嘉靖是明代一個繞不過去的皇帝，在位時間長達45年，僅次於他的孫子萬曆。在嘉靖皇帝即位之初，就革除先朝蠢政，使朝政爲之一新。嘉靖的資質被認爲是非凡的。他愛學習，好動腦，博覽羣書，聯對敏捷。稍懂事時，就參加王府的一切例行儀式和典禮，還被帶到北京的皇宮和朝廷去，熟悉了宮廷儀式和典禮的規矩。他是過早成熟的。生活環境和教育薰陶，使他逐漸養成了自我感覺良好、旁若無人、自命不凡的習性。
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他的父親1519年7月去世後，年僅13歲的他，就接手管理王府，表現出了極高的管理才能。他15歲進京登皇帝位時，其思想體系和世界觀已初具雛形。他的治國方略就是在這種思想體系的指導下，得到幾個所信賴的大臣的幫助而逐漸形成的。嘉靖皇帝的治國方略，可以從他一生的作爲中梳理出以下幾條：用老臣，明孝綱，除舊弊，振朝堂等。他的治國方略，是採納解一貫條陳“十事”的結果，嘉靖本人也是身體力行的。正是這一治國方略才使得他年紀輕輕就站穩腳跟、掌穩政權。
嘉靖皇帝好標新立異，較少保守思想，爲強化君權、樹立“英主”形象，嘉靖九年(1530)開始進行以清理封建祭祀制度爲主要內容的改正祀典活動。改天地合祀粼天地分祀，去掉孔子王號，恢復“至聖先師”稱號等一系列清理和改定的舉措陸續實施。雖然這些與政治、經濟改革關係極小，但卻是嘉靖皇帝敢於變更祖制的結果。嘉靖皇帝在改正祀典中，將朱元璋制定的關於天地合祀，孔子祀典等多項規定改動了。這無疑動搖了祖制不得變動的陳腐觀念，一定程度上爲改革活動的開始清除了思想障礙。
同時，面對嚴重的財政危機，嘉靖皇帝也對社會弊端採取一些清理措施，以挽救王朝日漸明顯的頹勢。從這點出發，他對主要由地方官員發起的改革賦役的活動予以支持，准許在一定的地區內實施，這就爲諸如“一條鞭法”等新的賦役徵收制度的出臺和在局部地區的推行鋪平了道路。
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嘉靖皇帝爲解決長期困擾明王朝的宗藩問題而頒佈實施的《宗藩條例》更是嘉靖朝改革的重要成果。明朝的宗藩制度始於建國初期，在這個制度下，宗室家族世代承襲，只享受優厚的待遇，但卻無所事事，成爲由朝廷供養的一羣寄生階層。隨着時間的推移，宗室生齒日繁，人數不斷擴大，朝廷的負擔也就日益加重。洪武時，山西惟封晉王一人，到世宗時劇增爲兩萬餘人;朝廷所支付的祿米也由每年1萬石，增至87.2萬餘石。明王朝背上了沉重的負擔，越來越無法忍受。面對嚴重的“宗藩”問題，嘉靖皇帝採取一系列措施，企圖予以解決。其中收效較爲顯著的是嘉靖四十四年(1565)頒佈實行的《宗藩條例》。它一方面限制諸王宗藩的請封活動，另一方面減少親王的祿米，規定了數十條具體條款。這在一定程度上限制了宗室貴族勢力的膨脹，略爲減輕了朝廷的財政負擔。嘉靖皇帝實施的改革措施，爲萬曆初期張居正全面推行改革進行了準備。
嘉靖皇帝採用了以猛治國的方針，對大臣動輒予以廷杖，罰俸、罷官、下獄等方式的懲治。同時他又極喜聽阿諛奉承之言，凡善於拍馬的小人，往往得以升官晉級。這就使爲國分憂的正直臣子時常遭受打擊，而勢利小人和姦佞官吏則飛黃騰達，雞犬升天，社會風氣愈加敗壞。爲了牢牢控制朝廷大權，嘉靖皇帝還經常有意製造和利用朝臣之間的矛盾，使之相互爭鬥，他好居中操縱，掌握大權。這種惡劣作法，使朝臣的門戶之爭愈趨發展，開明代後期黨爭的先河。
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嘉靖四十五年正月，朱厚熄病情加重，而這一年也是他生命的最後一站。別了，居住二十四年的西苑，嘉靖帝已不能再看它一眼了，他極不情願地被擡到充滿恐怖和肅殺之氣的乾清官。上帝賜予他皇位，卻又僅賜予他一個普通人的體魄和智慧。當他對繁冗的朝政不堪擔荷時，他開始了逃遁，這是與其堂兄明武宗在實質上差別無幾的精神逃遁。他用齋醮焚修築起一道網，希冀把自己同整個社會隔離開來，在體會頌聖的道情樂聲中獲得靈感和歡娛，也獲得長生。但最後，他獲得的卻是孤獨。1567年，嘉靖帝去世，享年60歲，死後葬北京十三陵之“永陵”，諡“欽天履命英毅聖神宣文廣武洪仁大孝素皇帝”。
總括其生命歷程，他從不足十六歲便入繼大統、伴隨他的是近半個世紀的朝廷大政，是蒙騎蹄下的煙塵，是兇險環生的宮廷，是爭強無盡的內閣，是邊卒的叛亂，饑民的造反。可以說嘉靖皇帝既不是“英主”，也不是“昏君”，如果用“中材之主”來評價還比較合適。
