北宋靖康二年(公元1127年)十一月二十七日，趙昚出生。
紹興二年(公元1132年)，6歲的趙伯琮幸運地被失去生育能力的高宗選中，育於宮中。
紹興三十年(公元1160年)二月二十四日，趙昚被立爲皇子，改名瑋。二十五日，下詔。二十七日，授爲寧國軍節度使、開府儀同三司，進封爲建王。
紹興三十一年(公元1161年)，完顏亮南侵，朝中多數大臣主張逃跑，時年35歲的趙昚主動上書，請求領兵與金兵決戰。但經老師史浩的提醒，爲了避免高宗疑心，他再次上書，請求在高宗親征時隨駕保護，以表孝心與忠心。
紹興三十二年(公元1162)五月二十八日，被立爲皇太子，改名爲眘。六月宋高宗以“倦勤”，想多休養爲由，傳位給養子趙昚，是爲宋孝宗。高宗自稱太上皇帝。從此，宋朝皇位又回到了太祖一系。初，高宗很早就有禪位之意，曾經告訴過趙昚，趙昚流着淚堅決一再推辭，適逢邊事爆發沒有結果。
紹興三十二年(公元1163)七月，也就是孝宗即位後的第二個月，頒佈手諭，召主戰派老將張浚入朝，共商恢復河山的大計。
紹興三十二年，接受老師史浩的建議，下詔爲民族英雄岳飛冤獄昭雪平反，追復岳飛原官，赦還被流放的岳家家屬，並逐漸開始爲被貶謫和罷免的主戰派大臣平反覆官。
隆興元年五月，孝宗任命張浚爲北伐主帥，北伐戰爭拉開序幕,宋軍一月之內恢復靈壁、虹縣和宿州,威懾中原。後來在金軍優勢兵力的反攻下，宋軍主將不和，軍心渙散，撤兵符籬時遭到金兵的追截，損失慘重，只好再次與金國達成和議，改稱臣爲稱侄，增加歲幣等，北伐戰爭就此草草收場。
乾道八年公元1172年春正月初一，頒佈《乾道敕令格式》。
乾道九年宋孝宗於圜丘祭祀，大赦天下，改次年(1174年)爲淳熙元年。
淳熙三年(1176年),孝宗頒詔將現行的救令格式，仿照“吏部七司條法總類”，隨事分門，修纂成“淳熙條法事類”，作爲大理寺和刑部處理案件的法律依據。
淳熙十三年，臨安府罷逐青吏300多人，兩年後又裁汰百司冗官700多人。另一方面嚴格限制恩蔭數目，縮減各級官員蔭補的數量。
淳熙十四年十月，高宗崩於德壽宮中，孝宗聽聞後失聲痛哭，兩天不能進食，又表示要服喪三年。孝宗爲了服喪，讓太子趙惇參預政事。
淳熙十六年二月初二(公元1189年2月18日)禪位於太子，太子即位，是爲宋光宗。孝宗自稱太上皇，閒居慈福宮，後改名重華殿，上尊號爲壽皇聖帝，繼續爲宋高宗服喪。
紹熙五年(公元1194年)五月初二，宋孝宗染疾。六月初九，孝宗在重華殿逝世，終年六十八歲。十月二十九日，上諡號爲哲文神武成孝皇帝，廟號孝宗。十一月二十八日，暫殯於永阜陵。十二月十八日，在太廟附祭孝宗神主。慶元三年十一月初二，加諡號爲紹統同道冠德昭功哲文神武明聖成孝皇帝。
