(1194年12月26日-1250年12月13日)腓特烈二世的父親是神聖羅馬帝國皇帝亨利六世，母親爲西西里的康斯坦薩(由諾曼人統治的西西里王國唯一的女繼承人)。他出生於意大利安科納邊防區(馬克)的耶西(Jesi Mark Ancona)，是亨利六世夫婦唯一的孩子。
腓特烈二世異常注重皇帝的威嚴，留下了大量以羅馬皇帝爲造型的雕塑，讓現代人能猜測他的容貌。在他年輕的時候他的容貌相當地清秀富麗，看上去個性很沉靜。但隨着年齡地增長，他越來越清瘦，表情越來越嚴厲，在他老年的雕塑中人們看到的是一位臉色陰沉的帝王，皺着雙眉，似乎對整個世界都充滿不滿和怨恨。
雖是被逐出教門的皇帝，但利用外交手段指導第六次十字軍，毫無死傷地進入聖地耶路撒冷，被稱爲"王座上第一個近代人"(The First modern ruler)的知識份子。
關於康斯坦絲皇后的故事薄伽丘在《名女傳》裏記載了這樣一個傳說，有預言稱她的婚姻將毀滅西西里，所以威廉二世強迫童年的她發誓永遠守住處女之身，發誓不婚。她就這樣在修道院裏一直呆到三十多歲，在中世紀的人看來她已經是個老太婆了，所以也就慢慢淡忘了一個不幸的預言，但是她還是在34歲的時候嫁給了年輕的亨利，即後來的皇帝亨利六世。
康斯坦絲皇后在婚後一直沒有孩子，直到40歲才令人吃驚地懷上了孩子，有些不懷好意的人宣稱一個屠夫的兒子將被調換成皇子，這對靠血緣世襲的西西里王室而言是十分危險的流言。1194年12月26日皇后在趕往西西里(皇帝已經於聖誕節加冕成爲西西里國王)的途中感到了分娩的陣痛，她在耶西的市集上搭起了帳篷，爲了維護孩子正統的繼承權力，她允許鎮上的女公民觀看皇后的分娩，並把赤裸的正滴着乳汁的胸脯給衆人看。
在與父亨利六世唯一一次見面--施洗中，被賦予FEDERICO RUGGERO的名稱:意寓將繼承祖父紅鬍子(FEDERICO I)和外公羅傑二世(RUGGERO)的名字以及他們的豐功偉績，成爲西西里與日爾曼兩地之王。
腓特烈二世父母的婚姻使他自然成爲西西里的繼承人。而德意志的王冠他也在例行的"選舉"中得到。亨利六世讓諸侯在1196年12月選舉年幼的腓特烈爲德國國王，但同時皇帝企圖實現的皇位世襲制度卻因教廷的強烈反對而失敗了。但當亨利六世患瘧疾突然去世時(1197年9月28日)，腓特烈二世還是個孩子，皇帝的遺囑(有可能是僞造的)爲他規劃了"理想的未來"。以帝國對教廷的讓步保證腓特烈二世得到巨大的帝國。然而皇帝一死，託孤大臣安魏勒的馬克瓦爾特就被康斯坦絲皇太后趕出了西西里。
在康斯坦絲皇太后授意下，年幼的腓特烈二世放棄了德國的王位，她讓自己的兒子於1198年5月17日加冕爲西西里國王。在丈夫去世一年後，44歲的康斯坦絲太后也走到生命的盡頭，她於1198年9月27日去世，她在去世前請求強大的教皇英諾森三世保護這個年幼的國王。因而這位年輕的國王是在教皇的監護下成長起來的，被稱做"神父哺育的國王"，德國人則喜歡稱他爲"阿普利亞的孩子"。
當然作爲帝國的敵人，英諾森三世並沒有成爲這個可憐皇室遺孤的負責的監護人，幼年的腓特烈二世是在不受重視甚至是歧視和虐待中度過的，他在西西里的首府巴勒莫度過了整個童年，在一個充滿陰謀和冷漠的宮廷中，這個兒童雖然戴着王冠其實卻是個時時被監視的囚徒。有傳說，6歲的他穿着國王的華服用尖利的手指甲不停地劃破綢衣和自己幼嫩的皮膚。沒有人關心他，有時候連吃飯都成爲問題，這個孩子在巴勒莫的街頭流浪，依靠富有愛心支持皇帝的家庭的接濟。這樣的童年是個皇帝不可想象的，但正是這樣悲慘坎坷的童年的經歷影響了腓特烈二世的一生。他待人平等，可以同馬伕平等地交談問題，他只相信自己，極端地自我，相當地世故。他見多識廣，對知識孜孜不倦也是從他童年在市井間的生活開始的。(然不盡實，教宗有派遣一系列的教會人士，對腓特烈生活，教育進行相當程度上的監護)
