1657年8月6日，鮑·赫麥爾尼茨基病故。貴族出身的伊凡維霍夫斯基當選爲烏克蘭哥薩克統領(1657~1659)。他奉行親波蘭政策，廢棄了佩列雅斯拉夫協定，以圖脫離俄國。他的主張引起了哥薩克上層的分裂。站在維霍夫斯基一邊的有總法官鮑格丹諾維奇一紮魯德尼、佩列雅斯拉夫團團長巴維爾捷捷里亞等。反對維霍夫斯基的有波爾塔瓦團團長馬爾丁·普什卡里和扎波羅熱哥薩克統領雅科夫·巴拉巴什。1657年底，他們在扎波羅熱和左岸烏克蘭南部發動反維霍夫斯基的起義，烏克蘭陷入了內戰1658年夏，起義被鎮壓。
普什卡里在戰鬥中陣亡。巴拉巴什被俘後被處死。1658年6月，維霍夫斯基派捷捷里亞赴華沙同波蘭政府談判。9月16日，波烏雙方代表在加佳奇簽訂了條約烏克蘭以自治的“羅斯公國”名義加人波蘭一立陶宛國家。加佳奇條約又引起一部分親俄哥薩克上層和農民羣衆的反民對。在烏克蘭再一次爆發了反對維霍夫斯基的起義。起義由農領袖伊凡·鮑貢和扎波羅熱哥薩克統領伊凡·西爾科領導。
這時候，土耳其及其藩屬克里木汗國虎視眈眈地準備人侵烏克蘭。俄國政府眼看到嘴的肥肉有被波蘭或土耳其、克里木汗國重新奪走的可能，於是派督軍格里戈裏·羅莫達諾夫斯基率軍入侵烏克蘭。俄軍及其支持下的哥薩克車向波軍和維霍夫斯基的哥薩克軍發動了進攻，俄波戰爭重新爆發。11月，俄國同瑞典在納爾瓦附近的瓦利耶薩里，簽訂了停戰協定。隨後俄軍在白俄羅斯和立陶宛向波蘭一立陶宛軍隊，發起了進攻1858年底，由古謝夫斯基指揮的波蘭一立陶宛軍隊戰敗向涅曼河撒退。
在烏克蘭，俄軍在1659年4月包圍了波蘭軍隊部，但在6月間又被維霍夫斯基的哥薩克軍和軍隊打敗。維霍夫斯基乘機收復第聶伯左岸烏克蘭。8月，俄軍主力從基輔出發，大敗維霍夫斯基軍隊。維霍大斯基逃往波蘭。鮑·赫麥爾尼茨基的兒子尤里·赫麥爾尼茨基在佩列雅斯拉夫當選爲烏克蘭野薩克統領(169-163)他恢復了佩列雅斯拉大協定。但是俄國政府修改了《三月條例).取消了烏克蘭的自治地位波蘭人民經過5年的浴血抗戰，在斯蒂凡·查爾涅茨基統帥的領導下，運用游擊戰和消耗戰的戰略戰術，終於把瑞典侵略者趕出國土。1600年5月3日，波瑞兩國代表在格但斯克附近的奧利瓦簽訂了和約，恢復了兩國原先的邊界。
奧利瓦和約使波蘭得以全力以赴地反擊俄軍的進攻。1600年6月25日，波軍在統帥斯蒂凡·查爾涅茨基指揮下在白俄羅斯的波隆卡打敗俄軍;10月8日，在恰烏瑟再敗俄軍俄軍被迫退到波洛次克和莫吉廖夫。1661年，波蘭國王楊，卡齊米日親臨前線督戰。同年12月，波蘭一立陶宛軍隊相繼收復維爾諾和格羅德諾在烏克蘭戰場，波蘭一韃靼聯軍在斯·波託茨基和耶，盧博米爾斯基的指揮下於1660年9月在楚德諾夫包圍了由舍列麥捷夫指揮的俄軍。11月3日，俄軍由於彈盡糧絕被迫投降。波軍還迫使尤·赫麥爾尼茨基宣佈脫離俄國，效忠波蘭國王楊·卡齊米日。這樣，波軍控制了右岸烏克蘭。
波軍企圖奪取由俄軍堅守的基輔，但始終未能成功。第聶伯河左岸的哥薩克不承認尤·赫麥爾尼茨基爲統領，選舉伊凡·勃柳霍維茨基爲新的哥薩克統領。尤·赫麥爾尼茨基反覆無常，時而親俄，時而親波，不久喪失了波蘭的信任。1663年初，第聶伯河右岸烏克蘭的哥薩克選舉巴維爾·捷捷里亞爲新的統領。馬克蘭由此分爲兩個部分。1663年底和164年初，波蘭軍隊和捷捷里亞統率的哥薩克軍在韃粗軍隊的支援下，向左岸烏克蘭進軍。波蘭國王楊·卡齊米日親臨烏克蘭前線。
俄波戰爭第2階段進入最激烈的狀態。1663年11月，波軍繞過俄軍堅守的基輔、佩列雅斯拉夫和涅任等城市向東推進。次年1月和2月，波蘭一哥薩克聯軍同羅莫達諾夫斯基和勃柳霍維茨基指揮的俄羅斯一哥薩克聯軍先後在格盧霍夫和北諾夫哥羅德展開激戰。波軍戰敗，退回右岸。伊凡·鮑貢在戰鬥中陣亡。1664-1665年，在右岸烏克蘭爆發了一部分哥薩克和農民反對波蘭和捷捷里亞的起義。捷捷里亞逃往波蘭。彼得·多羅申科當選爲右岸烏克蘭的統領(1665-1676)。他繼續效忠波蘭國王並尋求土耳其和克里木汗國的保護。
