日軍侵入後，朝鮮朝廷曾有爭議，有的主張直接嚮明朝求助援軍，有的主張自主抗戰。結果在宣祖的支持下，緊急嚮明朝派遣了請援特使。開戰之前，明朝已從朝鮮、琉球等地接到報告，一直注視着日本不同尋常的動態。長期以來，明朝和朝鮮一直是脣亡齒寒的關係。但明朝在邊境叛亂鎮壓未果的狀況下，針對派遣援軍也有不同意見：有的主張堅守明朝、朝鮮邊境鴨綠江，有的主張直接派兵朝鮮。最後兵部尚書石星的主張佔據了主導地位。他認爲日軍的目的是“侵略大陸”，所以應在朝鮮防禦，不然戰禍將會殃及中國。
獲悉日軍抵達鴨綠江不遠的平壤時，遼東鎮部隊應急命出動。6月中旬，雖人數不多，明軍已渡過鴨綠江進入朝鮮。7月16日遼東副總兵祖承訓率領3千兵力攻擊平壤的小西軍。明軍敗。但自此戰況發生了變化，戰況漸漸擴大成日軍對朝、明聯軍的三國間的戰爭。因祖承訓戰敗，明朝痛切地感覺到有必要從南方調入炮兵。明朝最終派遣了剛剛鎮壓了西北邊境叛亂的李如鬆。第二年(1593)正月七日，提督李如鬆率43000明軍，與朝軍聯合，開始了收復小西行長軍營的平壤城戰鬥。
在明軍、朝軍壓倒性火力攻擊下，小西軍交出了平壤城，潰退至漢城。在明軍的大規模參戰下，朝鮮收復了平壤城，朝軍看到了希望。小西軍的敗退大大打擊了在朝日軍。石田三成等在陣奉行(即督陣官)向秀吉報告了平壤的戰敗，並讓加藤軍等各軍團集合在漢城防備明軍。正月二十六日，日軍在漢城近郊碧蹄館一帶爲阻止勢不可擋的明軍南下，以破釜沉舟的決心打敗了李如鬆軍以騎兵爲中心展開的追擊戰，日軍的碧蹄館勝利挫敗了明軍的勢頭。但半個月之後，日軍卻在幸州山城之戰中大敗給權慄率領的朝軍，宇喜多秀家、石田三成等負傷。漢城的在朝日軍兵力消耗幾近五成，軍糧和物資也嚴重不足。
在碧蹄館之戰中，李如鬆軍一敗塗地、意志消沉，便想用議和的方式讓日軍撤退，遊擊將軍沈惟敬和以小西爲首的日軍開始議和交涉。明朝的目的，是在鴨綠江以南的朝鮮領土上阻擊日軍，所以明朝也認爲與其拼死戰鬥，不如盡力和平解決。沈惟敬是上一年(1592)8月兵部尚書石星推薦的謀士，他到朝鮮平壤與小西行長會談，最後達成休戰50天的協定。沈惟敬再次全方位地與日軍交涉的結果，則是4月8日在龍山會談中達成的協議，內容即是當時日軍返還俘虜的朝鮮兩位王子，日軍撤出漢城，明朝也撤離明軍且派遣使者至日本。
4月18日，日軍領着沈惟敬派來的假明朝使節撤出漢城。朝方欲追擊撤退的日軍，希望和平解決的明朝置之未理，側面禁止了朝軍的戰鬥行爲。日軍撤出了漢城，明軍也就勢南下。6月，李如鬆部隊進駐漢城，宋應昌部隊進駐定州，劉、吳惟忠部隊進駐大邱，王必迪部隊進駐尚州，駱尚志、宋大斌部隊進駐南原。表面上他們包圍了日軍，卻沒有發生戰鬥，一直處在對峙狀態。李如鬆謀劃，擬將沈惟敬、徐一貫、謝用梓等派往日本，令日軍撤走。石田三成等3位奉行和小西行長，帶着冒充明朝使節團的徐一貫、謝用梓和沈惟敬到達名護屋，5月23日拜見了秀吉。
