日本右翼和其理論家覺得，若要讓參拜靖國神社的行爲變得合法化，那就必須拿東京審判開刀。假如可以把東京審判的歷史結論推翻，宣佈日本曾經被判刑的戰犯並不存在，那麼參拜靖國神社也就會成爲理所當然的事情了。於是，這些人想盡辦法製造輿論，意圖推翻東京審判的事實。
在世界反法西斯力量的沉重打擊之下，日本天皇裕仁於1945年8月15日被迫發佈詔書，宣佈無條件投降。贏得了世界反法西斯戰爭勝利的同盟各國，1946年5月3日時根據《波茨坦公告》，在日本的東京成立了遠東國際軍事法庭，在法庭上對發動第二次世界大戰的頑兇之一“日本軍國主義領導集團”，進行了正義的審判。
在審判中，作爲原告的一方是美國、中國、英國、前蘇聯等11個國家的代表，被告一方是包括東條英機在內的28名甲級戰犯。基於正義和平的原則，參照國際公法、條約和慣例一系列條文，在經歷了長達2年多的審判之後，終於把東條英機等人送上了斷頭臺。可是，就在事情過去了50年之後，日本居然颳起了一股“翻案風”，試圖把東條英機等人的罪惡行爲推翻，還他們一個根本不存在的清白。
這次發生的翻案風潮其實在很早的時候就開始了，最早可以追溯到東京審判剛剛結束的時候。當時，沒有得到應有懲罰的軍國主義分子們，包括一批極右勢力，都在爲戰犯們鳴冤叫屈、評功擺好，甚至還收集他們的遺骨，爲他們樹碑立傳，尋找任何可以興風作浪的機會。
現在，在東京熱海伊豆山興亞觀音塑像背後，就赫然聳立着一座墓碑。那是1960年極右勢力爲被絞死的7名甲級戰犯興建的“殉國七士墓”。事隔10多年，在當年絞死戰犯的刑場遺址上也修築了墳墓。
1982年，右翼勢力又在日本九州修建了“大東亞戰爭陣亡者之碑”，就在修墳建碑之前，1978年，這些人還把東條英機等14名甲級戰犯，作爲了“昭和殉難者”祭祀在靖國神社內。遠東軍事法庭定罪並判決的1000多名乙丙級戰犯，同時也被他們合祀於其中。
中曾根康弘以首相的身份於1985年參拜了靖國神社之後，陸陸續續地，一些身份敏感的人士也參拜了靖國神社。1997年的4月，日本還成立了“大家都來參拜靖國神社國會議員之會”，同年的4月22日，日本第一次組織了部分的國會議員，集體參拜了靖國神社。
他們先是提出了大東亞戰爭的肯定論，之後到處宣揚東京審判不公正性的存在。失言大臣奧野誠亮在因爲美化侵略而被迫辭職之後，於1988年在《文藝春秋》上發表了一篇題爲《關於“侵略問題的發言”有什麼不好》的文章，文中寫道：“我多年來一直主張，我們要從被歪曲的東京審判史的觀念中掙脫出來。因爲今天的國際學一般認爲東京審判是違法的，聯合國在東京審判之後，以對和平犯下罪行爲理由進行裁決，判定日本是侵略國家，並將幾個人送上絞架。東京審判是勝者對敗者的懲罪。錯誤百出的東京審判，規定了戰後的價值觀和戰前的歷史觀，我們必須儘早從這種狀態中擺脫出來。”
清獺一郎曾經擔任東條英機的辯護人，後來還曾經是衆議院的議長，他也曾經表示：“東京法庭所說的有一半是謊話，但我們沒有任何辦法與之對抗。謊話不僅擴及日本全國，而且擴散到全世界。審判雖然結束了，但是不消除這種誤解，就不能解除我的責任。”
藤尾正行覺得東京審判不正當的地方是“超越了國際法，東京審判是無權審判”。田中正明散佈“東京審判是無效的”，說東京審判是“按國際法和習慣法中都沒有的‘破壞和平罪’及‘違反人道罪’等事進行的”等等，這些話都和奧野誠亮的文章相呼應。
