湯若望在順治年間所受的恩寵與隆遇使得天主教當時在中國的傳播較爲順利。隨着傳教士人數的增加，活動範圍的擴大、信徒在不斷髮展。在湯若望時代，教堂在中國已有30多處，據德禮賢先生統計1650年信徒人數就已達到150000人。
中西曆法之爭，由來已久，吳明煊早在順治十六年便上疏舉報湯若望天算錯誤，結果反落了個“詐不以實”的罪名，險些被判了死刑。1661年，順治病逝，八歲的康熙登基，輔政大臣鰲拜等反對西洋學說，大臣楊光先，言湯若望等傳教士有罪三條：潛謀造反;邪說惑衆;曆法荒謬。
順治皇帝的去世，使湯若望失去了宮廷保護人，他的命運也發生了巨大的轉折。雖然關外的愛新覺羅氏家族直入北京，統一中國，但具有幾千年歷史的儒家思想仍然是當時中國傳統文化的主流，孔孟之道根深葉茂。早在順治時期，就有一些漢族士大夫反對順治信任湯若望等傳教士，對湯若望竟然在中國發展了十幾萬天主教徒極其不滿，極力主張從葡萄牙人手裏收回澳門。安徽歙縣的官生楊光先就是他們的代表，他首先向西方傳教士發難。楊光先對天主教早有所聞，於順治十五年在京城看到被釘死於十字架上的耶穌受難畫像之後，才確認天主教就是耶穌教，從此即有“彈劾”湯若望的念頭。
順治十六年至十七年之間，楊光先撰寫了《辟邪論》上、中，下三篇以及《摘謬十論》、《正國體呈》、《中星說》、《選擇議》等多篇文章，又多次親自來到禮部，通政使司等衙門狀告湯若望。楊光先指出，天由二氣結撰而成，並非天主所造。耶穌是彼國謀叛的罪魁，因事敗露而被正法，絕非造天聖人。所謂天主耶穌於漢元壽二年降生之說，純屬荒唐怪誕。“若耶穌即是天主，則漢哀以前盡是無主之世界”。“設天果有天主，則覆載之內四海萬國，無一而非天主之所宰制，必無獨主如德亞一國之理。獨主一國，豈得稱天主哉”。他進而又說，湯若望等“非我族類，其心必殊”，倘若天下之人，“只愛其器具之精工，而忽其私越之幹禁”，則無異於“愛虎豹之文皮，而豢之臥榻之內，忘其能噬人矣”。
同時，又斥責湯若望在《時憲曆書》封面上題寫“依西洋新法”五個字，其目的是“借大清之歷以張大其西洋，而使天下萬國曉然知大清奉西洋之正朔”。說湯若望借西洋新法陰行邪教，而“謀奪人國是其天性，今呼朋引類，外集廣澳，內官帝掖，不可無蜂蠆之防”。因爲當時順治帝尚在，湯若望仍受朝廷器重，而禮部又不理睬楊光先的狀告，所以湯若望等人對楊光先的反教舉動未加重視。
康熙年間
康熙初，湯若望等耶穌會士加緊宣傳天主教，將天主教捧爲全世界之惟一正教，只以天主教爲獨尊。湯若望與當時在京的傳教士利類思、安文思、南懷仁(Ferdinand Verbiest，1623—1688，比利時人)等人認真研究之後，令奉教欽天監夏官正李祖白執筆，根據明崇禎皇帝所賜“欽褒天學”匾額的“天學”二字，於康熙二年(1663年)冬撰寫了《天學傳概》一書，三年正月，又求國子監助教許之漸爲該書作序。該書刊行之後，散發給在華天主堂的傳教士及有關人員。據湯若望、李祖白等人講，此書是針對楊光先指責天主教爲邪教的論點而作，以闡明天主教並非邪教，而是正教。但是，在該書中卻大談特談許多令當時人無法理解和接受的觀點。譬如，在該書中寫到，“天主上帝開闢乾坤，生初人男女各一。初人子孫聚居如德亞國”。其後生齒日繁，散走世界各地。“考之史冊，推之歷年，在中國爲伏羲氏，即非伏羲，亦必先伏羲不遠爲中國有人之始。此中國之初人，實如德亞之苗裔”。接着又說到，中國自有初人之始，即信奉天主之教，而六經四書之類，不過是天主教的“微言法語”。