秀吉讓明朝使節團滯留到6月28日，一邊推遲和平交涉，一邊動員在朝日軍，欲佔領去年慘敗的晉州城(在本書第三部晉州之戰中詳述)。當時秀吉給明朝使節看的所謂“和平七條”，是自己隨意擬定的。迎娶明皇公主作爲日本后妃，恢復勘合貿易，明朝和日本兩國大臣永誓盟好，把朝鮮南部四道割讓於日本，再把朝鮮王子及一至兩名大臣作爲人質。從其內容上看日本彷彿成了戰勝國，但從戰況上看，形勢對日本卻很是不利。石田三成和小西行長應該比誰都清楚，這種情況下朝鮮不會接受秀吉無視朝鮮的主張。而小西行長則想方設法達成和約，和沈惟敬謀劃欺騙主君，把心腹內藤如安作爲秀吉的議和特使派到北京。
另一方面，6月29日日軍攻克晉州城，殘殺居民數萬，把那一帶變成了廢墟，然後全軍按照秀吉之命令，撤到釜山浦周邊加強守備。8月以後，日軍相繼回國。陸地戰場，12月初安康之戰是最後一戰，之後進入相對穩定的狀態。除了1594年李舜臣攻打日本水軍的戰鬥，直到1597年丁酉再亂爲止，再也沒發生過武裝衝突，只是維持了議和交涉的狀態。當時，朝鮮是被侵略的當事國，但在議和交涉中卻被排除在外。1594年12月，內藤如安持沈惟敬和小西行長共謀僞造的“關白降表”前往北京。
但朝鮮的《宣祖實錄》和當時的義兵將領日記《亂中雜錄》中也有“關白降表”，以此可推測沈惟敬等人事先告知過朝方。這是給明朝畢恭畢敬的降書。主要內容是把戰爭責任全部推給了朝鮮，記下了沈惟敬和小西行長在朝鮮的功績，希望明朝能將他冊封爲藩王。這和秀吉提出的“和平七條”截然不同。明廷不知內幕，認爲內藤如安是秀吉派來的降服使，便滿足瞭如安的要求，冊封秀吉爲日本國王，並提出了以下3條：一、自今釜山倭衆盡數退回，不敢留住一人。一、既封之後，不敢別求貢市，以啓事端。一、不敢再犯朝鮮，以失鄰好。披露情實，果爾恭誠。主和派石星提出了日軍撤離朝鮮後，只冊封而不準求貢，朝日修好，日本永不侵略朝鮮等要求。
內藤如安擔心議和失敗，立即發誓遵守此項。明朝對石星和內藤如安的交涉內容表示滿意，決定把秀吉冊封爲日本國王。明朝派冊封正使李宗誠、副使楊方亨一行，於1595年11月，進入釜山小西軍軍營，繼而打算前往日本。可臨行前正使李宗誠卻得知——秀吉壓根兒沒有想要得到冊封的意思，秀吉只想誘引明朝使臣拘留、侮辱的消息(據說這也是沈惟敬的計謀)，李宗誠嚇得半夜逃走。無奈之下只好由楊方亨頂替正使，沈惟敬頂替副使前往日本。這期間沈惟敬和小西行長爲了事前準備東奔西跑，反覆謀劃。
朝鮮朝廷應沈惟敬的隨行要求，派接待沈惟敬的黃慎爲正使，攜朝鮮使節團和明使節團一同前往日本。1596年9月1日在大阪城，明朝冊封使與秀吉會見授予封王金印，並向秀吉等武將按官級授予官服。第二天，日方爲明朝使節擺宴，秀吉等穿明朝官服參加宴會，當天秀吉才知道了事情的真相，明皇帝的敕書中，根本沒有提到秀吉所期待的“和平7條”，只是提到“封你爲日本國王”。秀吉大怒，馬上命令動員大軍。沈惟敬和小西行長經數年謀劃的議和計劃，一下子成了泡影。