1996年是東京審判50週年，日本自民黨歷史研究委員會出版了《大東亞戰爭的總結》。爲了給東京審判翻案，還發給自民黨議員每人一本小冊子，作爲理論的依據。東京大學的名譽教授小堀桂一郎，還利用了奧野誠亮曾經擔任法務大臣之便，把日本法務省地下倉庫中存放着的、多年以來被東京法庭駁回的資料，全部偷偷地取出並加以複印，編輯了8卷本《東京審判駁回而未提出的律師資料》，後由日本國書刊行會在1996年8月出版，希望能夠通過資料的挖掘，“重新修改東京審判史觀”。
之後，日本的右翼分子又出版了一套終戰51週年叢書，也就是《南京大屠殺是謊言》、《盧溝橋事件的真實與謊言》、《東條英機夫人回憶錄》、《不公正的東京審判》等等，試圖徹底否定他們侵略中國的行爲。日本的右翼一再地積極否定東京審判，也就是希望不斷地刺激日本國民，希望混淆思維，因爲人總是會受到各種各樣信息的干擾。
雖然日本的右翼想給侵略戰爭的戰犯們翻案，可是事實終歸是事實，東京審判毫無疑問是戰勝國對戰敗國的審判，假如不戰勝日本就不可能審判它。這也是一次被侵略者對侵略者的審判，世界上所有反對法西斯的人對法西斯力量的一種審判。
德、意、日法西斯軍隊，在二戰時期以慘無人道的手段侵略了很多國家，使戰火無情的蔓延近40個國家，全世界4/5的人都被捲入了戰爭中，全人類都受到戰爭的牽連，而侵略者也成爲了世界公敵。
一直到1945年5月1日，47個國家加入了《聯合國宣言》，正式對德、意、日宣戰。這就表示，除去軸心國以及其僕從國之外，在當時的世界上，70%的主權國家都參加了反侵略戰爭。正是由於世界很多國家的人民都參加了戰爭，最終才能戰勝法西斯勢力，所以說東京審判也是反法西斯的審判。這是一次世界人民爲了維護和平、爲了懲治戰爭狂人而發動的審判，它是正義對邪惡的審判。在戰爭結束之後，審判戰俘是非常正常的事情，這是不可否認的。東京審判上使用的法理和準則，都是經過1946年12月11日聯合國大會一致通過的，它的過程也是根據國際法、國際慣例進行的。
遠東國際軍事法庭雖然是由11個國家的法官代表組成，可是它所代表的是所有受害國的立場，是除了軸心國家之外的，全世界多數人民進行的一場審判。在法庭的憲章中，還規定了公平審判的法律原則和具體程序，每位被告都有充分的申辯權利。在法庭上，共受理了4336件證據，共有419名證人出庭作證，有779人的書面作證，經歷了長達2年零7個月、818次開庭。在嚴肅、認真地審理後，遠東國際軍事法庭還列舉了一些詳細的判罪理由，最後才做出判決，判決書共1213頁。所以，這次審判的正義性、合法性和權威性，都是不容置疑的。
在東京審判之後，以美國爲首的盟國和日本簽訂了《舊金山條約》，1952年開始生效。這項和約的第11條中明文規定：“日本接受遠東國際軍事法庭和其在日本境內或境外之盟國戰罪法庭之判決，並將執行各該法庭所科予現被監禁於日本境內之日本國民之處刑。對此等人犯赦免、減刑與假釋之權，除由每一案件科刑之一政府或數個政府之決定並由日本建議之外，不得行使。如該項人犯系由遠東國際軍事法庭所判決，該項權利除由參加該法庭之多數政府之決定並由日本之建議外，不得行使。”
日本簽署了這個條約，就表示它已經向其他的締約國家，承認了遠東軍事法庭的審判結果，並且也接受了這個結局，而且還要承擔他們的國際義務。因爲在國際公法和日本憲法中，都有着明確的規定：“締約國須忠實履行其締結的國際條約，而且國際法庭審判本身，對當事國也具有約束力。”
