“東京審判”即遠東國際軍事法庭審判，是美、中、英、蘇、法等11國代表聯合國，對在亞洲戰場挑起戰爭和在戰爭中犯下廣泛暴行的日本進行的審判。
上海交通大學東京審判研究中心主任程兆奇教授發現，當年在爲南京大屠殺第一責任人鬆井石根辯護時，鬆井石根和被告方出庭作證的證人都聲稱：鬆井石根對受命攻打中國十分“痛心”。
這些“證據”導致法庭否定了檢方提出的鬆井石根39項罪名中的38項，僅僅認定他在普通戰爭罪中對部屬行爲約束的“不作爲”一項有罪。
遠東國際軍事法庭從1946年5月開始，對包括鬆井石根在內的28名日本甲級戰犯的戰爭罪行進行了長達兩年多的審訊。審訊中，鬆井石根辯稱自己當時因生病而未能阻止部屬的暴行。
遠東國際軍事法庭舉證駁斥說：“他的疾病既沒有阻礙他指揮在他領導下的軍隊的作戰行動，又沒有阻礙他在發生這類暴行時訪問該市達數日之久。對於這類暴行負有責任的軍隊又是屬於他指揮的。他是知道這類暴行的。他既有義務也有權力統治他自己的軍隊和保護南京的無辜市民。由於他玩忽這些義務的履行，不能不認爲他負有犯罪責任。”
提起中日戰爭的性質，鬆井石根在法庭上有過一段描述，這就像一家內，當哥哥的，實在無法忍受弟弟的亂暴，而打了他，這是因爲太愛他，而促使他反省的手段。
然而，鬆井石根的日記上卻清楚地表明，他是開戰之初日軍高級將領中最積極的主戰派，攻佔中國首都就是由他最先提出的。
鬆井石根隨員岡田尚在作證時聲稱，南京入城式的第二天，他見到鬆井石根滿面戚容痛苦。然而鬆井石根在“南京攻略感懷”的日記中卻寫着“貔貅百萬旌旗肅，仰見皇威耀八紘”。
1948年11月12日，遠東國際軍事法庭對鬆井石根宣讀了起訴書共計三大類55項罪狀（但後又裁定，起訴書中的“反和平罪”不成立），判決鬆井石根有罪，處以絞刑。
臨刑前，鬆井石根對教誨師花山信勝說，即使僅我一個人得到這樣的結果，如果能使當時的軍人們，哪怕多一個人能進行深刻的反省，我也感到非常高興，好不容易這樣了，我想就這樣往生吧。
12月23日零時，鬆井石根在東京巢鴨刑務所被送上絞刑架。十二分三十秒後鬆井石根被確認死亡。
1978年（昭和53年）鬆井石根牌位與其它六名甲級戰犯一同遷入靖國神社合祀
