塞爾柱帝國沿襲阿拔斯王朝和波斯薩曼王朝與突厥伽色尼王朝的政治制度，在蘇丹下設首相(即維齊爾)，全權代表哈里發處理政治、軍事、財政及宗教事務。波斯籍維齊爾尼扎姆·穆勒克曾在艾爾斯蘭和馬立克沙執政時，集大權於一身，在處理國務中起主導作用。但是由於土克曼人此前爲遊牧民族，文明定居化時間並不長久，因此保留了大量遊牧民族分封制殘餘，比如帝國的各個省由阿塔貝格(或稱阿塔伯克，Atabeg)管理，ata爲突厥語“父親”的意思，beg爲突厥語“長官”的意思，兩個詞連起來讀便是“太傅”，因爲塞爾柱王子在即位前，需要到各省擔任總督鍛鍊自身的才能，這些地方長官就起到了教導王子的作用，於是得到了這一稱呼，這些阿塔貝格大多由塞爾柱貴族擔任，集地方軍政大權。在經濟上，實行軍事采邑制，即伊克塔，大部分伊克塔只有使用權，不得世襲，不過軍事長官的例外，可以世襲蘇丹賜予的土地。
農民用實物繳納田賦，其中一部分上繳國庫。國庫耗巨資開鑿運河，修築大道，開辦郵政驛站，保證東西商道暢通。在宗教上，信奉遜尼派。在帝國境內興建大量清真寺，並在巴格達和內沙布爾等地創辦以尼扎姆·穆勒克的名字命名的宗教大學，重金聘請各地著名學者任教，傳播遜尼派艾什爾裏學派的教義學和沙斐儀學派的教法學說，培養宗教學者和政府官吏。
在學術文化上，獎勵學者進行學術研究，著書立說。伊斯蘭教著名學者安薩里和數學家、詩人奧馬爾·海亞姆等皆在朝廷的贊助和支持下完成了他們的學術鉅著。還新建天文臺，招聘學者從事天文實測和研究，修改了波斯曆法，編成著名的《哲拉勒歷》，比《格列高裏歷》還要精確。總體來說，塞爾柱王朝的制度同漢朝、唐朝相似，漢朝開國之初地方有諸多同姓王，唐朝地方則有許多節度使。
