南朝時期
公元304年之後，中國歷史進入南北分裂、南北對峙的階段。在南方，雖然先後有宋、齊、樑、陳四個政權的更迭，但這中間除梁元帝以江陵作都3年外，其餘的時間，南方各朝的京城始終建在建康(今南京)。劉宋(420-479年)是其中疆域最大、最強、統治年代最長的一個政權，歷4代8帝，共60年。齊(479-502年)國祚短暫，只有24年，但由於爭殺頻繁，竟歷3代7帝，平均3年一帝，是中國歷史上帝王更換極快的一朝。樑(502-557年)歷3代4帝，共56年，其中武帝蕭衍個人享國時間最久，幾近半個世紀。陳(557-589年)首尾凡33年，歷3代5帝。陳承衰樑之弊，是版圖狹窄、人口孤弱、力量單薄的王朝，加之統治者又極度腐敗，最終喪亡於北方強敵之手。歷史上把宋、齊、樑、陳這南方四朝稱之爲南朝。
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南朝的歷史是門閥士族由盛而衰的歷史，南朝的皇權比較強大，門閥士族社會地位雖然高貴，卻已不能完全左右政局。隨着江南開發的不斷深入，土著漢人在政治上逐漸上升，步入官僚行列，爲皇帝所倚重。從樑陳之際開始，南方內地的土豪，也成爲割據的一方勢力。
南朝宋
宋是南朝四個朝代存在時間最久的，共60年。
宋武帝劉裕原爲東晉北府軍的將領，在桓玄之亂後掌握朝廷。他爲了獲得聲望來篡晉，發動了兩次北伐，收復了山東、河南及關中地區(關中後被夏(十六國)佔領)。之後劉裕殺晉安帝，改立晉恭帝 ，並在兩年後(420年)如同魏晉舊事篡位，國號宋，改元永初，史稱劉宋，東晉亡。440年，北魏統一北方後，方與劉宋形成南北對峙。宋武帝出身于軍旅，爲人剛毅儉樸，稱帝后仍力行節儉，一時政風甚佳。但是他似乎不重視皇室教育，以至於所託非人，釀成鉅變 。他察覺當時世族權勢盛重，君主威權移墜，所以在朝政上重用寒族掌握機要，軍權重鎮則託付給宗室皇族。宗室掌握軍權及政區，因而心生篡位之意，所以皇帝與宗室之間發生多次骨肉相殘的慘劇。
宋武帝去世後，宋少帝繼立，因爲嬉戲失德 ，被輔政大臣徐羨之、傅亮及謝晦所殺 ，改立宜都王義隆，是爲宋文帝。 他後來與北府名將檀道濟剷除把持國政的徐羨之等人，至此政局穩定。宋文帝提倡節儉並澄清吏治，開創了“元嘉之治”。430年起，宋文帝屢次北伐，由於準備不足，再加上文帝的錯誤指揮，以致“兵荒財單”，國力大減。名將檀道濟因軍功被宋文帝猜忌而被剷除，又使劉宋失去能與北魏制衡的大將。當北魏發生蓋吳起事時，劉宋沒能即時北伐。到445年時，北魏趁勁敵柔然暫衰時開始發動多次南征，雙方於淮南來回拉鋸，北魏軍甚至一度逼近長江。劉宋在此後無力再舉。
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453年，宋文帝被太子邵所殺，三子劉駿趁機率軍奪位，即宋孝武帝。他爲人荒淫殘暴，姦淫其侄女，發生兩起宗室戰事，最後還屠廣陵城。當時民謠言道：“遙望建康城，小江逆流縈，前見子殺父，後見弟殺兄”，即表示這段歷史。其子前廢帝繼立後又大殺宗室，後爲湘東王劉彧所殺，是爲宋明帝。然而他亦大殺宗室，使宋孝武帝的子孫盡亡。其子宋後廢帝繼立後政局動盪，履有叛變，將軍蕭道成漸漸掌握軍權。後廢帝去世後，蕭道成擁立宋順帝，獨攬朝政。在消滅政敵袁粲與沈攸之後，於479年篡位，建國號大齊改元建元，史稱齊高帝，南朝宋亡。
齊是四個朝代中存在時間最短的，僅有24年。
齊高帝屬於蘭陵蕭氏的世族，但地位不高，所以遭世族權貴鄙視。他的政風也如同宋初，爲政節儉，在位四年即去世，由太子賾繼立，即齊武帝。齊武帝爲政清明，與北魏無戰事，安民保境，史稱「永明之治」。當時皇帝利用典籤官作爲耳目，來監察諸州政事及宗室諸王。齊武帝去世後，由皇太孫蕭昭業繼立，由蕭子良與蕭鸞輔政。然而齊帝奢侈荒戲，國政漸由蕭鸞掌握。蕭鸞有意篡位，殺齊帝后改立其弟蕭昭文，不久廢帝自立，是爲齊明帝。齊明帝繼位後，利用典籤官大殺宗室諸王，高帝與武帝的子孫都被殺盡[28] 。齊明帝去世後由太子蕭寶卷繼立。他昏庸殘暴，殺害顧命大臣，激起各地方鎮叛亂。亂事平定後，他又殺平亂有功的雍州刺史蕭懿。501年蕭懿之弟蕭衍宣佈舉兵，在江陵立其弟寶融爲帝，是爲齊和帝。蕭衍在攻入建康後，齊帝寶卷被將軍王珍國所殺。在次年蕭衍篡位，國號大梁，史稱梁武帝，蕭齊亡。
南朝梁
