仔細研究歷史，我們就會發現，不是忽必烈沒能阻止蒙古的分裂，而恰恰是忽必烈造成了蒙古的分裂。爲什麼這麼說呢?
早在蒙哥當大汗的時候，忽必烈就已經在蒙古內部製造了分裂的跡象。
那時候，蒙哥讓忽必烈總理漠南。所謂總理漠南，其實就是打理已經佔領的金國的土地，爲繼續侵略南宋做準備。
忽必烈爲了實現這個目的，大肆招募漢人知識分子，包括姚樞、劉秉忠、廉希憲等人(當然了，也不能說這些漢人知識分子就是漢奸，因爲他們都是金國人，是金國裏面的漢人。那時候，金國已經被蒙古給滅了)。這些漢人知識分子當時給忽必烈提了一個建議：如果想要征服南宋，首先要征服南宋老百姓的心。而要征服南宋老百姓的心，最好的辦法就是要漢化。
忽必烈認爲這個辦法非常好，於是從政治、經濟、文化，包括日常生活各方面，都實施了一系列的漢化措施。這種漢化措施的效果非常好，不但經濟得到了發展，稅收得到了很大的增加，忽必烈也獲得了開明王爺的名聲，得到了極大的擁護，獲得了很大一批人才。
但是，這件事在蒙古本土內部，卻引起了極大的非議。蒙古本土很多貴族是非常保守的，他們固執地認爲，應該恪守蒙古人的傳統文化，維護蒙古人的綱常禮儀，所以他們對忽必烈的做法有很大意見。同時，忽必烈搞的這種“一個國家，兩種制度”，讓那些蒙古貴族們認爲，忽必烈這是在另立中央，差不多也就是要造反的意思。於是他們紛紛在蒙哥面前彈劾忽必烈，讓蒙哥收拾忽必烈。
蒙哥聽了，也對忽必烈產生了懷疑，於是做了一件事兒：查忽必烈的賬務。當時這個稱爲“鉤考”。因爲漠南收起來的稅，很大一部分是要上交中央的，所以就看忽必烈有沒有截留。
忽必烈當然有截留。爲了幫忽必烈矇混過關，避免忽必烈被蒙哥懲罰，忽必烈的手下都紛紛把責任攬在自己頭下。蒙哥懲罰了忽必烈的手下人，同時剝奪了忽必烈的權利，不讓他再總理漠南，讓他當了一個在家賦閒的富家翁。
可以說，從那一刻起，忽必烈已經跟蒙古本土的很多貴族，結下了樑子。
後來蒙哥發動南侵南宋的行動。一開始，他並沒有讓忽必烈參加。但是，在攻打中原的中路進攻中，其他將領都打得不好。因此。蒙哥又讓忽必烈重新統領兵權。
再後來，蒙哥在進攻南宋四川釣魚城的時候，突然被打死。
大汗死了，議立新的大汗，就成了蒙古的一件大事。這時候，國內本土的蒙古貴族們，幾乎一致認爲，應該讓蒙哥最小的兄弟阿里不哥當大汗。他們的理由有這幾點：
一是阿里不哥是拖雷的幼子(嫡子中的幼子)，蒙古本來有“幼子守竈”的傳統，也就是說，立作爲幼子的阿里不哥是理所當然的。二是蒙哥、忽必烈，包括旭烈兀出征的時候，在國內主政的本來就是阿里不哥。阿里不哥繼續主政，也是理所當然的。三是阿里不哥是恪守蒙古傳統的人，這樣的人當大汗，蒙古貴族們放心。
有這三點理由，阿里不哥理所當然被推起來，當了大汗。
不過這件事情卻遭到了忽必烈的極大不滿，忽必烈算得上是蒙哥兄弟中，勢力最大的一個。於是他把軍隊從南宋撤回來，率軍往北，攻打阿里不哥。
建元大都
當然了，光是這樣打還不行，他必須要獲得大家的擁護。但是，蒙古本土的貴族們都沒有擁護他的，包括三大汗國(金帳汗國，窩闊臺汗國，察合臺汗國)都不擁護他。唯一態度模糊的，是正在西亞西征的他的三弟旭烈兀。於是忽必烈積極爭取旭烈兀的支持，旭烈兀觀望了一陣，最後選擇支持忽必烈。
這場仗，忽必烈打贏了。但是他和蒙古本土貴族們也徹底決裂了。尤其是三大汗國，他們也趁機不再聽從忽必烈的指揮。忽必烈在這種情況下，也只好聽之任之。雖然表面上沒有承認三大汗國的獨立，但這三大汗國實際上已經獨立出去了。
對於唯一支持他的三弟旭烈兀，他當然也不會干涉他，任他建立伊爾汗國。
如此一來，整個蒙古大帝國，就分成了蒙古本土(元)和四大汗國五部分了。
