明朝末年，大學士徐光啓奏請開設歷局，表示願在德國傳教士湯若望的幫助下編修《崇禎曆書》。湯若望抓住機會，憑藉對月食的準確測算及對望遠鏡的推廣，贏得朝堂上下的信任。
1644年，清軍入京，多爾袞命城內居民全部搬出，湯若望因要保護教堂及天文儀器、圖書資料而得以住在原處。隨後他數次奉詔入宮，向順治科普全新的天文知識，很快又成爲御前紅人。順治爲他新建了一個教堂，並讓他主管國家的天文臺，還稱他爲“瑪法”(滿語對親近長者的敬稱)。
後來順治賜給湯若望“通玄教師”的榮譽稱號，但在詔令中隻字未提宗教，只是肯定他編修曆法之功，因爲大臣一致認爲治國還得靠儒教。即使如此，還是有人對湯若望不滿，吳明烜曾在欽天監任職，但因被湯若望指出學術錯誤而丟官，所以一直懷恨在心，屢次上疏說湯若望的歷法根本不管用。
在他的煽動下，一批大臣紛紛向湯若望開炮，藉口也從學術錯誤發展到“邪說惑衆，潛謀造反”，甚至有鼻子有眼地說他在澳門屯兵。順治當然不會輕信他們，但他來不及爲湯若望撐腰就死了。
接下來，八歲的康熙登基，大權掌握在保守的輔政四大臣手中，於是曾攻擊湯若望的大臣再次奏請朝廷剷除這個“妖人”，並抓住一個“把柄”—相關官員爲榮親王擇定葬期時曾向湯若望請教，結果他照搬西方曆法，選的葬期很不吉利，以致榮親王之母和順治先後去世。這招實在“穩準狠”，直接點到封建統治者的死穴—詛咒皇室還了得!
四大臣對順治生前的政策早有不滿，樂得順水推舟，命禮部和吏部會審湯若望。結果，不僅新曆被廢，已中風癱瘓的湯若望還在飽經摺磨後被判凌遲。但就在判決當天，地震、大火、彗星齊發，臣民議論紛紛，認爲這是上天的警告，於是湯若望被無罪釋放，而徐光啓在崇禎年間培養的一批漢人天文專家則被斬殺乾淨，相關官員也被罷黜，這就是史上有名的“康熙曆獄”。
湯若望的身體狀況越來越糟，出獄兩個多月後就去世了，屍體因沒地方安葬而不知所終。
以吳明烜爲首的“幕後推手”重新接管天文事務，但他們沒得意多久，朝局再次發生變化。
1667年，14歲的康熙親政，與曾被多爾袞壓制的順治一樣，他也對四大臣的專斷早有不滿，而且向來對湯若望頗有好感，所以爲湯若望平反成了他奪權的切入點。
康熙命吳明烜與西方傳教士南懷仁分別用東西方的歷法測算日影，吳明烜試了幾次都錯漏百出，而南懷仁的測算結果準確無誤。吳明烜辯稱是自己的儀器出了問題，但意識到這個藉口太蠢，立刻將靶心轉向意識形態，說：“‘堯舜之歷’是老祖宗傳下來的，怎能被‘天主教歷’取而代之?陛下如此行事，必將有損國祚、不利子孫。”這下正撞在康熙的槍口上，他下令將吳明烜革職查辦，其他人或處死或流放。
這年，康熙制服鰲拜並掌握朝局，南懷仁上了幾道奏摺爲湯若望喊冤。康熙很快回應，不僅親自爲湯若望重辦隆重的葬禮，當年在冤案中受害的官員也都相繼復職，“兵不血刃”地爲朝堂洗了次牌。
面對滿朝“自己人”，康熙深感欣慰，爲湯若望寫悼詞時甚至掉了眼淚，使南懷仁等西方傳教士感激涕零。他們以爲自家學術思想終於得到認可，卻不知皇帝更看重的是“你的學術思想能否爲我所用”。
