明安宗朱由崧即位後於三月上明熹宗懿安皇后諡號孝哀慈靖恭惠溫貞偕天協聖悊皇后，六月追封祖母鄭貴妃爲孝寧太皇太后。父福恭王朱常洵爲貞純肅哲聖敬仁毅恭皇帝(後改諡孝皇帝)，立廟於南京，墓園稱熙陵。上嫡母鄒氏尊號爲恪貞仁壽皇太后。生母姚氏爲孝誠端惠慈順貞穆符天篤聖皇后。贈洛陽城陷時遇害的胞弟潁上王朱由榘爲潁王，諡曰衝。六月上崇禎帝廟號爲思宗(弘光元年二月改上廟號毅宗)，諡號紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝;上崇禎帝周皇后諡號孝節貞肅淵恭莊毅奉天靖聖烈皇后。七月追復懿文太子朱標廟號興宗，諡號和天敬道憲懿勤敏淳文度武明仁慈孝康皇帝。興宗皇后常氏爲孝康皇后。追上建文帝廟號惠宗，諡號嗣天章道誠懿淵功觀文揚武克仁篤孝讓皇帝。惠宗皇后馬氏爲孝愍溫貞哲睿肅烈襄天弼聖讓皇后。追上景泰帝廟號代宗，諡號符天建道恭仁康定隆文布武顯德崇孝景皇帝。代宗廢后汪氏爲孝淵肅懿貞惠安和輔天恭聖景皇后。
明昭宗朱由榔即爲後上堂兄弘光帝廟號安宗，諡號奉天遵道寬和靜穆修文布武溫恭仁孝簡皇帝;上伯父朱常洵廟號恭宗，諡號慕天敷道貞純肅哲修文顯武聖敬仁毅孝皇帝;上父桂端王朱常瀛廟號禮宗，諡號體天昌道莊毅溫弘興文宣武仁智誠孝端皇帝;上隆武帝廟號紹宗，諡號配天至道弘毅肅穆思文烈武敏仁廣孝襄皇帝;上嫡母呂氏諡號孝欽靜淑慈敬天昭豫保康聖端皇后;嫡母王氏諡號孝正莊翼敦仁端惠天聖皇太后;上生母馬氏尊號爲昭聖慈惠仁壽皇太后。
九月初三，弘光帝下令爲北京殉難諸臣上諡號，文臣二十一人、勳臣二人、戚臣一人。隨後又給郢國公馮國用、宋國公馮勝、濟國公丁德興、德慶侯廖永忠、長興侯耿炳文等開國功臣追上諡號;給方孝孺、齊泰、黃子澄、陳迪、景清、卓敬、練子寧等建文朝死難諸臣，蔣欽、陸震等正德朝死諫諸臣，左光斗、周朝瑞、周宗建、袁化中、顧大章、周起元等天啓朝死難諸臣均補上諡號，併爲他們平反。
國策
明末清初，中國社會的主要矛盾，史學界有不同意見。
有的人認爲從清軍入關佔領北京起，民族矛盾就成了主要矛盾;也有人認爲由明至清階級矛盾一直處於主要地位。
所以南明初期的主要政策是“聯虜平寇”，意思是聯合清朝掃滅“流寇”。可以說“聯虜平寇”(或稱“借虜平寇”)是弘光政權的基本國策。
但是隨着時局的變化，弘光政權卻被“聯虜平寇”方針所葬送，數十萬官軍叛降清朝，反過來爲清朝征服江南各地效犬馬之勞。隆武政權以後，朝廷改變方針，由“聯虜平寇”轉爲聯合農民軍共同抗清，即“聯寇抗清”。
但是後期因爲內部不和逐步被清軍分化瓦解，農民軍和南明諸政權紛紛被清軍消滅。
黨爭
東林黨與閹黨之爭，一直延續到南明時期;阮大鋮打擊東林黨人向來不遺餘力，本來阮大鋮和東林諸君子關係不錯，但受到趙南星的打壓，最後倒向閹黨。當時東林黨人力主擁立潞王，史可法寫信給馬士英說明福王“七不可立”，馬士英卻搶先擁立福王。史可法在東林黨與閹黨之間兩難。《桃花扇》記載阮大鋮刻意逢迎復社的吳應箕、沈昆銅、沈眉生等人，結果反被責打一頓，後來阮大鋮成爲弘光朝重臣，隨之展開報復行動。
永曆朝又有吳楚黨爭，主要是“東勳”李成棟養子李元胤及杜永和等和“西勳”陳邦傅以及瞿式耜節制的將領之間的鬥爭，楚黨的幕後人物爲李元胤、袁彭年、丁時魁、蒙正發。吳黨有瞿式耜、堵胤錫、陳邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤錫等人主張聯合原農民軍，何騰蛟、瞿式耜則排斥農民軍。吳、楚黨爭使得南明與大順軍、大西軍的戰力始終無法整合，最後亡於清軍之手。
選秀
弘光朝
朱由崧即位後，下令選淑女入宮，派宦官於南京城中四出搜巷，凡是有女之家，必以黃紙貼額，持之而去，南京城中騷動。朱由崧又下令修西宮西一路爲慈禧殿，以安置繼母鄒太后。當年八月鄒太后自河南至南京，八月十四日諭戶、兵、工三部“太后光臨，限三日內蒐括萬金，以備賞賜”。八月十六日御用監又令造龍鳳牀座、牀頂架、宮殿陳設金玉等項，越數十萬兩。造皇后冠，命內臣採購貓兒眼、祖母綠及大珠重一錢以上者百餘顆。崇禎十七年除夕，弘光帝獨坐興寧宮中，愀然不樂。太監韓贊周問道：“宮殿新落成，皇上應當歡喜，而悶悶不樂，是思念皇兄嗎?”弘光帝不應，繼而回答說：“梨園殊少佳者”。弘光元年(1645年)正月，弘光帝又下令修南京奉先殿、午門及左右掖門，並派太監田成至杭州、嘉興二府選淑女。四月甲子，弘光帝在南京貢院選淑女，七十人中選中一人，即阮大鋮的侄女。四月壬戌，杭州送來淑女五十人，弘光帝選中周姓一人，王姓一人。
隆武朝
朱聿鍵登基數月，不選秀，只皇后曾氏一妻，不選太監入值，只以貼身的親信入值司禮監。
永曆朝
朱由榔登基詔書：特諭不立東廠，不選宮人。
