1.變而通之療傷寒
繆公論治傷寒病，綜合時代與地點之不同，頗“多獨開門戶”，化裁仲景成法，如對太陽之治，棄麻桂而主用羌活湯。這是因爲江南之域，“從無剛勁之風，多有溼熱之患。”而羌活正是祛風散寒除溼之要品，故爲君藥。同時，病值秋深冬月加紫蘇、蔥白。如病人自覺煩躁，喜就清涼，不喜就熱，兼口渴，即欲傳入陽明，羌活湯中宜加石膏、知母、麥冬，大劑與之，得汗即解。
2.創三要訣治吐血
繆仲淳治療吐血時，認爲吐血病機主要爲陰虛火旺，迫血妄行，肝氣升發太過，肝不藏血，氣逆火升刑于肺金，傷於陽絡。氣逆血亦逆，火升血外溢。當然，由氣火亢旺，肝不藏血引起其他出血如咯血、衄血亦可施用，因此提出論治吐血三要訣,即宜行血不宜止血;宜補肝不宜伐肝;宜降氣不宜降火。
3.重視脾胃善甘潤
東垣《脾胃論》治脾，究屬偏於昇陽剛燥，繆氏雖崇其說，然又有所發展，慎用苦寒克伐之品，如黃連、山桅、黃柏、知母之類，以免傷脾作泄。而溫燥劫津之品，如白朮、陳皮雖曰健胃除溼，救標則可，多服反能瀉脾，以其能損津液。故亦宜適可而止，而不能漫用。他指出，脾虛有十二證，總方有脾陽不振和脾陰不足之別。脾陽不振宜溫養之，脾陰不足則清養之。對於久病之體，脾陽雖傷，脾陰不足，治之兼顧脾陰。但若惑於脾喜燥惡溼則每流於剛燥，故繆氏又告誡:“徒知香燥、溫補爲治脾之法而不知甘寒滋潤益陰。”有鑑於此，調理脾胃他常用人蔘、白扁豆、山藥、蓮肉、橘紅、茯苓、炙甘草、大棗或棗仁、石解、沙蔘、麥冬、白芍、砂仁、麥芽等。
4.真假內外辨中風
繆仲淳認爲，“中風有真假內外之別，差之毫釐，謬以千里。”並指出其不同之處。真中爲感受外來風邪，在西北高寒，風氣剛猛之地，真氣空虛之人，易爲所中，且可分中髒、中腑、中經絡。中髒之人多死，中腑之人多成廢人，中經絡之人，則可調理而瘳。真中治則爲先解散風邪，次則補養氣血，方用小續命湯。藥用桂枝、麻黃、生熟附子、羌獨活、防風、白芷、南星之屬。類中則由“多熱多痰，真陰既虧，內熱彌甚，煎熬津液，凝結爲痰，壅阻氣道，不得通利，熱極生風，以致猝然僵仆。”患病之人多在“無剛猛之風而多溼熱之氣”的長江以南，如江、浙、福建、四川、湖北、湖南等地，表現爲或不省人事，或口眼歪斜，或語言謇澀，或半身不遂。發病的先期，多可表現爲內熱證候，如口乾舌苦，大便閉結，小便短澀。“類中”的病機，劉河間認爲是將息失宜，水不制火;朱丹溪認爲是溼熱相火，中痰中氣。繆氏在吸收他們學說的基礎上，認爲內虛暗風，確係陰陽兩虛，而陰虛者爲多，與外來風邪迥別。法當清熱(天門冬、麥冬、甘菊、白芍、白茯苓、天花粉、童便)、順氣(紫蘇子、批把葉、橘紅、鬱金)、開痰(貝母、白芥子、竹瀝、荊瀝、括萎仁)治其標，治本則宜益陰(天門冬、甘菊花、懷生地、當歸身、白芍、枸杞子、麥門冬、五味子、牛膝、人乳、白膠、黃柏、白疾黎之屬)和補陽(人蔘、黃茂、鹿茸、大棗)。繆氏認爲“類中”若誤用治“真中風”的藥，則“輕變爲重，重則必死。”
5.辛涼發散療痧疹
繆仲淳將痧疹主症歸納爲多咳嗽多嚏，眼中如淚，多泄瀉，多痰多熱，多渴，多煩悶，甚則躁亂咽痛，脣焦神昏。並總結了治痧疹的特點，指出痧疹乃肺胃熱邪所致，“殆時氣瘟疫之類歟!”故治痧疹不宜依證施治，惟當治本以解邪熱，則諸證自退。解其邪熱以清涼發散爲主，藥用辛寒、甘寒、苦寒以升發之。惟忌酸收，最宜辛散，設施溫補，禍爲旋踵。辛散如荊芥穗、幹葛、西河柳、石膏、麻黃;清涼如玄蔘、薄荷、竹葉;甘寒如麥冬、生甘草、蔗漿;苦寒如黃芩、黃連、黃柏、貝母、連翹，皆應用之藥也。初起時，痧疹必兼咳嗽，但不能止咳，痧疹多兼喘，勿用定喘藥。宜用大劑竹葉石膏湯加西河柳、玄蔘、薄荷。凡熱勢甚者，即用白虎湯加西河柳，切忌用升麻，服之必喘。泄瀉者切忌止瀉，用黃連、升麻、幹葛、甘草。並認爲疹家不忌瀉，瀉則陽明之邪熱自解。疹後咳嗽，以清熱消痰，勿用五味子等收斂之劑。痧後泄瀉及便膿血皆由邪熱內陷，大忌止澀，惟宜升散，仍用升麻、幹葛、白芍、甘草、白扁豆、黃連。痧後元氣來複，脾胃虛弱，宜用白芍、炙甘草爲君，蓮肉、白扁豆、山藥、麥冬、龍眼肉爲臣，多服必漸強。痧後生瘡不已，宜用金銀花、連翹、玄蔘、甘草、懷生地、胡麻、黃連，濃煎飲之良。
