遍化。一旦發生戰爭犯罪，包括組織戰爭的行爲，就會遭到譴責，根據當時國際社會的需要而進行審判。所以，國際社會普遍認爲東京審判是“爲了防止戰爭的發生而在‘國際法上的革命’，具有重要的意義”。
第三，東京審判爲研究日本近現代史、中日關係史、遠東國際關係史和國際法特別是戰爭法規，提供了一個豐富、權威而龐大的歷史資料庫。
通過東京審判，一是揭露和澄清了以往日本政府隱瞞的許多歷史事實，如日軍關東軍如何自炸鐵路，然後反誣中國軍隊所爲，進而挑起“九一八事變”；日本如何密謀策劃建立德日意“三國同盟”和發動太平洋戰爭，等等。爲參加和進行東京審判，檢察方和辯護方都準備了龐大的資料，僅法庭英文速記就達48412頁（日文爲10卷）。超過1000萬字以上有關證據資料8000件，其中檢察方的證據資料爲21200頁，辯護方爲26800頁。出庭作證證人爲12個國家的419人。
東京審判的缺憾
總體來說，東京審判是公正的，體現了反法西斯同盟國和世界人民的共同意志，體現了國際法的正義原則。但同時也應該指出，東京審判存在明顯的缺失。可以說，遠東國際軍事法庭對日本戰犯的判決，只能說是對日本軍國主義侵略戰爭罪行的部分清算，很不徹底，很不完全。
第一，沒有追究日本天皇的戰爭責任，是東京審判的一大缺憾。
裕仁天皇對日本侵略戰爭以及日軍暴行負有最高領導者的責任，“裕仁獨立於政府和官僚政治，在一個彼此制約的複雜的體制中，行使了實權和權威。他參與了制定國家政策，並向陸海軍將領們發佈大本營命令；他在策動日本對外侵略戰爭方面發揮了重要作用，並指揮了對中國的所有軍事行動。1941年裕仁和他的宮廷近臣們，與陸海軍中主張反英美的強硬派聯手，從而使亞洲—太平洋戰爭成爲現實” 。“無論是1931年日本侵佔中國東北，還是1937年日本對中國發動全面侵略戰爭，抑或對日軍在中國犯下的暴行——南京大屠殺、三光政策、虐待俘虜、屠殺平民、開發使用化學武器等，裕仁不僅未採取任何阻止行動，反而嘉獎了犯罪者。”
然而，作爲侵略戰爭的最高統帥裕仁天皇卻沒有受到任何追究。天皇是日本憲法體制和戰爭責任體制中的最高權力者，不追究天皇的戰爭責任，就不可能徹底追究日本國家的戰爭責任。沒有追究天皇的戰爭責任，這給戰後的日本政治帶來了嚴重後果，造成日本政府和主流社會拒絕對侵略戰爭進行誠心的反省和悔改，政治上長期右傾化。
第二，沒有把“反人道罪”作爲獨立的起訴原因，是東京審判的嚴重不足。
“反人道罪”包括日本對朝鮮、臺灣等殖民統治地特別是在中國的佔領區進行的殘酷統治罪行，如在中國實施最野蠻的燒光、殺光、搶光的“三光政策”，製造數以千計的慘案和對無設防城市居民的大轟炸，以及強制勞工、強迫婦女做隨軍“慰安婦”，等等。但在檢察官的起訴書中幾乎沒有涉及這些問題，更沒有把日本殖民統治的暴行作爲戰爭犯罪來進行追究。
第三，沒有起訴搞細菌戰和化學戰的日本戰犯，是東京審判的嚴重缺失。
在遠東國際軍事法庭審判的日本戰犯中，有5000多名日本軍人公然違背國際公約在中國進行細菌戰和化學戰，參與了細菌武器、化學武器的研製、生產和使用，包括慘無人道的用活人進行實驗，理應受到嚴懲，卻被美軍保護起來，並掩蓋其重大的戰爭犯罪事實，成了爲美國提供細菌戰研究情報的“有價值的合作者”，而被免於起訴。作爲交換條件，石井四郎等20名“細菌戰專家”，向美國提交了長達60頁的人體實驗報告、20頁的19年的作物毀滅研究報告和8000張“細菌戰實驗人體及動物的解剖組織”幻燈片；另還有石井四郎本人從事“細菌戰各階段研究20年經驗的專題論文”。
