公元1565年，戚繼光會同俞大猷領兵三萬，對盤踞在廣東地區的倭寇發起了最後的決戰。兩軍對峙三月有餘，戚家軍水陸並進，大破倭軍，斬敵15000餘人。潰敗的倭寇慌不擇路，拼命向海邊逃竄，爲了能搶先登船，他們相互踐踏，不少倭寇被自己人踩死，橫屍海上。第二年，戚家軍追討倭寇殘部，盡焚其船，走投無路的倭寇頭領被逼自殺，爲禍東南沿海多年的倭患終於被一舉蕩平。
當戚繼光問心無愧地喊出那句“封侯非我意，但願海波平”時，他的抗倭前輩朱紈終於可以閉上蒙受了不白之冤的雙眼。16年前，這位執着的老書生，憑藉一己之力痛打了盤踞在雙嶼島上的倭寇，卻遭到福建當地官員的誣告，含恨自盡。
爲民請命的朱紈爲何蒙冤?東南沿海倭患爲何愈演愈烈?這一切的祕密都隱藏在16年前的那場“雙嶼島之戰”中。
一、走私基地
福建多山，可耕地有限，步入明中期後，現存的土地不足以養活日益龐大的人口。福建人頭腦靈活將目光投向了海洋，開展對外貿易，向海討生活。
這種不爲政府添負擔，自發地解決就業問題的行爲，不但沒有被朝廷鼓勵，反而因爲違反大明祖訓“片甲不得入海”而被勒令禁止。渾不怕的福建人將貿易轉到地下，與日本、葡萄牙等商人勾結，形成了一套完整的走私網絡。走私利潤相當驚人，一年所得遠超耕地，吸引了更多人加入到這個行列中來。
尤其是福建當地的土豪，他們手中握有大量田產，靠着耕讀傳家的傳統，通過科舉入朝爲官，並逐漸在朝堂中形成了一個以福建人爲主的小幫派。在朝，他們官官相護、黨同伐異;在家，他們相互勾結，形成地方勢力。眼看着搞走私的鄉里鄉親都發財了，土豪們坐不住了，決定“下海”一起幹。通過土豪們的牽線，走私集團打通了官場，通過行賄、入股等方式將走私行爲半公開化，勢力蔓延到浙江地區。
嘉靖初期，走私集團在浙江舟山的雙嶼島上公開建立起了一個走私基地。雙嶼島東西兩面各有一座海拔超過250米的高山，兩山中間有一塊寬度超過20公里的空地，用於貨物集散，一道南北走向的河流穿島而過，船舶入港非常便捷，大量搞走私貿易的小商小販集聚於此，逐漸形成了規模經濟。
到了嘉靖中期，雙嶼島附件海面上每日已經停滿了等待入港的外國船隻，鉅額的財富將全世界的人吸引至此，島上也有海盜作爲武裝力量維持秩序。中國人、日本人、葡萄牙人、東南亞人穿梭其間，這裏成了冒險家的樂園。
二、大破雙嶼島
1545年，一位名叫汪直的中年人乘坐葡萄牙人的商船來到日本。汪直原是安徽人，年輕時做鹽商虧了本，無奈之下來到雙嶼島討生活，很快與當地海盜打成一片。汪直此次乘船來到日本，是受到當地藩主松浦隆信的邀請，前來商討貿易問題。
松浦隆信一直希望能與大明通商，無奈因爲“寧波爭貢”事件，大明對日本展開貿易制裁禁止日本商船來華。雙嶼島走私貿易的繁榮讓松浦隆信看到了希望，大明的商品在日本可是奢侈品，利潤驚人。雙方談得非常投機，松浦隆信決定派三名日本武士協助汪直，汪直親手將日本倭寇帶進了國門。
1547年，朱紈出任浙江省長併兼任福建、浙江兩省的海防最高長官，負責整治雙嶼島上日益猖獗的走私問題。因爲那時候小股的倭寇已經頻繁騷擾東南沿海，對大明王朝的賦稅重鎮造成了不小的威脅。
朱紈不是那種天天坐在書齋裏的讀書人，他通過積極地走訪瞭解到，雙嶼島走私規模如此龐大主要和四類人有關。
第一類，沿海地區的農民。他們絕大部分人是被走私中驚人的利潤所吸引。平時充當水手，出洋貿易，在官府緝拿時，充當海盜與官府對抗;