自秦始皇焚書之後，天主教也在中國失傳。等等。這種將中國的社會，宗教思想甚至人種完全納入歐洲的體系，變成爲歐洲的附庸和分支的理論，充分反映了歐洲中心，歐洲至上論的傲慢與偏見，導致了人們的極大反感和不信任。
楊光先見到《天學傳概》一書後，把它當作擊敗湯若望的一把利劍，於1664(康熙三年)三月二十五日，先寫信給該書的作序者許之漸，指斥天主教是邪教，《天學傳概》是妖書，敦促許之漸舉揭湯若望，反對天主教。於七月二十六日，又寫《請誅邪教狀》一文，再赴禮部呈遞，正式控告湯若望有三大罪狀：一是潛謀造反，二是邪說惑衆，三是曆法荒謬。又將《天學傳概》一本、《邪教圖說》三本、《正國體呈》稿一本、《與許之漸書》稿一本，以及金牌，繡袋，會期等物，一併遞呈禮部，要求依律將湯若望正法。
清廷從三年八月初六日至四年七月，用將近一年的時間審理此案，最後作出了禁止耶穌會士在中國傳播天主教的決定。並拘審捕外省傳教士30餘人解京。判湯若望絞刑。由於當時北京接連五天發生地震，加之“太皇太后(順治母后)力主開釋”，湯若望才免於一死。清廷又恐傳教士們仍然傳教，收徒，建堂，也嚴加飭交繼任各官防範。這就是康熙初年發生的有名的“教案”。
1666年(康熙五年)8月15日，湯若望逝於南堂，享年75歲。1669(康熙八年)9月，湯若望得到徹底昭雪，恢復“通玄教師”之名，1669年12月8日，康熙帝賜地重葬湯若望於利瑪竇墓旁，御賜祭文一篇，鐫刻在湯若望墓碑的反面，從“鞠躬盡瘁，恤死報勤，國之盛典”等用詞足以見中國一代明君對這位來自萬里之遙、萊茵河畔的德國傳教士高度的評價和認同。
這場以“曆法之爭”爲名、實則爲兩種不同文化較量的歷案，以當時湯若望們的失敗與犧牲而結束，但楊光先們所表現出的盲目排外，也使中國在後來付出了沉重的代價。
湯若望怎麼死的？
湯若望是病死的。
順治元年(1644)，清軍進入北京，明亡。湯若望以其天文曆法方面的學識和技能受到清廷的保護，受命繼續修正曆法。他用西法修訂的歷書被清廷定名《時憲曆》，頒行天下。同年十一月，命掌欽天監事。
次年，他以《崇禎曆書》爲基礎纂成《西洋新法曆書》一百零三卷，進呈攝政王多爾袞，封太常寺少卿。八年順治帝親政後，先後授太僕寺卿、太常寺卿、通政使並賜號“通玄教師”(康熙帝時爲避諱，改“通微教師”)。湯若望經常出入宮廷，對朝政得失多所建言，先後上奏章三百餘封。順治帝臨終議立嗣皇，曾徵求湯若望意見。康熙三年(1664)，楊光先在輔政大臣鰲拜等支持下，控告湯若望等傳教士借修歷爲名，內外勾連，謀爲不軌。湯若望被捕入獄，次年擬凌遲處死。不久京師地震，湯若望免死羈獄，旋獲孝莊太皇太后特旨釋放。
康熙五年七月十五(1666年8月15日)，病死於寓所。