梁武帝過於信奉佛教，曾三次出家爲僧，也是頗爲傳奇的一個皇帝。梁武帝爲蘭陵蕭氏的旁支，爲人節儉，勤政愛民，使得樑朝前期開創盛事，國力勝過逐漸混亂的北魏。鑑於宋齊宗室的屠殺，梁武帝對其宗室十分寬容，即使犯罪也不追究。他學問淵博，提倡學術發展，使得南朝教育發達，南朝的文化發展至極致。然而在梁武帝後期，他喜聽人奉承，又迷信佛教，三次捨身同泰寺。由於僧侶道士不用賦稅，以致近一半的戶口記名其下，國家財政蒙受重大損失。當時的宗室及官員貪財奢侈，沉陷在紙醉金迷中而不能自拔。 。
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梁武帝初期，北魏在漢化運動後矛盾叢生，國力漸漸輸給南朝。至503年始，北魏與樑會戰於淮南地區，最後昌義之、曹景宗、韋叡在鍾離之役大敗北魏軍。至此梁武帝有意北伐，但範圍不出淮南地區。於516年壽陽之役擊潰北魏軍後因損失過大暫停北伐，至十年後才奪下壽陽。
梁武帝喜用降將，以期不勞而獲。北魏發生六鎮之亂時，梁武帝派陳慶之護送北魏北海王元顥北返繼位。當時的北魏主力尚在河北關中一帶平叛，陳慶之與元顥攻至洛陽，但因孤軍無援，北魏軍主力又回師洛陽，最後失敗。
東西魏時期，東魏將侯景受東魏及西魏逼迫投奔樑，梁武帝任用他北伐東魏。但在樑軍戰敗後，梁武帝意圖送還侯景以求和。他得知後舉兵叛變，南攻建康，史稱侯景之亂。樑將蕭正德引他渡江，使侯景攻入建康，梁武帝退至臺城。之後各地雖有勤王之師，但皆觀望。侯景聞知勤王師後一度和談，但最後叛約並攻陷臺城。建康淪陷後他屠殺江南世族，爲南朝政治帶來毀滅性打擊 。梁武帝最後餓死，侯景先後立殺梁簡文帝蕭綱及蕭棟，最後篡位，建國漢。但是侯景勢力僅在江東一帶，湖廣、四川一帶依舊由樑室掌控，只是各軍互相牽制，不願討伐。之後由廣州太守陳霸先率軍與湘東王繹派遣的王僧辯合進攻滅侯景。
湘東王繹於江陵繼位，爲梁元帝。之後據守益州的武陵王紀稱帝並攻擊江陵。梁元帝向西魏求救，武陵王紀後爲西魏攻滅，益州亦被奪走。次年，蕭詧引西魏軍趁機攻陷江陵，梁元帝被殺 ，西魏立他爲魁儡，史稱西樑。
梁元帝被殺後，陳霸先與王僧辯立晉安蕭方智爲帝，即梁敬帝。而後北齊迎蕭淵明南下，樑軍被擊敗，王僧辯屈事而迎立爲樑帝。陳霸先於是率軍殺王僧辯，復立梁敬帝，之後陸續擊潰北齊南侵及王僧辯餘黨，專政樑廷。最後於557年篡位，建國號爲大陳改元永定，史稱陳武帝，樑亡。
南朝陳
中國歷史上朝代名與皇帝之姓重合者，僅南朝陳一家。公元557年，陳霸先廢梁敬帝，自立爲帝，建立陳，是爲陳武帝。陳武帝是吳興人，此時，中國南方經過了多年的戰亂，當時僑姓世族及吳姓世族皆因侯景之亂而受創，經濟遭到了嚴重的破壞。許多地方勢力亦紛紛割據。在此基礎上建立起來的國家，便註定是短命的。由於陳武帝無法盡數平定而採安撫的方式。武帝死後其侄陳蒨繼位，即陳文帝。此時盤據兩湖的王琳叛變，聯合北齊、北周大軍東征建康。陳文帝先是擊潰王琳北齊聯軍，繼而封鎖巴丘，阻止北周順江東進。至此國勢方定。在位時期，他勵精圖治，復甦江南經濟，使南朝陳國勢強盛。
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文帝去世後由太子伯宗繼位，即陳廢帝。不久，其叔安成王頊廢帝自立，即陳宣帝。當時北周意圖滅北齊，於是邀陳朝共伐北齊。陳宣帝有意收復淮南於是同意，並於573年派吳明徹北伐，兩年後收復淮南。
陳
陳朝疆域以太建(569～582)時爲最廣。太建五年伐北齊，得和、南司、衡、巴、羅、定、揚、霍、合、江、西楚、東廣、淮、涇、南譙、東豫、光、建、譙、仁、潼、安、朔、青、冀等州，不僅恢復了淮南故土，而且也恢復了淮北的部分州縣。在一定程度上鞏固了陳的統治，但畢竟由於國力衰微。當時北齊衰落，陳宣帝本能趁機攻滅，但他只想守成即可。而後北周趁機攻滅北齊，並在577年南征，陳軍慘敗，南朝陳岌岌可危。然而北周武帝突然去世，北周朝政內亂，北周遂無意南征。
楊堅在建立隋朝後陳宣帝去世，由太子叔寶繼位，即陳後主。他荒淫奢侈，國政大亂，朝政極度腐敗。當時官吏剝削嚴重，人民苦不堪言。隋軍在南方收成季節，火燒南方的田地，南朝陳國力大衰。
588年，隋文帝任楊廣爲主將，發動南征。陳叔寶恃長江天險，照常歌舞。隔年，隋軍攻入建康，陳叔寶與愛妃張麗華、孔貴人避入井中後被俘，南朝陳遂亡。結束了中國長達近三百年的分裂局面。
