1525年3月末施瓦本聯盟的軍隊來到烏爾姆。在多瑙河下游方向不遠處的萊普海姆有約5000農民聚集搶劫當地的修道院和貴族莊園。施瓦本聯盟的軍隊因此向萊普海姆進發，在路上就已經擊潰了多羣搶劫的農民。4月4日在萊普海姆附近爆發了第一場大規模的戰鬥。當地的農民戰敗。萊普海姆必須付罰金，農民的領導人被處死。
同年四月初農民在內卡河谷和奧登瓦爾德山脈起義。1525年復活節(4月16日)他們聚集在瓦恩斯貝爾格。起義農民將被大家都痛恨的路德維希·馮·海爾豐斯坦伯爵(神聖羅馬帝國皇帝馬克西米連一世的一個女婿)及其騎士折磨致死。這個事件導致了農民獲得了一個血腥和搶劫的名聲，使得許多貴族反對他們。作爲懲罰瓦恩斯貝爾格因此被焚燬。農民的首領被處火刑。剩餘的農民與由弗蘭肯貴族弗洛裏安·蓋依領導的農民會合，組成了一支有1.2萬人的起義軍。在古茲·馮·伯利辛根的領導下他們對抗美因茨和維爾茨堡的大主教以及普法爾茨選帝侯的軍隊。
4月12日施瓦本聯盟的軍隊與博登湖最大的農民軍作戰並很快獲勝。農民被解除武裝，每人必須付很高的罰金。
1525年4月13日施瓦本聯盟的軍隊在軍事訓練上比較良好的另一支農民軍前不得不撤退。一天後在巴特烏爾扎克遇到了阿爾戈伊的農民軍。施瓦本聯盟軍的首領與農民談判並促使農民解除武裝。4月20日他在魏恩加騰與博登湖的起義農民達成協議。他保障農民可以安全撤退，並且讓一個仲裁法庭來決定他們的要求。
1525年4月16日符騰堡的農民聚集，約8000人首先佔據斯圖加特，5月遷往伯布林根。
在施韋比施哈爾和施韋比施格明德也有一些農民聚集，約3000人搶劫了勞赫和穆爾哈德的修道院，霍亨施道芬堡被焚。在克賴希高和奧爾滕瑙也有修道院和城堡被搶劫和焚燬。
博登湖的起義被平息後施瓦本聯盟的軍隊開始向內卡河進發。在巴林根、內卡河畔的羅滕堡、海倫貝爾格以及1525年5月12日在伯布林根農民軍雖然數量衆多但是均被擊敗，其首領南逃。1525年6月2日內卡河谷和奧登瓦爾德山脈的農民也被擊破。
1525年5月23日一羣約1.8萬人的南黑森林農民佔領弗萊堡。此後其首領打算去給圍困在拉多夫茨爾的農民解圍，但是隻有少數人跟隨他，大多數人決定回家種地去。因此解圍的軍隊人數很少，很快就被斐迪南一世的軍隊消滅了。1525年6月4日施瓦本聯盟的軍隊在維爾茨堡遇到了由古茲·馮·伯利辛根領導的農民軍，古茲·馮·伯利辛根在作戰前夜藉口逃跑，因此第二天農民軍沒有首領，在兩個鐘頭內約8000農民喪身。
此後施瓦本聯盟的軍隊再次南下，7月末在阿爾戈伊戰勝了最後一批起義者。這支軍隊在四個月內轉戰了1000多千米。
此前，1525年5月15日，在弗蘭肯豪森戰役中由托馬斯·閔采爾領導的圖林根的起義軍就已經被領主軍隊戰敗了。閔采爾被俘，於1525年5月27日在穆爾豪森被砍頭。其它許多小起義也被鎮壓，在9月份所有的戰役和懲罰均結束。
