1932年5月，一位玻軍少校乘飛機巡視北查科時，發現一個大湖。由於北查科炎熱乾旱，玻、巴兩國對控制當地水源極爲重視。一個面積廣闊的湖泊，戰略意義重大。
少校向政府報告了這一重大發現，並很快接到命令：迅速佔領該湖泊。於是，他便帶領着一支小分隊趕往湖邊。經過3個星期的艱苦行軍，當他抵達湖邊時卻沮喪地發現，巴軍已在湖邊建起一個有10人駐守的哨所。由於兵力佔優，少校決定發起進攻，這個被巴國稱爲“皮蒂安圖塔要塞”的哨所很快陷落。
這只是一次不起眼的小衝突，卻引爆了兩國的全面戰爭，查科戰爭就此爆發。
戰爭初期，巴拉圭由於戰爭準備不足且裝備陳舊，缺少武器，甚至有的士兵沒有槍支而使用彎刀作武器。巴軍因而明顯處於下風。
玻軍實力佔優，準備也更爲充分，連續拿下北查科的科拉萊斯、托萊多和博克龍等3座堡壘。薩拉曼卡於此時暫停攻勢，開始積極尋求國際社會干預。
玻國的“如意算盤”是憑藉戰場上的有利局勢獲取談判優勢，迅速結束戰爭，保住勝利果實。然而，在國際聯盟調停過程中，玻方提出的“必須獲得巴拉圭河沿岸港口”的要求，被巴方一口回絕。同時，巴方還要求玻方將攻佔的堡壘和要塞全數無條件奉還。雙方分歧過大，調停失敗，戰爭繼續。
然而，這次“短暫調停”卻給了巴國喘息的機會。巴國在這段時間裏進行全國動員，兵力急劇膨脹。1932年8月初，巴拉圭進行全國總動員，總兵力從3000人迅速擴充到6萬人。由何塞·費利克斯·埃斯蒂加里維亞(José Félix Estigarribia)中校指揮，於1932年8月12日收復皮蒂安圖塔，1932年9月底收復博克龍，1932年10月23日奪取了玻軍前線指揮部阿爾塞要塞，殲玻軍1200人。
1932年12月，玻軍改由德國將軍漢斯·孔特(HansKundt)指揮。孔特是一位老派將軍，他的上任並未能改變戰局。巴軍進攻仍在繼續，戰況也越發慘烈，雙方不斷拉鋸。1932年12月，巴軍進攻薩維德拉，雙方在一塊名爲“七千米”的開闊地展開血腥戰鬥。此戰，雙方共投入2.5萬人，依靠塹壕、機槍和重炮進行混戰，陣地上屍橫遍野，人稱“凡爾登絞肉機”南美版。由於孔特指揮失誤，草率反擊，導致玻軍2個師被全殲，這處戰場也因此得名“血腥的七千米”。玻軍自此一潰千里。到1932年底，巴軍已攻佔北查科30多個據點。在短短半年裏，雙方傷亡人敵超過3萬。1933年初，玻軍集中兵力進攻巴軍要塞納納瓦，久攻不克，雙方損失慘重。
1933年5月10日，巴拉圭正式對玻利維亞宣戰。埃斯蒂加里維亞經數月準備，於1933年10月指揮2.5萬名巴軍在70公里長的戰線上發起反攻，至12月中旬把戰爭推向玻利維亞佔領的查科地區，殲玻軍2個師、俘獲8000人。玻軍遭此慘敗後，由佩尼亞蘭達將軍接替孔特負責指揮。
1934年1月，巴軍向皮科馬約河左岸玻軍要塞巴伊維安發起進攻。
1934年3～7月，雙方在此展開血戰。1934年11月17日，巴伊維安失陷。至年底，巴拉圭控制歸屬有爭議的北查科地區。
1935年1月中旬，巴軍進入玻境，推進到帕拉佩蒂河畔。1935年2月，玻軍從比亞蒙特斯發起反攻，將巴軍擊退。此時雙方都損失慘重，均無力再戰。
1935年6月，在國際聯盟和周邊國家的調停下，玻、巴雙方實現停火。1938年，兩國代表在阿根廷首都布宜諾斯艾利斯簽訂了《查科和約》。巴拉圭獲得北格蘭查科地區約18萬平方公里的土地，並稱之爲“查科地區”(Chaco);玻利維亞獲得約8萬平方公里，並得到經巴拉圭河進入大西洋的航行權。阿根廷外長卡洛斯·薩維德拉·拉馬斯因成功調解這次戰爭而獲得1936年諾貝爾和平獎。
歷經3年的查科戰爭，使兩國共死亡10萬餘人，其中玻方約6萬人，巴方約4萬人，超過了這兩個小國每年的人口增長數，使這兩個本不發達的南美國家被拖到了崩潰的邊緣。而對於戰敗玻利維亞的損失更加慘重，加上1883年硝石戰爭的失敗，玻利維亞自獨立後已經喪失了約50%的領土。
爲了在戰爭中取勝，兩國不惜大舉借債，僅玻方借債便高達2.28億美元。作爲債權方，美孚石油公司等跨國企業在戰後加深了對兩國經濟的控制，而維克斯等國際軍火商更是直接從戰爭中獲取暴利。另外，阿根廷、美國等國作爲調停核心，藉機在南美樹立起了威望。
