有一個叫見月的和尚，清初在南京一所寺廟當住持。有人告發寺廟中有人“通賊”，就是和反清勢力有聯繫。清兵要把寺廟封閉，抓走那些所謂“通賊”的人。見月和尚鎮定從容，大義凜然，想盡辦法保住了寺廟。這是陳垣在1940年寫作的《明季滇黔佛教考》中講的一個故事。這個故事就是抗日時期陳垣的真實寫照，堅持抗日，維持輔仁大學，保護抗日師生。因此，輔仁大學贏得了“抗日大本營”的讚譽。
堅守北平拒絕威逼利誘
七七事變後不久，日軍佔領了北平城。國立北京大學、清華大學南遷，大批師生南下。當時，輔仁大學沒有南遷的打算，陳垣也沒有南下，他認爲淪陷區需要有一批人留下來主持正義。他說:“餘如南歸,輔仁大學數千青年,有何人能代餘教育之?淪陷區正氣有何人能代餘支持倡導,且餘之圖書,又不能全部帶去,隻身南逃,尤屬不宜”。
像陳垣這樣地位的人留在北平，日僞肯定會想盡辦法拉攏。先是請他參加“東洋史地學會”並擔任職務，這是一個披着學術外衣的漢奸組織。他當然拒不參加。1941年太平洋戰爭爆發後，日本提出建立“大東亞共榮圈”戰略目標，在北平策劃籌建“東亞文化協議會”。鑑於陳垣在國內外教育界的聲望，日僞又準備讓他擔任副會長，派人前去遊說。來人利誘說：“日本人已許諾，陳先生出任副會長屬衆望所歸，可發給月薪5000元。”陳垣斷然拒絕：“莫說幾千元，即使萬兩黃金我也不幹!”
來人滿臉愧色退去。
堅持辦學保護抗日師生淪陷期間,日僞對高校實行奴化教育,日語被作爲必修課,教材改用日文課本等。輔仁大學由於教會背景雖未被日僞接管，但面臨着難以想象的壓力和干擾。輔仁大學不接受僞教育部命令，仍遵國民政府之學制及校歷、假期規定，使用原有教材，保持了北平古都學府一片淨土。
1938年徐州失陷，日僞當局強迫北平機關、學校掛僞“國旗”，遊行“慶祝”。輔仁大學和附中拒絕掛旗、遊行，附中被強令停課3天。日本人找到校長陳垣“質問”恫嚇，陳垣說：“國土淪陷，我們只是悲痛，要慶祝，辦不到!”從此，學校返校節等集會，皆以校旗代國旗。他認爲，懸起冒牌國旗“使人一見，感領土之淪亡致爲淚下”，“是最大的恥辱”。
1939年，學校放映世運會影片，忽然顯出中國國旗，在場學生都情不自禁地起立鼓掌。日本憲兵隊找陳垣責難，要他交出鼓掌的
師生。他回答：“帶頭鼓掌的是我，要逮捕就把我抓走!”懾於他的威望，這件事後來不了了之。
1942年4月，輔仁大學舉行返校節，照例要開運動會。陳垣在運動會開始時講述了一個孔子開運動會的故事。他說：《禮記·射義》篇記載，孔子曾主持射箭比賽，讓子路把門，宣佈有三種人不能參加，“賁門之將、亡國之大夫與爲人後者不入”，即敗軍之將、爲敵人做事的、認敵作父的三種人。宣佈完三條，不少人都溜走了。他巧妙地在公開場合警告漢奸，打擊敵人。
1944年3月，輔仁大學三十多名教授、附中教員因宣傳抗日被捕，多方營救無效。直至1945年7月才被釋出獄。當時抗戰還未結束，輔仁大學公宴出獄的教授，以此來表達對他們抗日的支持和對日僞當局的抗議。陳垣在1945年冬至所寫的《通鑑胡注表微》一書識語中說：“此論文本爲紀念被捕及被俘諸友而作。”
潛心研究以書齋作戰場
抗日戰爭八年期間，陳垣杜門謝客,潛心研究,撰寫了7部專著、10餘篇論文。他提倡經世致用和“有意義之史學”,以書齋作戰場，以紙筆爲武器，闡發中國歷史上的愛國主義傳統，以此借古喻今,痛斥日寇侵略和漢奸賣國。
陳垣這一時期著就了他稱爲自己“學識的記裏碑”的《通鑑胡注表微》。南宋史學家胡三省，宋亡後，堅決不做元朝的官，隱居山中，極其艱苦，傾注全部精力，爲司馬光的《資治通鑑》做註解。因此，有人認爲他擅長地理或是考據。而對他爲什麼注《通鑑》，用意何在，卻沒有人注意。陳垣過去也沒有考慮過這個問題，直到抗日戰爭爆發，他身在日僞統治下的北平，與胡三省有相似的遭遇，才切身體會到胡三省對於元滅南宋的深切亡國之痛，於是發憤著《通鑑胡注表微》，以此闡發胡三省在爲《通鑑》作注時隱藏在註文中、當時不便明言的愛國思想。在日本帝國主義入侵中國的時候，同樣作爲一個知識分子，陳垣“以史事諷喻今事”，援古證今，表達他的愛國思想。
對於陳垣在特殊環境下所採取的學術文化抗日活動,輔大文學院院長曾題詞稱讚道:“吾黨陳夫子,書城隱此身。不知老將至,希古意彌真。傲骨撐天地,奇文泣鬼神。一編莊誦罷,風雨感情親。”
“黑暗世界”不辦開學典禮
自1937年日本全面侵華以來，輔仁大學八年堅持不辦開學典禮。1945年8月15日，日本宣佈無條件投降。9月3日，輔仁大學舉行了八年以來首次開學典禮。
陳垣在開學典禮上講話說：“民國二十六年以來，我們學校已有八年不行開學典禮，因我們處在淪陷區域，國旗拿不出來，國歌亦唱不響亮，甚至連說話都要受到限制，爲了一切不必要的麻煩，以往的八年是在不動聲色的黑暗世界中度過的，從昨天日本投降簽字起，世界的永久和平已經產生，光明的新時代已經開始，所以八年來解放後第一次開學典禮，是特別值得慶賀的。”他痛斥那些爲日僞服務的人“已經忘了我們國旗的本來面目”。
在抗日戰爭勝利後的一個元旦團拜會上，國民黨一位高級官員說北平這地方沒有一點民族意識。陳垣聽了十分氣憤，便站起來反駁他，說：“你過去來過這裏沒有?我們在日本人統治下進行鬥爭，你知道嗎?可惜你來得太遲了!”於是憤然離席，並說今後再也不參加這種集會了。
□史蹟尋蹤
輔仁大學:北京輔仁大學創建於1925年，前身是北京公教大學附屬輔仁社，1927年更名爲私立北京輔仁大學，1931年在南京中央政府教育部正式立案。1950年10月由中央人民政府接辦。1952年院系調整，與北京師範大學合併，共有27年曆史。在這段歷史時期，歷年在北京輔仁大學註冊入學的學生共12355人，歷屆畢業本科學生4812人，研究生76人。
