馬其頓軍隊大勝後衝入波斯大營，繳獲黃金2,900塔倫，珠寶糧秣不計其數，而大批波斯婦女成爲俘虜。羅馬史學家科丘斯記載，馬其頓士兵姦淫擄掠無惡不作，波斯營地一片狼藉，到處可聞女人的哭喊之聲。只有波斯王的大帳得以倖免，因爲按照馬其頓的傳統，這是亞歷山大個人的戰利品。亞歷山大在波斯王的大帳裏見到大流士的母親、王后、兩個成年的公主和年僅6歲的王子，她們身邊聚集着一羣妃姘侍女，個個披頭散髮，衣衫不整，驚魂未定。亞歷山大告訴她們大流士安然無恙，然後將她們妥善安置，給予王室應有的待遇。
據阿里安統計，伊蘇斯戰役馬其頓軍隊陣亡騎兵150人，步兵300人，4,500人受傷。後世史學家認爲馬其頓方面5,000人的傷亡數字大致準確，但傷亡比例至少應該是4比1，這樣估算陣亡將士有1,200人。阿里安記載的波斯軍隊陣亡6萬人顯然言過其實。根據古典史料關於希臘僱傭軍8千人倖存的記錄，可以估算希臘僱傭軍傷亡12,000人，其中絕大部分戰死；戰役當中波斯騎兵並沒有遭到沉重打擊，最後全身而退；卡爾達克步兵元氣大傷，自此以後從波斯軍隊的序列中消失，損失必定慘重。波斯軍隊潰退當中互相踐踏死傷甚衆，考慮到戰敗一方傷者的存活率極低，可以估算波斯方面陣亡將士至少在2萬人以上。
