撒拉族篤信伊斯蘭教，其先民從中亞遷來循化時帶有伊斯蘭的根本經典《古蘭經》。
撒拉族原來沒有教派之分，都屬於遜尼派中的“閣的木”教坊制度。自清代乾隆年間，河州回族聚居區產生了“門宦制度”和一些不同教派後，先後傳入了撒拉族地區，並開始了教派之分和教派之爭。
《循化志》(卷八)說：“回教一而已矣，所法滅經三十本出自唐時其祖師馬哈麻(即穆罕默德)所爲，因民世守之。到乾隆初年，而河州回民始有前開、後開之異。……其始不知何時，然教自是分爲二。”
“前開”是先開齋後禮拜，“後開”是禮拜後再開齋。“顧其異者，節目之不同也，無二經也。”《循化志》(卷八)，乾隆年間河州回民馬來遲從阿拉伯朝覲歸來，倡誦“冥沙經”，併到撒拉族地區傳虎夫耶派的花寺門宦。此後，撒拉族中的伊斯蘭教開始分派別，源別支流日益增多，例如老教、老新教、新教，是根據教派所傳時間而定的。除以上教派之外，另有哲赫耶一派。
在宗教制度和宗教儀式方面，撒拉族還有許多與其他民族和地區不同的特點。每個撒拉族聚居的自然村都建有清真寺，寺院的組織情況是：每個“海依寺”聘大學阿訇一人，二學阿訇一至二人，“滿拉”若干人。
此外，清真寺裏還推選一個專門侍奉開學阿訇的人叫“穆扎維”，此人選須是精明能幹、勤快麻利的。另外，撒拉族在宗教上曾有過一種名爲“尕最”總掌教的教長制度。
撒拉族穆斯林嚴格遵守伊斯蘭教的一整套宗教制度，實行念、禮、齋、課、朝五項功修，稱之爲“五功”或“五樁天命”;過伊斯蘭教的主要節日開齋節、宰牲節和聖紀節。
