2008年，中央電視臺清史紀錄片攝製組、清西陵文物管理處、中國原子能科學院反應堆工程研討設計所、北京市公安局法醫查驗鑑定中心，四個單位通力合作，終於解開了光緒38歲暴斃之謎。
專家們通過對光緒頭髮、遺骨、衣服的化驗，最終得出了光緒死因：死於砒霜中毒，因爲光緒頭髮砷含量是如今正常健康人的2000多倍。死因是出來了，一個新問題再次被提起，誰是殺害光緒的幕後兇手?
長久以來，慈禧太后被認爲是最大嫌疑人。但在溥儀撰寫的《我的前半生》中，他認爲光緒是死於袁世凱之手。溥儀從太監李長安那裏獲得這樣一個說法，“光緒在死亡的前一天還是好好的，只是因爲用了一劑藥就壞了，後來才知道這劑藥死袁世凱送來的。”
持這種說法的人，拿出的所謂“證據”就流傳袁世凱曾出賣光緒，破壞了戊戌變法。當慈禧太后病重時，袁世凱擔心被光緒秋後算賬，決定先下手爲強，毒殺光緒。這種說法看似“合理”，實則是漏洞百出。
清朝皇宮有定製，給皇帝進貢的藥，誰送的必須親自試藥，這叫“豬替羊死”，這是一個流程問題。袁世凱要趁着進藥來毒殺光緒，幾乎不可能。那麼，誰最有可能呢?或者說誰的嫌疑最大?
要做到神不知鬼不覺地毒殺光緒，至少需要具備三個條件：一是能自由進入光緒皇帝囚禁的瀛臺;二是和光緒皇帝很熟悉，或者光緒對他頗爲信任;三是受到慈禧太后的寵信。
使用排除法，很快一個人浮出水面，大太監李蓮英。作爲晚清最有權勢的太監，李蓮英心機頗深，儘管他是內心向着慈禧太后，但對光緒皇帝也不得罪。1901年慈禧太后和光緒從西安回北京時，李蓮英曾把自己被子讓給光緒。
回到北京城後，光緒對這件事銘記於心，“若沒有李俺答(滿語中)，我恐怕都活不到今日。”因此，李蓮英最符合上面三個條件。啓功先生生前披露過光緒的死因，因爲他的曾祖父溥良在禮部尚書職位上，曾趕上慈禧太后和光緒死亡。
啓功先生說，“我曾祖父看到一個太監端着一個蓋碗從樂壽堂裏出來，謹慎起見，就問太監端着的是什麼，回答是‘老佛爺賞給萬歲爺的塌喇(酸奶)’。”試想，當時李蓮英也在現場，以他的能力，能不知道這可能是毒藥?因此，除了慈禧太后外，李蓮英就成爲了第二嫌疑人。
