一些學者認爲，尼西亞帝國的統治標誌着“希臘”民族和國家意識的興起;但是他們也指出，這種民族意識的興起並沒有對官方的“帝國”意識形態產生影響。傳統的看法(拜占庭帝國是羅馬帝國的繼承者)並未改變，這一點可以從尼西亞皇帝們的子民“Rhomaioi”的稱呼中得以說明。尼西亞帝國的官方意識形態是再征服運動和軍國主義(這些在14世紀後半期帕列奧列格王朝的修辭中就見不到了)，以君士坦丁堡的持續榮耀和光復君堡的希望爲特徵，強調君士坦丁堡類似於舊約中上帝給予選民的“應許之地”而不是訴諸於政治上的普世主義或希臘民族主義;這段時期的皇帝們被頻繁的比作摩西或所羅巴伯(巴比倫之囚後帶領猶太人迴歸故土的領袖)，甚至是指引上帝子民去往應許之地的“火柱”，如在一篇尼基塔斯-侯尼亞迪斯(尼西亞帝國時期的歷史學家)獻給塞奧多利一世的獻辭中中(表現的那樣)。
這期間的文辭也採用舊約之外的意象來讚美帝國的光復戰爭;尼基塔斯-侯尼亞迪斯在對塞奧多利一世的頌詞中，把尼西亞帝國與塞爾柱蘇丹的戰鬥描繪成基督教與伊斯蘭之間的戰爭(儘管這一戰鬥中原來的拜佔廷皇帝阿列克修斯三世在塞爾柱人一方參戰)，並且把塞奧多利在手刃塞爾柱蘇丹的戰鬥中所受的傷比做十字架上耶穌受的苦難。Dimter Angelov認爲西方十字軍的理念已經影響了尼西亞的再征服運動，同一時期牧首Michael IV Autorelanos在戰鬥前對尼西亞軍隊提供了全面的赦罪，這和西方十字軍全面赦罪很相像。但是這種可能受十字軍影響的赦罪行動存在時間很短暫，1211年之後就漸漸消失。
十三世紀的拜佔廷人也發現了(1204年之後)帝國的境遇和古典時期希臘的類似之處，這加強了一些學者(如A.E.Vacalopoulos)的觀點，他們認爲這種類比及對拜占庭”古典”的再評價，是希臘民族主義的起源。君士坦丁堡陷落後，帝國的境遇被認爲類似於被野蠻人包圍的(古典時期)“希臘人”。侯尼亞迪斯就把塞奧多利殺死的塞爾柱蘇丹(凱庫斯老一世)比作薛西斯，牧首Germanus II (1223–1240)將約翰三世的勝利視作另一場馬拉松或薩拉米斯大捷。類似的，塞奧多利二世則將他父親的勝利比作亞歷山大大帝的事蹟，並且讚美了同時代“希臘人”的赫赫武功。
另外，在拜占庭人的語言中，這一時期“希臘人Hellene”一詞的意義似乎已經有所改變。(自基督教成爲國教)到這一時間點爲止(十三世紀之前)，“希臘人”一詞指“異教”，是貶義詞(源出聖經)。而從尼西亞帝國時期開始，“Graikoi”和“Hellenes”開始作爲宗教和民族的自我認同形式，進入帝國的外交用語中，反映了 將帝國及其子民同拉丁人區分開的殷切期望。
牧首Gemanus II特別論證了這一新的民族和宗教身份。他在信件中將完美的出身等同於希臘血統的純潔，強調他希臘修辭和希臘民族背景重於與君士坦丁堡的關係，並蔑視那些沾沾自喜於竊取君士坦丁堡的拉丁人。(現在)學者還在爭論“希臘人”一詞含義轉移的確切時間，如Roderick Beaton認爲，十二世紀“希臘人”一詞的應用，說明這一詞彙的意義在1204年君士坦丁堡陷落前就已得到重新評估。此外，不像Vacalopoulos，Beaton認爲這一時期僅僅存在萌芽狀態的(希臘)民族意識，主要是基於語言認同，還稱不上希臘民族主義。
拜佔廷學家安戈爾德(Michael Angold)指出，這段時期帝國的意識形態變化，顯示出拜占庭人對於政治上的流亡、動盪和文化環境變化的適應能力。但是帕列奧列格朝的米海爾八世光復帝國之後，拋棄了絕大部分尼西亞帝國發展的思想意識，帝國在思想上回到了早期狀態。