東京審判是第二次世界大戰之後對日本戰犯最重要的一次審判。正是因爲日本接受了這次東京審判，否定了戰前的軍國主義，日本在戰後才走上了和平的軌道，纔有如今的發展。事實證明，東京審判對制止戰爭、促進和平起到了一定的積極作用。
當然，東京審判也有其不徹底的一面。日本的天皇制度是世襲的，1889年公佈的《大日本帝國憲法》中規定：天皇“作爲國家之首，總攬統治權”。天皇在戰前是日本的最高統治者，也是日本軍隊的最高統帥。同時，天皇還號稱自己是創造日本國家之神的萬世一系的子孫，是神權的化身。
如果沒有天皇這種最高力量的命令和統帥，那日本也就不會發動那樣的一場戰爭。從1931年的“九一八”事變到1945年宣佈終戰詔書，裕仁天皇推動指導了一連串的侵略戰爭。可以說裕仁天皇是日本最大的戰犯，也是侵略戰爭的罪魁禍首。在日本宣佈投降之後，不僅中國和亞洲國家強烈要求追究裕仁天皇的戰爭責任，就連國際輿論甚至日本本國的一些人士，也覺得日本天皇是罪惡戰爭中的最高責任者。
可是，美國掌握着東京審判的大權，而他們考慮到自身政治上的需求，居然沒有追究天皇的責任。於是“天皇是日本國的象徵，是日本國民統一的象徵”，就被寫入了日本的新憲法中，保留了天皇原有的世襲君主的地位。天皇再次成爲了保護各種戰犯的後盾，給極右勢力的復辟找到了依靠和藉口。
對於日本帝國主義來說，假如沒有日本壟斷財閥的支持，也不能進行侵略戰爭，因爲軍事實力是以經濟實力作基礎的，可是很遺憾，對於這些幫兇們的罪行，東京審判中也沒有顧及到。
有“國策公司”之稱的“滿鐵”，當時不僅給關東軍提供了從事軍事政治謀略和奪取經濟命脈的力量，而且還全力地充當了關東軍的超級後勤部。早在1905年日俄戰爭後，日本從俄國手中奪取了中國東北地區的東清鐵路南滿洲支線長春以南路權，之後日本設立的“南滿洲鐵道株式會社”。表面上這是一家股份公司，實際上是日本的侵華大本營，它的歷任總裁都是由日本政府直接任命的。“九一八”事變時，日本的關東軍只有1萬多人，他們在4個多月的時間裏，就佔領了東三省。假如沒有實力雄厚的“滿鐵”的參與、配合和支持，那關東軍是難逞其兇的。
“滿鐵”的首任總裁、外交大臣松岡洋右稱：“發動‘滿洲事變’是關東軍和‘滿鐵’的共同行動。”“滿鐵”在1931年時已經擁有了4.4億的資本、1100公里的鐵路、480平方公里的鐵路附屬地，還有將近4萬名職工和50多個關係會社。
根據“滿鐵”統計，1931年9月到1932年的3月之間，“滿鐵”共編髮了軍運列車4056次，平均每小時有1列軍車編成並投入到運行中。另外，“滿鐵”還在1年多的時間裏，向社外線派遣了軍運人員47萬多人次，給關東軍快速佔領東北各地提供了交通工具。
在“九·一八事變”以後，“滿鐵”的各個部門組織了數十個擔當侵略任務的專門機構。“滿鐵”的職工有4萬人，因爲參加事變而立功的人就有22254人，佔了社員總人數的60%。關東軍的政治工作機構也是“滿鐵”包辦的，就連關東軍特務部門的工作人員，也基本上來自“滿鐵”。
在僞滿洲國成立之後，僞自治指導部派往各縣旗的參事官，也多爲“滿鐵”派出的人。也就是說，“滿鐵”在關東軍對東北侵略的罪行中，要承擔一半的責任。
可是，在戰後的審判中卻沒有對“滿鐵”這種以國家資本和財閥資本相結合的產物追究其戰爭的責任。日本在戰敗之後，根據聯合國軍總司令部的命令，只是解散了幾個大財團而已，小財團並沒有任何變化，大財團的變化也只是分化成了一些小財團，而且這些財團再次成爲了日本右翼勢力重新掌握國家政權的經濟基礎。
