大明每年農稅二百萬兩白銀，因爲小冰河時期的影響，萬曆天子每年都要免除大量的農稅並賑災，他先是下令賑災款從內庫出，然後就是戰爭特別費從內庫出，接着是修河治水錢也要內庫出，還有軍屯歉收也要內庫補助等。
爲了應付各種開支，萬曆就挖空心思地掙錢。他除去收了近三百萬兩海稅銀和上千萬兩的工商鹽茶銀以處，還下令開放書局給內庫掙銀子，只要能賣出去的書一律刊印，或者只要肯交錢就給你印。
所以這個時代也是中國封建王朝時期書籍刊印得最多的時代，聞香教教主徐鴻儒的經書都是皇家書局刊印的，聞香教的作亂宣傳單也是皇家書局印的--就因爲徐鴻儒付錢了……
北京的路人穿的衣服也是五顏六色，這一切也是爲了稅收上的考慮。曾經有言官痛心疾首地談到大明的百姓穿的比官員還漂亮，更有人開始穿明黃色的衣料了。文臣要皇帝整肅朝綱，不許百姓僭越，一開始萬曆也曾猶豫過，但收絹稅和花布稅的太監問他："如果不許小民穿綾羅綢緞，那萬歲爺找誰收稅去呢?"
最後就是萬曆一輩子再次倒在了銀彈攻勢下，頂住了文官的齊聲痛罵，把大明祖制給修改了，廢除了所有關於車馬、衣服和轎子的限制。
萬曆朝十年後，地球進入小冰河時期，在連綿不斷的天災面前，張居正爲大明積攢下的國庫儲蓄迅速地耗盡了。雖然南方各軍鎮吃飽沒有問題，也不需要朝廷撥給救濟款，但隨着災害地持續，萬曆皇帝漸漸感到他無力維持大明水師的開銷了，所以就允許沿海各軍鎮自行向海商收取一定的海稅，作爲水師的維持費和清剿海盜的費用。
這個政策推行以後，大明水師就進入了不穩定的發展期，有地軍鎮經營不善，稅收很高但海盜仍然猖獗，導致附近的海商貿易萎縮，並進一步導致所屬的水師急劇退化。相反，經營良好的軍鎮則迅速擁有了強大的海上武力，從而能夠製造出更大地海貿安全區，從而進入一個良性循環。
到萬曆三十五年以後，大明水師驅逐了盤踞在澎湖一帶的荷蘭人。當時萬曆皇帝爲了進一步給內庫開源，甚至制定了渡海進攻馬尼拉地計劃。這主要是因爲萬曆皇帝聽到了當時盛傳於中國的一種謠言，那就是;馬六甲一代盛產黃金和白銀。
萬曆三十六年後，萬曆皇帝還曾派了幾撥太監前往那裏進行實地考察，其用意之險惡不問可知。只是那些太監帶回的事實粉碎了謠言，萬曆皇帝確認了金山、銀山的說法爲子虛烏有後，才訕訕放棄了侵略企圖。
