葉爾羌汗國最強盛時的疆域，包括天山南部、巴爾喀什湖以東以南地區、伊賽克湖地區、費爾幹納盆地，巴達克山和瓦汗地區，管轄着祖國西部的實際版圖。
葉爾羌汗國是一個信奉伊斯蘭教的蒙古王朝。汗國的統治階級爲信仰伊斯蘭教的察合臺後裔，主要居民則是維吾爾族。汗國的政治體制既帶有草原遊牧民族的色彩，又吸收借鑑了南疆綠洲政治體系的長處。
汗國信奉伊斯蘭教，各和卓的勢力很大。速檀賽德曾經想成爲一位德爾維希(即托鉢僧)，投身和卓馬黑麻·尤素福的門下，後來及時受勸阻。由此時起，和卓家族興起。後來分爲黑山派和白山派，兩派互鬥不已，直到亡國。
白山派的支持者是哈薩克人，黑山派的支持者是吉爾吉斯人。白山派在喀什噶爾統治，黑山派在葉爾羌統治。因爲後來很多大城市由吉爾吉斯人管理，因此葉爾羌汗國有時被稱爲吉爾吉斯汗國，由於汗國大部制度和成吉思汗時代無異，只是信奉伊斯蘭教。汗國的官員分爲軍事官員、宮廷官員、中央官員、宗教人士官員。汗由庫里爾臺推舉。法官由宗教官員與世俗官員出任。由案情決定，官教案件由哈的負責，習慣法由伯克負責。亡國後，阿帕克和卓充當噶爾丹的傀儡政權繼續在葉爾羌的統治。
葉爾羌汗國時期，伊斯蘭教滲透到維吾爾族社會生活的各方面，蘇菲派得到迅速發展，教團首領掌握着衆多的穆裏德(即信徒)和經濟特權。拉失德汗(1533～1559)時，中亞賽蘭人穆罕默德·謝里夫在葉爾羌創建了亞薩維教團的分支——烏瓦伊西耶，這是新疆重要的蘇菲教派之一，他被汗尊爲宗教導師。1540年前後，中亞撒馬爾罕納格什班迪耶教團謝赫麥赫杜姆·阿扎姆走訪葉爾羌，其後，他的兒子伊斯哈格·吾裏和長子穆罕默德·伊敏(依禪卡朗)之子穆罕默德·優素福等先後到國內傳教，逐漸形成以葉爾羌爲中心的伊斯哈格系和以喀什噶爾爲中心的伊禪卡朗系，並演化爲黑山派、白山派之爭。這時期重要的蘇菲主義團體除烏瓦伊西耶外，還有伊薩克耶、依乃克耶、米斯克耶和達瓦尼耶，均屬納格什班迪耶教團在新疆的分支。這些教派對中國內地的回族門宦產生了一定影響。
汗國時期，維吾爾族文化取得成就。“察合臺文學”的創作十分活躍，著名音樂《木卡姆》在拉失德汗時代整理定型，重要的歷史文獻有穆罕默德·海達爾的《中亞蒙兀兒史一拉失德史》、馬哈茂德·楚拉斯的《編年史》等。後期至和卓統治時代，“蘇菲文學”統治了文化領域，出現了大量神祕主義著作和聖徒傳記。在賽依德汗統治時，曾以“聖戰”的名義對周鄰非穆斯林的民族發動了多次戰爭，規模最大的一次是1532～1533年對西藏拉薩的遠征，以失敗告終。葉爾羌汗國時期，由於政治、宗教、文化、文字等方面實現了統一，形成近代維吾爾民族。
