慈航法師1895年八月初七出生於福建省建寧縣，1912年，到鄰邑泰寧縣的峨眉峯，禮自忠和尚爲師，剃度出家。初出家之年，隨師禮佛誦經，翌年秋間，往江西九江能仁寺受具足戒。受戒後的慈航，曾學禪於圓瑛法師，聽經於諦閒法師，學淨於度厄老和尚。
1927年，慈航法師以33歲之齡入學廈門南普陀寺的“閩南佛學院”，這時太虛大師以南普陀寺住持兼佛學院院長，可惜前後不到半年便因學潮牽連退學，他從太虛大師受教的日子並不多，但由於1939、1940年間，他參加佛教訪問團，隨大師訪問印度、錫蘭及南洋各國，所以一般都視他爲太虛大師的門下，他本人也以大師弟子自居。
1947年3月，太虛大師在上海玉佛寺圓寂，太虛大師逝世後，中國佛教的整理工作無形中停頓下來，而大師一生致力的佛教改革運動也無人再提。所以在大師逝世那一年的夏天，慈航法師印了一份“中國佛教革命的呼聲”的小刊物，寄給國內各寺院，呼籲叢林寺院興辦佛學院，舉辦各種社會、文化、慈善事業。他並呼籲僧青年起來革命，爲中國佛教前途而努力。
1948年秋天，慈航法師應中壢圓光寺妙果和 慈航法師肉身聖像 尚之請，來臺辦“臺灣佛學院”，佛學院只辦了半年就結束。後來由汐止靜修禪院住持興建“彌勒內院”，迎他去駐錫，並繼續授課。在那段時間，“彌勒內院”成了臺灣的佛學教學中心。
1953年的舊曆除夕，慈航法師對弟子們說：“我的舊舍(指色身)已壞，要換新舍，我明年2、3月不走，最遲3、4月就要走。”他並囑咐各人，不要把消息傳出去。果然到第二年舊曆四月初四(1954年5月6日)，慈航法師以腦溢血示寂。
他寂後坐缸，面目如生，儼然老僧入定;封缸後，安葬在後山基塔。5年之後，在1959年5月19日，弟子們開缸檢視，發現他肉身不壞，袈裟完好，面呈紫色，眼睛發亮，耳鼻口俱全，脣尚軟，並長出稀疏的頭髮和髭鬚，眉毛亦長了許多。後來經裝金後，迎歸於彌勒內院安座供養——成爲臺灣第一尊肉身菩薩。
