既然馬寶、胡國柱、王緒等人已死，昆明外援等於就絕望了。即便如此，郭壯圖和吳世璠依舊沒有任何降意，死死堅守昆明城……
清軍圍城半年多，還是不能破城。
由於幾十萬清軍暴露在外，加之不服水土，陸續感染疾疫，病死的日益增多。接着，由於糧餉轉運不繼，清軍營內已經出現糧食供應困難的情況。
在這樣的情況下，守城的死守，攻城的不走，雙方繼續僵持着，看誰能熬到最後。
到了康熙二十年(1681年)九月，康熙帝得知昆明城久攻不下，氣急敗壞，又下詔旨死催。同時，他還以滿洲皇族特有的陰狠，指示清軍將領派遣先前投降的吳軍將士先登城牆做炮灰，拿這些人的屍首爲清軍後續攻城部隊做鋪墊物。
包圍昆明半年多，按理說城內糧食早就盡絕了，爲什麼城內軍民還能死守呢?經過仔細盤查，清軍將領發現，昆明城一面臨昆明湖，所以清軍封鎖線圍困不嚴。而且，昆明堅城所賴水運的昆明湖，南北百里，一直沒有嚴加封鎖，舟船時常往來。
當時，駐守昆明湖周遭安寧、晉寧、昆陽、呈貢四州縣的清軍，大都是剛剛投降清軍不久的吳三桂舊部將士，他們不忍心昆明城內的親屬和老戰友捱餓，所以對湖區沒有嚴加封鎖。
對此，統帥部發現後馬上採取措施，殺掉一批心懷同情的吳三桂舊部將士之後，趕忙改派八旗兵駐守昆明湖沿線，從此，就切斷了城內的糧食來源。
九月，漢將趙良棟平定四川叛亂後，率領大兵渡過金沙進抵昆明，與章泰、賴塔兩路大軍會師。
趙良棟雖然是個漢人，但爲滿洲貴族打起仗來比滿洲人還狠。看到包圍昆明的滿洲將領一直害怕傷亡而按兵不動，趙良棟就兀自率領自己的寧夏綠營漢軍對昆明發動猛攻。
趙良棟所部連修整都不修整，不計死傷，即刻投入戰鬥。
看到漢軍如此兇猛，章泰都不好意思了。十月八日，他只得下令滿漢各軍進兵，直抵城下，把昆明城圍困數重。於是，清軍不分日夜，開始肉搏攻城。
數十萬清軍兵臨城下，運輸線又被截斷，城中糧食早已食盡。而箭矢嗖嗖，射入城中的招降書又表示投降免死。在這種情況下，守城的吳軍將領已經有不少人生出貳心，陸續有人偷跑出城，向清軍投降。
從出降的吳軍將領口中得知，昆明城內確實已經山窮水盡，章泰等人終於放膽攻城。
清軍猛攻數日，但昆明堅城真是太牢固了，一兵當垛，百兵莫上……
康熙二十年(1681年)十月二十八日這天，昆絕望之餘，明城內的吳國柱、吳世吉等人準備獻城投降。他們集結手下士兵，密謀發動兵變，想生擒逮捕吳世璠和郭壯圖後，開城獻給清軍。
忽然聽到殿外吶喊聲聲，才得知城內守軍叛變消息。至此，吳世璠徹底絕望。這個吳氏子弟，當時只是一個16歲少年，還真非常有血性。他立即穿上皇帝的服裝，昂首登臨大殿。坐在寶座上後，舉目四望一番後，忽然舉刀自刎。
大概由於少年人手力弱，一刀未死，這位美少年就自己楞生生以手抉出喉管，又硬劃一刀，終於鮮血如噴……
吳世璠這個少年，風儀翩翩。當他被吳三桂政權官員從北京偷運到昆明的時候，年方8歲。此前，嫡母爲大清公主，爺爺爲大清王爺，他的孩提時代肯定在北京過着錦衣玉食的貴族子弟生活;而後，祖父吳三桂起兵，迢迢路遠，父親吳應熊和幾個兄弟在北京遭到清廷殺戮、剪除，這個孩子在昆明之時，肯定知道這些消息。
8年多來，雖然居於深宮，吳世璠身邊肯定有碩儒老師教他民族大義。耳濡目染，國仇家恨，對這個少年來說，一切都絕對不再是書本上的文字，而是血淋淋的現實。正是在這樣的教化之下，吳世璠這樣一個16歲的、沒有經歷過任何生活磨礪的少年郎，才能毅然決然揮刃自盡。比起他軟弱怯懦的父親吳應熊，簡直判若雲壤。其悲壯剛烈，不遜南明少年英雄夏完淳!
當然，由於“三藩起事”被清廷定性爲謀逆的“三藩之亂”。吳世璠作爲“逆首”之一，加上他攤上了一個自私自利的老丈人郭壯圖，故而在歷史中一直被醜化、妖魔化……
得知“皇帝”自殺，吳世璠的“皇后”郭氏也投環自縊。宮中從死的宮內，多達百餘人.
郭壯圖最後時刻的表現還算爺們，聞變之後，馬上和他的兒子郭宗汾緊閉府門，然後相繼自刎而死。
郭壯圖和吳世璠都死了，城內叛變的吳軍將領怕不好向清軍交差，就抓住了吳三桂的“大學土”方光琛及其子侄等人，大開城門，出城向清軍投降。
數十萬軍清軍圍城近一年，死傷無數。待到昆明城降，出於報復心理，清軍清將入城後大肆殺掠一番，珍寶美女，恣其所欲!諸部清軍，只有趙良棟所部約束嚴格，殺掠不多。
得城之後，清軍馬上把吳世璠首級割下，傳送京師，然後把吳三桂首席謀士方光琛和他子侄押到軍前凌遲處死。接着，又大張旗鼓對先前事急投降的吳軍將領高啓隆、巴養元、李繼業等人斬首示衆。其間，不少吳軍悍將的家屬也被清軍殺絕。
當時，吳三桂已死去三年多，清廷很想找到他的屍首梟首戮屍來泄憤。不過，在清軍迫近昆明時，吳世璠和他岳父郭壯圖已經把吳三桂屍骨改葬他處。所以，清軍在昆明附近刨了數座大墳，都沒有找到吳三桂屍身。
最終，清軍在昆明安福園石橋下挖出一個骨灰匣，報稱是吳三桂骨灰。爲了請功，清軍統帥部就把這匣骨灰和吳世璠首級一併送到京師邀功……
當然，無論當時還是現在，大家非常關心吳三桂愛妾陳圓圓的下落。當初就是因爲這個絕色女人，吳三桂 “衝冠一怒”，使得他自己一生的命運和吳氏家族的命運得以全然改變。
但真實歷史記載中，包括清軍攻入昆明後對吳氏家屬的登記造冊，沒有任何官方文件言及陳圓圓。
民間筆記、野史記載就豐富多彩，有說她自縊的，又說她出家的，有說她隱居善終的，紛紛擾擾，陳圓圓下落，成爲千古之謎……