二戰前後，在細菌戰研究方面，日本走在世界的最前列，美國相對比較落後。美國的細菌戰計劃開始於1942年末，由美國陸軍化學戰部負責，1943年4月初具規模，而日本早在12年前就已進行，太平洋戰爭爆發後已經可以用於實戰了。因此，當日本投降後，美軍調查日軍細菌戰情報時，不管是美軍的細菌戰研究人員，還是美國軍事情報部門，都一致認爲：“日本的細菌戰情報對美國的安全至關重要……”因而，美軍得到了石井四郎等人交出的有關鼻疽、鼠疫和炭疽的3本長達1000多頁的解剖報告，使美國人“大爲滿意”。這樣，美國一方面獲得了“具有巨大價值”的細菌戰資料，另一方面，又達到了“不想讓蘇聯人從日本方面得到任何東西”的目的。
由於美國的包庇，雖然侵華日軍實施細菌戰、化學戰早已真相大白，但日本政府至今仍不認錯。不願反省或否認自己過錯的民族，極有可能重蹈覆轍。
第四，受美國“冷戰”政策使然，虎頭蛇尾是東京審判的明顯缺陷。
二戰結束後，美國的對外政策明顯地轉向反蘇、反共、反對中國革命，企圖把日本變成亞洲的反共前哨陣地。美國陸續釋放了大資本家鯨川和航空工業巨頭中島等人。這些人沒有受到審判，也就使日本侵略的根源沒有得到徹底揭露。1948年12月24日，即對7名甲級日本戰犯執行絞刑的第二天，麥克阿瑟總部宣佈，釋放仍在巢鴨監獄中服刑的岸信介等19名甲級戰犯嫌疑犯。1949年10月19日，又宣佈對乙、丙級戰犯也結束審判，不再逮捕、搜查戰犯嫌疑犯。1950年3月7日，更悍然頒佈“第5號指令”，規定所有根據判決書仍在日本服刑的戰犯都可以在刑滿前按“宣誓釋放制度”予以釋放，這實際上變相地否定了遠東國際軍事法庭的判決。
從1950年10月到1952年8月，在美國政府的支持下，吉田茂內閣政府先後爲18萬左右的軍國主義分子解除“整肅”，使他們重返政壇，竊據要職。到1958年4月7日，所有未服滿刑期的日本戰犯都得到了赦免。甲級戰犯岸信介被釋放當年即當選爲國會議員，後又出任日本首相，組成“戰犯內閣”。其結果導致日本國內瀰漫着“集體無罪意識”：既然身居高位、掌握國家大權者無罪，日本就無罪；既然天皇、政府、各級官員沒有戰爭責任，所有罪責都在25名戰犯身上，只要懲處了他們，日本的戰爭罪責就“洗淨”了。從而，使日本多數政要不願意認真反省和悔改戰爭責任，尤其是使日本右翼勢力否認、歪曲、美化其侵略歷史的言行大行其道。
由於“冷戰”政策的需要，美國顛倒是非，黑白不分，毫無正義可言，竟在《對日和約》中不承認日本1941年12月7日以前發動的戰爭是侵略戰爭，結果使日本在戰後沒有認真進行戰爭賠償，而且使日本國民沒有像德國國民那樣有一種負罪感，對日本法西斯仇恨不起來。還使日本殘餘的軍國主義思潮不斷氾濫，殘餘的軍國主義右翼團體組織得以發展。到1952年，以原將軍級或上校級舊軍官爲主的極右翼團體有60個。從20世紀60年代到90年代末，日本右翼團體組織由400多個增加到900多個，它們的共同特點是：崇拜天皇制，否定侵華戰爭，反對道歉。
總之，二戰結束前後，美國對日本採取保留天皇制，成爲戰後日本重建右傾保守政治體制的政治基礎和精神支柱；美國對日本實行單獨佔領幷包庇、赦免一大批犯有侵略戰爭罪行的日本戰犯，且用“冷戰”政策予以呵護，使日本戰後一直沒有認真反省和清理對外侵略歷史，爲日本軍國主義思潮的復活提供了溫牀。這是自20世紀80年代以來日本少數右翼勢力否認、歪曲和美化其侵略歷史的謬論肆意氾濫，爲軍國主義戰犯招魂的鬧劇連年迭演，政治右傾化趨勢日益嚴重的主要歷史淵源。
