沈萬三在民間的知名度不亞於白蛇娘娘，據《明史》記載，他當年幫朱元璋修築了三分之一的南京城，功不可沒。
後來他又自告奮勇的要出資犒勞軍隊，結果惹惱了朱元璋脆弱的自尊心，認爲他是故意展示財富，有謀反之心，之後在馬皇后的求情下，才免其死罪，將他發配到雲南。
《明史》中，記載了朱元璋與沈萬三這樣一段對話：
朱元璋問：“朕有百萬軍，汝能遍濟之乎?”
沈萬三說：“每一軍犒金一兩。”
朱元璋說：“此雖汝至意，不須汝也!”
有真相有細節，似乎沈萬三真的是在朱元璋的打擊下才被流放至死的，但事實上沈萬三與朱元璋並不相識。
早在明朝還未建立時，沈萬三便病死了。一個已死的人是不可能出資修建京城，更不可能被流放的。
不過沈萬三與朱元璋雖沒有關係，沈家卻千真萬確是遭到朱元璋的打擊而沒落。明朝初期，朱元璋大肆屠殺開國功臣，令沈家觸了黴頭。在胡惟庸案上，沈萬三的女婿陸仲和被扣上了“胡黨”的罪名滿門抄斬。
這一點在朱元璋親手編寫的《大誥三編》裏有着記錄：這位做了18年糧長的富翁，不但謊報災荒還出錢收買官吏。所以，在查明真相後便將他斬草除根了。
而在洪武二十六年的藍玉謀反案裏，沈家遭到了徹底的、毀滅性打擊。之所以斬殺藍玉，朱元璋最初的動機是爲了保護年幼的皇長孫朱允文登基後不受到那些豪傑的威脅。
所以，他一面剷除最有威脅性的功臣，一面斬斷民間富豪的根，不幸的是，沈家被朱元璋列入了名單之內。
俗話說“君叫臣死，臣不得不死”。皇帝沒有理由也可以殺人，更何況沈家已經卷入藍玉的關係網中，爲朱元璋名正言順的剷除沈家留下了理由。
而製造這個機會的，是一個名叫王行的教館先生，他牽線搭橋將沈家羅織進了藍玉一黨中。
王行曾在沈家做過很多年的教館先生，後來又去藍玉家做教館先生。沈家爲了攀附權貴，便想通過王行爲自己搭上藍玉這艘大船，結果反而是給了朱元璋一個藉口，令沈家滿門抄斬。
沈萬三一手創下的巨大家業就此畫上了一個句號。雖然沈萬三與朱元璋之間的糾葛是僞造的傳奇，但依附在這些傳奇上的歷史卻是真實可尋的。
之所以沈萬三幫助朱元璋修築南京城的傳說會一直流傳，那與朱元璋大肆強行遷徙江浙地區的富戶來“充實都城”有關。
朱元璋的仇富心理很極端，他爲了修築自己的帝國，強行對富戶們採取遷徙手段，將蘇州、杭州、嘉州、湖州等地四千多家富戶集體遷往南京。
美其名曰是爲“京城繁榮”，實際上是將大批富豪連根拔離本鄉，變相地掠奪他們的財富。
沈萬三的典故便是出於這個背景。至於說沈萬三充軍雲南，也是因爲朱元璋自洪武十五年雲南平定後，便不斷將內地居民遷往雲南。
這項行爲被冠上“支持邊疆建設”的美名，實際上也是對富戶變相的打擊報復，因爲這些移民當中，百分之六十都是富戶。
明代人謝肇淛的《滇略》一書，就對此有過記載：“高皇帝既定滇中，盡徙江左良家閭右以實之……故其人土著甚少，寄籍者多。衣冠、禮法、語言、習尚，大率類建業……”可見在傳說中，沈萬三隻是這些富豪們的一個影子而已。
沈萬三作爲一個毫無身份地位，靠自己雙手白手起家的平民財神，被杜撰到這樣的故事中，無疑表露了明朝人當時對朱元璋的極大不滿，從故事中的沈萬三就可以看到當時明朝富豪們的悲慘命運。
而對於這些歷史，當時的記載卻語焉不詳：“當是時，浙東、西巨室故家，多以罪傾其宗。”
一句話便將受到牽連的富戶打發了，而沈家也正是在這樣的不公正待遇下，走向窮途末路的。
在這樣的大背景下，即便沈萬山活到明朝，也是難逃一死，因爲朱元璋對於明朝帝國的設計藍圖中，是不允許富人們存身的。
這個貧農出身，苦了半輩子的農民皇帝認爲富人們會損害他的統治，妨礙他對帝國的掌控。所以，沈萬三的敗亡探祕到最後，揭曉出來的不過是皇權制度下的“潛規則”罷了。
