前60年(一說前59年)，凱撒被森圖利亞大會選舉爲羅馬共和國的執政官。凱撒因此成爲了最高長官，但是貴族們害怕如果再出現一個與凱撒合作的同僚，凱撒就可以無所顧忌爲所欲爲。於是許多貴族爲他的主要政治對手，元老院精英派代表，加圖的好友，馬爾庫斯·畢布路斯(Marcus Calpurnius Bibulus)捐款，使其也當選爲執政官。對此加圖曾坦言，在此情形下，賄選有利於國家。
因此，凱撒特別地需要組建其政治同盟，而且他找到了其政治對手事先未曾料想到的合作伙伴。此時，龐培正在元老院爭取安置他的退伍老兵的土地，卻遭到失敗;已經成爲羅馬最富有者的克拉蘇(Marcus Licinius Crassus)，也正在爲獲得對抗帕提亞所需的軍隊控制權而犯愁;而執政官凱撒也正好需要龐培的聲望和克拉蘇的金錢。因此，凱撒成功地使兩人言歸於好(龐培和克拉蘇在前70年那次共掌執政官之後結怨)。三人於前60年訂立盟約，目的是使“這個國家的任何一項措施都不得違反他們三人之一的意願”(蘇維託尼烏斯語)。歷史學家將這個聯盟稱爲“前三頭同盟”。爲了鞏固這一政治聯盟，五十歲的龐培還娶了凱撒年僅14歲的獨女茱莉婭。
三人結盟後，勢力大增。在畢布路斯宣佈有不祥徵兆欲終止會議的時候，凱撒竟粗暴地動用武力，將這位同僚趕了出去，而在次日的元老院會議上，竟然無人敢對此提出批評或議論，而此前尚不及此嚴重的事件都會有法令通過。畢布路斯如此失望，以至於作爲執政官的第一項政令，便是退出所有政治活動。從此這位凱撒的政敵，只能躲在家中通過信使，向元老院或公民大會發出不祥徵兆，直到任期結束。就這樣，凱撒大權獨攬，“畢布路斯和凱撒執政之年”成了“儒略和凱撒執政之年”。在完成執政官任期之後，凱撒被授予作爲總督管理山南高盧(今阿爾卑斯山南部、意大利北部)、南法高盧((今阿爾卑斯山北部、法國南部)和伊利里亞(今巴爾幹半島亞得里亞海沿岸地區)五年(前58年-前53年)的權力。但是野心勃勃的凱撒似乎並不滿足於這些，幾乎在剛到任的時候，他便發動了高盧戰爭(前58年-前49年)。
在統帥軍隊在各地作戰的這9年時間裏，凱撒奪取了整個高盧地區(約相當於今天的法國)，並把這個以比利牛斯山、阿爾卑斯山、塞文山、萊茵河和羅納河爲界，周長超過3000英里的地區(除了部分同盟者的城市)，統統變成了一個行省(高盧行省)，後者還被規定每年向他上繳大量的錢財。凱撒以積極靈活的機動與統馭才能證明了他傑出的軍事才能，此外，凱撒還是第一個跨過萊茵河，到對岸(日耳曼尼亞)去進攻日爾曼人，與第一個揮軍進攻不列顛的羅馬人。
內戰
高盧戰爭獲得的巨大聲望，讓人在羅馬的龐培感到不安。再加上西元前53年，東征帕提亞的克拉蘇戰敗身亡，三頭政治不穩，元老院順勢拉攏龐培。前49年，元老院向凱撒發出召還命令，命令凱撒回羅馬，凱撒回信表示希望延長高盧總督任期，元老院不但拒絕，還發出元老院最終勸告，表示凱撒如果不立刻回羅馬，將宣佈凱撒爲國敵。
凱撒帶軍團到國境線盧比孔河。羅馬法律規定，任何指揮官皆不可帶着軍隊渡過盧比孔河，否則就是背叛羅馬。凱撒思索半天之後，講出一句名言，“渡河之後，將是人世間的悲劇;不渡河，則是我自身的毀滅。”於是，他帶着軍團渡過盧比孔河。凱撒的舉動震動龐培以及元老院共和派議員，他們沒想到凱撒竟然如此大膽，急忙帶着家當逃離意大利半島。於是，凱撒兵不血刃地進入羅馬城，要求剩餘的元老院議員選舉他爲獨裁官。接着，他征討西班牙、希臘，在公元前48年的法薩盧斯戰役中徹底擊敗龐培，並追擊龐培到埃及。埃及人爲了討好凱撒，讓他支持現任國王托勒密十三世，刺殺龐培之後，將龐培的人頭獻給凱撒。然而，凱撒卻宣佈埃及王位由托勒密十三世與他的姐姐，後來的埃及豔后，克利奧佩脫拉共享。此舉惹惱埃及人，爆發亞歷山大戰役。
凱撒帶領的第六軍團艱苦抵抗埃及軍，再加上援軍到達，徹底擊敗埃及軍，托勒密十三世陣亡，克利奧佩脫拉登上埃及王位。遺憾的是，在會戰期間，凱撒士兵所發射的火箭命中亞歷山大城的大圖書館，六十多萬本書毀於一旦。在亞歷山大戰役結束後，凱撒與克利奧佩脫拉進行一次爲期兩個月的尼羅河之旅，接着征討破壞與羅馬之間協約的本都王國，勝利之後，他給元老院寫一封信，裏面只有三個字，“VENI VIDI VICI”(我來、我見、我勝)。前46年，凱撒回羅馬之後，再次召集軍隊，攻打逃至北非與努米底亞王猶巴結成同盟的龐培餘黨，於塔爾索斯會戰中獲得完全勝利。之後，凱撒回到羅馬，進行長達十天的凱旋式。
戰後
回到羅馬的凱撒推動各項改革，包括給予北意大利和西西里島人民羅馬公民權、請專家制作儒略曆、建立和平廣場等。在前45年，龐培的兩個兒子逃到西班牙發動叛亂，凱撒再次遠征西班牙，於孟達會戰中擊敗叛軍，龐培長子勞斯陣亡，次子流亡西西里。凱撒回國之後，於前44年宣佈成爲終身獨裁官。