在他15歲的時候，他的監護人英諾森三世終於做了一件重大的事情，讓他結了婚。爲他選了一位新娘，比年輕的國王至少大10歲還是個寡婦，阿拉貢的公主康斯坦絲。
1211年，因爲奧托四世的不受控制，英諾森三世提議腓特烈爲日爾曼國王，而他的嬰兒長子亨利加冕爲西西里國王，妻子爲王國攝政。於是乎腓特烈踏上前往日爾曼的道路。3月，自巴勒莫出發，於復活節夕到達羅馬，與英諾森三世會面--這也是兩者唯一的一次會面。腓特烈宣誓效忠教宗。隨後通過熱那亞，於7月到達康斯坦茨，並在之後3個月與法國不久後的國王路易八世簽訂共同對抗奧托四世。1213年7月12日，在教宗的黃金訓令中，承託了神聖羅馬帝國與西西里王國的分離，放棄日爾曼在意大利半島的一切權力，並承諾進行第四次十字軍東征。教皇滿意地認爲，他已經完全控制了腓特烈二世。1214年，奧托四世在鮑文思戰役中慘敗，這使得腓特烈二世確保了神聖羅馬帝國的皇位。
腓特烈二世與教皇國的矛盾已經根深蒂固。1234年，教皇支持腓特烈二世的兒子德意志國王亨利七世反對自己的父親。腓特烈二世很快撲滅了叛亂，他廢除了兒子的王位，並把他終身監禁在意大利的監獄裏(1235年)。他在意大利有一個有力的支持者:維羅納長官埃澤利諾三世·達·羅馬諾。在後者支持下，他對意大利南方的反皇帝城市聯盟進行征討(1236年)。1237年，腓特烈二世在科爾泰努瓦大敗聖澤諾內聯盟。1241年他襲擊了熱那亞的艦隊，俘虜了兩名正準備參加教皇召開的，譴責腓特烈二世的會議的紅衣主教。
新任教皇英諾森四世表現出一種比格列高利九世還要嚴厲的態度。1245年，他在法國的里昂對腓特烈二世處以絕罰(他選擇里昂是爲了避開皇帝的直接軍事威脅)。腓特烈二世面臨着嚴峻的形勢:教皇的制裁損害了他的聲望，在那個人民篤信基督教的時代，君主被開除教籍是極其危險的，以前就有不少這方面的例子。更嚴重的是，德意志的諸侯開始與意大利城市聯合反對他，這些諸侯一直是困擾每一代皇帝的威脅力量。1246年，圖林根公爵亨利在教皇與諸侯支持下當選爲敵對國王。在種種困難之下，腓特烈二世在弗薩爾塔戰役中被意大利同盟打敗，他的兒子被俘。
去世
腓特烈二世一直未能找到反對英諾森四世的可靠同盟。1250年12月，他在一次行獵中突然病倒了，可能是中風。當然也有流言說是被自己的兒子曼弗雷德殺死。1250年12月13日(惡魔之夜)腓特烈二世死在了弗奧倫蒂諾城堡，享年56歲。迷信的皇帝曾聽到過請他小心帶"花"的地名，所以他一生都小心地踏足佛羅倫薩，但是命運卻安排他在"百花之宮"(弗奧倫蒂諾城堡)結束了他傳奇性的人生。
他的死被隱瞞了一段時間，最後他被葬在巴勒莫大教堂的地下室內，他父母的身旁。入葬的時候他身上穿着重罪者懺悔的麻袋衣而不是皇帝華麗的壽衣，他的遺體外還按照阿拉伯的習俗裹上大幅的絲綢布，上面繡着一句箴言:"統治世界的"。這件悔過的麻袋衣今日仍然在皇帝遺體的身上，不過這位在生前把世界攪亂的皇帝已經變成了一堆紅棕色的枯骨，即將化爲灰塵。就像他所有的愛和恨。
他活着的時候爲意大利而生，忘卻了自己的父親的國家德意志，他愛說自己是"西西里國王"，一生只有一次稱自己爲"羅馬人之王"(即德意志國王)。
