史學界將公元420年南朝宋建立，到公元589年陳朝滅亡爲止的這一段時期，稱之爲南北朝。南北朝，顧名思義，天下成南北分治之勢，其正統有二。而我們都知道南京被稱爲“六朝古都”，此六朝爲東吳、東晉、宋、齊、樑、陳，皆定都於今南京城(東吳稱建鄴，晉朝時爲避晉愍帝司馬鄴之諱而改稱建康)。而此六朝，皆偏居江南之地，在時間上幾乎連貫在一起，且東晉與南朝宋之間還存在明確的禪讓承襲關係。那爲何南北朝以南朝宋爲開端，卻不以東晉或東吳爲開端呢?
其實，這牽涉到“正統”之爭問題。在儒家的天下觀念之中，“天無二日、民無二主”。故而，天下便只能有一個正統。而誰據有了“正統”名分，則意味着其在政治上就容易獲得支持。如東晉十六國時期，前秦丞相王猛與符堅之弟符融勸導苻堅勿征伐東晉的理由，就是東晉雖僻處江南，但是爲華夏正統，人心向晉，不宜征討。而苻堅執意伐晉，很大方面的原因也是必欲滅東晉而心安。
因此，每遇天下動亂分裂之際，“正統之爭”便會成爲各方勢力爭執的焦點。而歷史上最有名的“正統之爭”，當屬蜀漢與曹魏的正統之爭。諸葛亮在《出師表》中即言道：漢賊不兩立、王業不偏安。但自魏晉到北宋的官方(如司馬光等主編的《資治通鑑》)都是以曹魏爲正統，而將蜀漢視爲地方割據政權。
但宋室南渡之後，因與蜀漢的境遇同病相憐，故南宋理學家朱熹等主張以“血統”而論正統，蜀漢正統論便又開始擡頭(匈奴的漢趙政權，亦曾以蜀漢爲正朔，而祀劉備、劉禪，但影響力較小)。自明以後，影響力甚廣的小說《三國演義》也是奉蜀漢爲正朔，也使曹操“奸臣”的形象深入人心。
儘管蜀漢與曹魏的正統之爭，較爲激烈。但史學界的主流還是以曹魏爲正統，漢魏晉宋齊樑陳之間是有明確的禪讓程序的。如果否認了漢魏禪讓的合法性，則從根源上，晉宋齊樑陳亦不得爲正統，而這顯然是不現實的。
而到陳朝時，陳最終爲隋所並，漢魏晉宋齊樑陳這一脈帝系傳承便斷絕。故而，正統便只能歸於隋，但隋朝的帝系又是從北周那裏禪讓得來的。而肯定了隋的正統，就意味着不能否定北周的正統，肯定了北周就不能否定西魏，肯定西魏就不能否定北魏。從北魏到西魏到北周到隋唐再到後梁，也是有明確的禪讓程序的，爲另一支脈的帝系傳承。出於相似的原因，北魏到東魏到北齊，這一小支脈的帝系傳承也獲得了承認。
而在南北朝時期，雙方是互不承認的，南朝修史書，稱北朝爲“索虜”，列爲“索虜傳”。北朝修史書，謂南朝爲“島夷”，列爲“島夷傳”。而北魏(其時，尚未融合於華夏)與華夏王朝正式形成南北對峙之勢，爲439年魏太武帝拓跋燾滅掉北涼，完成了北方的統一。此時，南朝宋已建國19年，而南北朝都獲承認，原本就是不得已才爲之，故南朝以南朝宋爲開端，而不以東晉或東吳爲開端。而北朝則追溯到386年，道武帝拓跋珪自稱代王。
