清同治三年(1864)五月下旬，由陝西漢中率軍回援天京的太平軍遵王賴文光、扶王陳得纔等人在鄂豫皖邊境遭到清軍頑強阻擊，一時不得脫身。不久，東南方向傳出消息說湘軍已攻破天京，天王洪秀全服毒自殺，幼天王在江西被擒遇害。被困的太平軍將士聞訊後無異於雪上加霜，士氣一落千丈，屢被清軍擊敗。九月，失去奮鬥目標的扶王陳得才服毒自殺，其他隨行的太平軍高級將領或戰死，或投敵，由漢中一路招攬而來的二十萬太平軍也死的死，散的散，只剩下五六千人。在外有強敵環伺，內有軍心渙散的險惡形勢下，遵王賴文光決定聯手張宗禹、任柱領導的捻軍共同對敵。
盤踞北方的捻軍早期軍事行動多以配合太平軍作戰爲主，旗號上也遙尊太平天國，但形式大於內容，賴文光的決定讓雙方終於有了實質性合作。隨後，在熟悉地形的捻軍幫助下，賴文光率領殘部跳出清軍包圍圈，與張宗禹、任柱等人匯合，並重新整合部隊。爲了有別於以前張樂行領導的老捻軍，雙方經過協商後，爲了擴大影響力，打出了太平天國新捻軍的旗號，並繼續沿用太平天國年號和封號。起初，新捻軍的戰鬥力較弱，沒能像太平天國那樣建立根據地，面對實力強大的清軍依然以騰挪閃躲的運動戰爲主，在繳獲清軍的戰馬後組建起騎兵部隊，軍事實力逐漸強大起來。
當時負責圍剿捻軍的清軍統帥是咸豐帝表哥、蒙古親王僧格林沁。此人也是個厲害角色，曾生擒太平天國北伐軍主帥李開芳、林鳳祥，在天津大沽口痛擊過入侵的英法聯軍，捻軍的老盟主張樂行也是死在他的手上。僧格林沁帶着他的騎兵東攆西趕，終於在同治四年(1865年)五月份將新捻軍逼擠到山東曹州一帶。就在清廷朝野上下鬆了一口氣，以爲僧格林沁在山東剿滅捻軍只是時間問題時，卻傳來大跌眼鏡的消息：僧格林沁在曹州高樓寨戰死，所部前鋒部隊七千餘人全部陣亡。而捻軍在此戰後終於達到鼎盛時期，部隊發展到十餘萬人。
僧格林沁死後，清廷不得不再次打出一張王牌，讓剛鎮壓完太平天國，正在兩江善後的湘軍大佬曾國藩火速趕赴前線。深諳盛極必衰之道的曾國藩連番託辭退讓，不肯北上。但胳膊扭不過大腿，在清廷的連番催促下，不得已奉旨而行。曾國藩對付捻軍的手段和對付太平天國如出一轍，依然是以靜制動的“結硬寨，打呆仗”。他分別在安徽臨淮、河南周口、山東濟寧、江蘇徐州四處戰略要地駐紮重兵，軍事指揮大本營設在徐州，以收網形式將捻軍往一處驅趕，然後集中兵力聚殲。按理說這種軍事戰略是正確的，只是曾國藩北上時他的子弟兵“湘軍”已大部分被裁撤，對付捻軍主要依靠四省的地方部隊和李鴻章的淮軍。地方部隊戰鬥力極弱，根本無法配合作戰，而淮軍只聽李鴻章的，即使大部分淮軍將領表面上對曾國藩很敬重。因此，曾國藩的軍事行動奏效甚微，屢次被捻軍衝破包圍圈揚長而去。
經歷過兩次鴉片戰爭和太平天國十四年大起義的清政府神經已脆弱到極點，再也無法容忍曾國藩的師久無功，屢敗屢戰，同時也看出曾國藩與淮軍之間的複雜關係，於是決定讓李鴻章親臨一線接過他老師的指揮棒，曾國藩則回兩江爲李鴻章籌集軍餉兼爲軍事顧問，師徒間的角色瞬間互換。