除了經濟上對中國的掠奪，日本在侵華期間給中國製造的無數慘案同樣令人髮指。日本在侵華戰爭中，大量地使用了細菌化學武器是衆所周知的。731部隊和100部隊用活人做試驗，3000多名被捕的抗日人民，最終成爲了細菌試驗的犧牲品。據不完全統計，日本軍隊在各地實施的細菌戰裏，死在日軍細菌戰中的中國民衆，至少也有20萬人。
516、525都是日軍的化學部隊，他們爲了配合731部隊拿活人做毒氣試驗，在中國的戰場上大量地使用了化學武器，保守統計至少2000次以上，受到傷害的人數達到10萬人以上。在日本戰敗之後，他們在中國遺棄的化學炮彈就達200萬枚，這些炮彈再次使2000多人受到了傷害。
可是，在戰犯受到審判的國際法庭上，對於日本使用化學武器的惡行，居然沒有加以追究。只是在前蘇聯伯力審判中，談到了關於日本使用細菌武器的罪行，並審判了戰爭後期指導過細菌試驗、擔任關東軍司令官的山田乙三和731部隊細菌生產部長川島清、100部隊關東軍獸醫處長高橋隆篤等人，而731部隊的罪魁禍首石井四郎等人，美國竟然以“索取日本細菌武器試驗資料”作爲交換條件而對他們加以保護，使這些罪大惡極的人逃避了國際法庭的審判。
日軍的暴行可謂是罄竹難書。1985年河北省統計，日軍在侵華期間一次殺害10人以上的暴行就達500多起，涉及了121個縣;一次殺害50人以上的慘案160起，一次殺害500人以上的慘案15起，例如潘家峪慘案中共殺害了1500多人，成安慘案兩次共殺害了5300人。
日本在長城線上製造無人區，殘殺了百姓數十萬。在華北地區日軍實行了殺光、燒光、搶光的“三光”政策，強迫良家婦女給日軍當“慰安婦”，強行擄走中國軍民去當勞工，到中國東北的大約有900多萬，到日本的大約是4萬人，很多人慘死在日本的礦山和軍事工程中。
日軍在中國製造的“萬人坑”達100多個，殺害了中國軍民成千上萬。可是由於東京審判進行的時候，國共正處在戰爭的狀態，國民黨政府只蒐集到了國統區的日軍罪證，並且十分倉促，而對共產黨佔領區的日本惡行罪證、沒有時間蒐集。所以後來東京審判和在中國境內的審判，都只是對南京大屠殺等一些少數的慘案罪行進行了審理，而其他重大的慘案製造者基本沒有涉及到。例如對日軍強擄戰俘當勞工的事實，對強抓良家婦女當“慰安婦”的罪行，都只是剛剛觸及到，並沒有開始全面審理，也就無法追究其責任了。
作爲對日本戰犯的審判，在東京審判中，受到懲罰的只有280名甲級戰犯，而在橫濱、馬尼拉、伯力和中國各地的審判，同樣也只審判了少數的乙、丙級戰犯，而且多是虎頭蛇尾。可是日本的大批侵略成性的軍國主義分子，例如岡村寧次等重要的戰犯卻根本沒有得到懲罰。
1945年的《波茨坦公告》中規定：“永遠剷除軍國主義政治勢力”。根據這個規定，日本把從中央到地方的各級軍國主義領導人，從政界、行政機構、經濟界、教育界以及各種民間團體中清洗了出去，並禁止他們再任公職，這次被清洗人數達8.6萬人，其中從公職中清洗出去的職業軍人大約爲幾萬人。
可是，後來由於美國在戰略政策上出現轉變，盟軍的總司令麥克阿瑟發出的所謂“戰犯假釋”的指令，岸信介等甲級戰犯因此被釋放和減刑，之後又撤銷了各種“褫奪公職”的法令，這些戰犯和曾經被清洗的人再次擔任了公職。以岸信介爲例，他出獄之後不久，就組織併成立了日本最大的保守黨“自民黨”。在岸信介擔任內閣首相的時候，他的內閣成員“由大臣到長官，曾經被清洗的人數達到了一半左右”。在回憶錄中，岸信介得意地說：“自民黨是我搞起來的，日本的命運只能由自民黨來掌握。”由他的話中就可以看出，爲什麼日本右翼勢力在日本是多麼猖狂。
