夾河、藳城之戰再次使南軍損失慘重，正面戰場戰事稍緩和。南軍改爲通過談判、反間、襲擊後方等方式間接作戰。擊敗平安後，燕軍南下，先後經過順德、廣平、大名，並駐紮於大名。諸郡縣望風而降。
朱棣聽說齊泰和黃子澄被貶，上書和談，表示“奸臣竄逐而其計實行，不敢撤兵”。朱允炆得書，與方孝孺討論，方孝孺表示可以藉此機會遣使回報，拖延時間，並懈怠其軍心;同時令遼東等軍隊攻其後方，以備夾攻。於是(四月)建文帝令大理寺少卿薛嵓去見朱棣，傳詔並祕密在軍中散佈相關消息。薛嵓見朱棣，說“朝廷言殿下旦釋甲，暮即旋師。”朱棣表示這連三尺小兒也騙不過。薛嵓無言以對。五月初一，盛庸、吳傑、平安等分兵騷擾燕軍餉道。朱棣遣使者進京表示盛庸等不肯罷兵，必有主使。建文帝聽從方孝孺的意見，將其下獄(一說誅殺)，和談破裂。朱棣見和談破裂，決定襲擊南軍餉道，以使德州南軍陷入困境，遂令都指揮李遠率兵六千，換穿南軍甲冑，從濟寧南下;六月十五日，燕軍瞞過南軍到達沛縣，成功焚燒大量南軍糧船，河中魚鱉盡死。南軍損失糧食數百萬石，京師大震，德州陷入窘境。
七月，燕軍進攻彰德，林縣投降。七月初十，平安自真定趁虛攻北平，擾其耕牧。朱高熾固守。朱棣分兵回援;九月十八日，平安與戰不利，退回真定。由於河北戰事不利，方孝孺想出了反間計，利用朱高熾(長子)和朱高煦(次子)的矛盾，先寫一封信給守北平的高熾，令其歸順朝廷，許以燕王之位;然後派人告訴朱棣和高煦(隨軍)世子密通朝廷，以使燕軍北還。但朱高熾得到信後，根本沒有拆開，將朝廷使者連人帶信一起送往朱棣處。反間計失敗。七月十五日，盛庸令大同守將房昭入紫荊關威脅保定，據易州西水寨以窺北平。朱棣見狀，只得回兵救援。朱棣分兵守保定，幷包圍房昭的山寨。十月初二，燕軍與真定援兵和房昭軍決戰，朱棣令勇士悄悄登山，在敵後大張旗幟。南軍山寨見狀大亂，與真定援兵一齊崩潰。房昭退回大同。十月二十四日，燕軍回到北平。之後又擊敗了襲永平的遼東敵軍。
至此，燕軍靖難已有兩年多。雖然屢戰屢勝，但因兵力不足，無法鞏固並擴張勝利，往往放棄新取之地;僅能據有北平、保定、永平三個郡。
建文三年(1401年)冬，朱棣決定直接率兵南下，臨江一決。道衍亦支持不再與盛庸、平安等糾纏，直趨京師。十二月初二日，燕師復出。十二月十二，到達蠡縣(約在保定以南50公里)。建文四年(1402年)正月，先後擊敗德州的一支分隊和平安的部隊，於是燕軍南下(路線大致位於現京九鐵路和京廣鐵路之間)至館陶渡河(進山東)，並長驅直入。正月十二日，燕軍在館陶渡河;正月十四日，燕軍攻陷東阿;正月十五日，再攻陷東平;正月十七日，陷汶上;正月二十七日，陷沛縣(今江蘇沛縣);正月三十日，燕軍先頭部隊到達徐州。
建文帝見燕軍再次出動，建文三年(1401年)十二月令駙馬都尉梅殷(建文帝的姑父，顧命大臣)任總兵官，鎮守淮安。建文四年(1402年)正月初一，建文帝將遷往蒙化的朱橚(廢周王)召回南京。命魏國公徐輝祖率兵援山東。
建文四年(1402年)二月初一，南軍將領何福、平安、陳暉進兵濟寧，盛庸進兵淮上。朱棣派兵襲擊南軍餉道後，二月二十一日，燕軍擊敗徐州的出戰軍隊，徐州自此閉城死守。