同治五年(1866年)十月，就在曾國藩交出指揮權的前後，捻軍在昔日榮耀之地---擊斃僧格林沁的山東曹州分裂爲賴文光、任柱領導的東捻軍和張宗禹、張五孩(捻軍老盟主張樂行之子)領導的西捻軍。當時捻軍首領們表面上的說法是東捻留在中原一帶繼續與清廷鬥爭，西捻則前往西北聯絡聲勢浩大的回民起義部隊，雙方互爲犄角。實際上新捻軍自形成之日起就埋下一個隱患---多頭指揮，沒有真正意義上能夠全盤決策指揮的領導。捻軍中的捻即捏，意思是將分散的力量捏合起來，形成一股勢力，而這些勢力都是由家族、親友、老鄉爲紐帶，由其中傑出的或德高望重者領導。賴文光及流亡到北方的太平天國諸王們與捻軍間格格不入，最嚴重的是捻軍中最善戰的任柱與憑藉父蔭的張五孩矛盾重重，雙方在戰場上甚至發生過敗不相救的惡劣狀況。東捻與西捻自曹州決裂後一支南下湖廣，一支前往西北，彼此越走越遠，再沒有協同作戰的機會。西捻雖然比東捻多存活大半年，但聲勢較小直至無聲，東捻則活躍在中原一帶，大起大落的走完一生。
李鴻章走馬上任後，仍然遵照曾國藩的攻剿方略，但加以改進，針對其轄區鬧得正歡的東捻提出了“扼地兜剿”的對策，“困於山深水復之處，然後各省之軍合力，三四面圍困之”，同時堅壁清野，採取保甲連坐，切斷地方百姓與捻軍的聯繫，又在關外大肆買馬擴充騎兵部隊，加上兩江源源不斷的提供充足糧餉，勇於任事又愛升官發財的李鴻章準備大幹一場，讓他失望的是起步並不順利。
捻軍中一直流傳着賴文光善謀、任柱善戰的說法，因此東捻在這兩人的協同領導下由河南信陽進入湖北，沿途一度擊敗湘、淮軍，殺死淮軍元老張樹珊，湘軍大將彭毓橘(死後遭肢解，曾國藩表弟)，生俘淮軍名將郭松林(因受傷嚴重看管不嚴，後被其親兵救走)，可謂戰無不勝，直至在京山尹隆河碰上淮軍第一名將劉銘傳。起初，劉銘傳因判斷失誤，以爲東捻是驚弓之鳥，起了輕敵之心，後被任柱的騎兵沖垮防線，孤立無援下身着官服閉目等死，結果被湘軍名將鮑超救下。鮑超部原本前往西北協助左宗棠，但曾左不和，加上戰事吃緊，臨時被曾國藩和李鴻章截留，沒想到幫了大忙，不僅救了劉銘傳(後來劉銘傳恩將仇報)，而且所部生力軍順勢擊垮了捻軍。
東捻軍在尹隆河之戰中先勝後敗，戰死及溺死萬餘人，被俘八千多人，士氣大受打擊，原本由湖北進入富裕的巴蜀戰略成空，此後雖有局部小勝但於事無補，逐漸開始走下坡路。當年，鄂豫皖一帶鬧災荒嚴重缺糧，糧餉得不到補給的捻軍聽說山東糧食豐收，決定前往就食。這樣就爲李鴻章的策略提供了施展的機會。東捻先後突破運河、膠萊河防線，一直衝到煙臺附近。
1867年6月，李鴻章聽從劉銘傳的建議，佈置了三道河防線：膠萊線，運河線以及六塘河防線。將東捻軍困在黃河南岸、運河東岸、膠萊河西岸和六塘河北岸的狹窄區域內。八月下旬，東捻軍艱難突圍至運河防線，遭遇淮軍潘鼎新部的頑強抵抗，又加上大雨連綿，河水盛漲，東捻軍心大亂。捻軍小頭目潘貴升被劉銘傳部俘虜隨即叛變，以三品武官頂戴及兩萬兩白銀乘機殺害了任柱。善戰的任柱死後，東捻軍心徹底渙散，無奈之下賴文光率殘部重上山東，結果一敗於濰縣，再敗於壽光，二萬將士戰死。賴文光率六千人苦戰逃出，準備下江蘇，在六塘河又遇到鮑超的阻擋，後來雖從陳國瑞部的缺口突破六塘河，但終於大勢已去，人少力弱。1868年1月5日，身邊只有幾百人的賴文光在揚州東北瓦窯鋪一帶被淮軍將領吳毓蘭擊敗俘虜，留下幾百字的供詞後被就地處死，東捻軍至此滅亡。
西捻軍進入陝西后也不如意，與當地的起義部隊經常發生摩擦，衝突次數要比合作多得多。當聽聞東捻軍處於不利處境時，西捻軍採用“圍魏救趙”的方式，一度進逼保定、天津，以威脅清廷京畿來減輕東捻軍壓力。但是，此舉不僅沒有奏效，反而給自己帶來滅頂之災。1868年7月，西捻軍被淮軍圍困於魯西北。8月，淮軍收縮包圍圈，在天時地利人和皆不濟的情形下，西捻軍於茌平全線潰敗，首領張宗禹跳入徒駭河自殺。至此，活躍五年多的新捻軍終於退出歷史舞臺!