第二類，福建、浙江兩省的土豪。他們負責出資建造足夠遠洋的大船，購買用於貿易的貨物，參與分股。
第三類，福建、浙江兩省的官員。他們接受土豪們的賄賂，充當走私貿易的保護傘，一旦有風吹草動立刻通知雙嶼島。
第四類，雙嶼島上的外國人。他們中以日本人最爲活躍，因爲當時日本正處在動亂之中，國內民不聊生，大量破產的武士紛紛渡洋蔘與走私，主要充當殺人不眨眼的海盜。
在瞭解完情況後，朱紈深知雙嶼島絕不是一個簡單的走私基地，裏面牽扯到的利益面極廣，牽一髮而動全身，如果這次圍剿行動做的不夠嚴密，必然遭到他們瘋狂的反撲，後果不堪設想。
於是，老道的朱紈第一步就要根除走私集團中的海盜來源，他頒佈了保甲法，讓當地百姓相互監督，只要一家參與走私，連同鄰居全部倒黴;第二步，圍剿雙嶼島，將上面的走私集團一網打盡。
1548年，爲了防止消息外泄，朱紈沒有調用浙江當地的軍隊，而是從福建水師調了1000人，並選用了浙西民兵1000人，共計2000人發動突然襲擊。在半途水師遭到了海盜船的抵抗，糾纏了一會後，成功在雙嶼島登陸，完成合圍。
接下來的戰鬥如摧枯拉朽一般，僅用一天就全部結束，島上大批欠下中國百姓累累血債的日本倭寇成了明軍的刀下之鬼。中國海盜頭領許棟也被活捉，在巨大的勝利面前，朱紈沒有被衝昏頭腦，而是令軍隊立刻沿海掃蕩海盜窩點。然而百密一疏的是汪直在亂中逃脫了，一路狂奔到日本，請求松浦隆信收留。
在日本人支持下，汪直開始瘋狂招募當地的倭寇，積極打造戰船，形成了一支頗具規模的武裝力量。他本人自稱“五峯船主”，躲在日本一邊舔拭傷口，一邊磨刀霍霍等待東山再起的時機。
三、自毀長城
朱紈的“雙嶼島大捷”摧毀了明嘉靖年間最大的走私基地和倭寇據點，也因此得罪了福建、浙江兩地的土豪和官員這些土豪豈是好惹的?你讓我血本無歸，我讓你滾蛋回家!他們發動朝中勢力誣告朱紈擅殺良民，民怨極大，經過幾輪的彈劾，朝廷終於相信了，勒令將朱紈革職查辦。在家中，憤憤不平的朱紈決定以死明志，保全名節，毅然服毒自殺，終年55歲。
朱紈死後，福建的土豪彈冠相慶，壓在他們頭頂喘不過氣來的“石頭”終於被一腳踢開了。躲在日本的汪直率領倭寇捲土重來，沿海燒殺搶掠，強姦民女，無惡不作，他們將劫掠來的物品高價賣給葡萄牙人或帶回日本。
倭寇之亂變得不可收拾，直到戚繼光的橫空出世。
四、隆慶開關
倭寇之禍，不僅僅是簡單的海盜行爲，背後隱藏的是兩千年來封建王朝的通病：人多地少。大明承平日久，人口增長，現有的土地無法滿足人均耕地的需要，失去了生計的農民鋌而走險加入走私集團。
如果大明王朝的統治者能把走私變成合法化的貿易，給沿海蔘與走私的百姓一個合法的身份，改堵爲疏，或許後期就不會有倭寇之禍。短視的統治者只是用了最簡單的鎮壓手段，將走私者逼成海盜，被迫用武力與朝廷對抗，也可以看作是官逼民反。
而大明王朝萬萬沒想到的是，日本人居然也趁此時來渾水摸魚一把，跟在中國人的隊伍後面狐假虎威大肆掠奪，其實區區數千倭寇豈是我大明對手?只要國人上下一心，將國內問題解決掉，倭寇形跡暴露無遺，待天兵一到，化爲齏粉，倭寇之亂自定。
1567年，隆慶帝登基，於當年宣佈解除海禁，鼓勵民間貿易，走私集團終於取得了合法身份。東南面貌爲之一新，倭寇失去了生存的土壤。
倭患永絕。