戰後需要解決的一個重大課題就是戰爭賠償，可是二戰之後的日本賠償，卻並沒有通過法律、法庭的方式去解決，只是根據《波茨坦公告》，由遠東諮詢委員會制訂的“臨時賠償方案”而解決的。受到國際形勢的變化以及美國態度的影響，日本的戰爭賠償問題也是不了了之。其他各地和東京的審判也只是簡單地追究了幾個戰犯的發動戰爭罪、違反和平罪、侵犯人權罪而已，面對被害者的傷害賠償問題卻沒有提及，致使戰後過去了60多年之久，卻仍然遺留着一大堆的民間傷害問題懸而未決。
最讓人覺得意外的是，那些被判了刑的戰犯和他們的遺屬，竟然還得到了日本政府的賠償和補償，反倒是被日本傷害過的無辜者，日本方面則沒有任何的表示。被日本傷害的受害者至今卻未得到補償的不計其數。
導致東京審判不徹底的原因有很多，作爲一個大審判，縱觀歷史這是首次，沒有任何可以借鑑的經驗，加上戰犯的人數過多，涉及到的國家也很多，戰犯的罪行太多，戰區大，再加上戰爭剛剛結束，時間比較倉促，日本又故意掩蓋其罪行，銷燬了很多有力的證據，才使取證非常困難，也導致日本軍國主義的很多罪行沒有能夠被發現，並對其進行嚴懲。
遠東的國際軍事法庭，是由11個國家法官代表組成的，雖然法官代表着國際的利益以及正義的一方，可是也代表着本國政府的立場，再加上每個國家在戰爭中受到的傷害程度並不相同，所以認識和看法也不會一樣，這就使很多問題在取得共識的方面遇到了困難，致使一些應該判決的案子卻沒有判決。
英國、美國等國家只是肯定了太平洋戰場的地位、作用，對中國戰場的地位和作用的認識卻不足，雖然中國是戰勝國之一，可是中國的發言權是沒多大分量的，這就是爲什麼中國沒有參加《舊金山條約》簽署的原因。這些都是使得審判不徹底的原因，不過，歸根結底最重要的原因還是由於美國的冷戰戰略。
遠東國際軍事法庭，是根據盟軍最高統帥麥克阿瑟的特別宣言設立的，由東京審判到“冷戰”政策的誕生，美國始終想利用他們對日本單獨佔領的特殊位置，貫徹自己的政治意圖。隨着蔣介石集團在中國內地的失敗以及世界東西方兩大陣營的出現，美國爲了把日本變成反對共產主義的橋頭堡和防波堤，由最初的扼制，變成了後來的扶植。
1948年12月24日，在處死了東條英機等幾名戰犯之後，美國便宣佈釋放其他19名甲級戰犯，而且不再進行審判。1950年3月7日，盟軍的最高司令部又頒佈了第5號指令，規定：在刑期終了前，釋放所有日本國內在押戰犯，這樣的做法破壞了東京審判應達到的效果。
由於東京審判的不徹底以及日本天皇制的政治保護，還有財團的經濟支持，使日本右翼分子開始在社會中散佈否認侵略戰爭的觀念，而日本軍國主義復活的危險也再次出現。另外，也正是由於東京審判的不徹底，才使戰爭結束了60多年之後，日本對亞洲各國的民間受害賠償問題、“慰安婦”問題、戰俘勞工問題、細菌化學武器問題、重大慘案暴行問題、經濟掠奪和文物掠奪問題等，都沒能得到徹底解決。
不管一些別有用心的人想要怎麼掩蓋事實真相，怎樣扭曲事實，但歷史總是會給事實以最公正的裁判。什麼是歷史?歷史就是一個斥之不去、揮之不滅、永遠追隨着時代腳步的影子;他還是一個不容褻瀆的智者，啓迪着這個社會不斷地自我解剖、去污除垢。
