1449年，足利義政成爲室町幕府第8代將軍，他耽於酒色，不理政事，導致社會動盪，各地不斷髮生德政暴動，將軍權力逐漸衰落，幕府實權旁落重臣和實力強大的守護大名細川勝元、山名持豐(又名山名宗全)等手中。
足利義政早年無子，1464年以弟足利義視爲繼嗣、以細川勝元爲保護人。次年其妻日野富子生子足利義尚，以山名持豐爲保護人。二者爭奪繼嗣地位的鬥爭，使中央勢力發生分裂。在守護大名各領國內，地方領主力量也不斷增大，並干預守護大名的繼承糾紛，因而守護大名的勢力也發生分裂。以細川勝元和山名持豐的對立爲中心，中央與地方封建勢力的分裂日趨激化。
1467年1月18日,畠山政長和畠山義就在京都發生武裝衝突，山名持豐助畠山義就獲勝。以此爲導火線，細川勝元和山名持豐各自調集援軍進入京都。細川方面有斯波義敏、畠山政長、赤松政則、京極持清等,大本營在將軍駐地幕府,稱東軍。山名方面有斯波義廉、畠山義就、一色義直、六角高賴等，大本營在幕府以西的山名持豐邸，稱西軍。5月26日,兩軍開始大戰。最初東軍稍強。8月，大內政弘率軍2萬東上京都，支援西軍，10月激戰於相國寺，未決勝負。此後京都地區的戰鬥進入膠着狀態，戰亂逐漸波及地方。戰爭中，東軍控制將軍足利義政、后土御門天皇和後花園上皇，西軍則控制義視和南朝的後龜山天皇之重孫，雙方均以自己爲正統，稱對方爲賊軍。
長期戰亂極大地消耗了雙方的實力。地方武士則藉機擴大自己的領地,爭奪領國統治權，有的甚至企圖奪取守護大名的地位，在京都作戰的守護大名對此深感不安,因而出現厭戰情緒。
1472年，兩軍首腦開始和談。1473年，持豐和勝元相繼死去，和談加速進行，次年4月一度達成和議。但因赤松政則、畠山義就和大內政弘反對，未能實現。1477年9月，畠山義就由於領國不穩率軍返回河內。大內政弘也在幕府重新承認他對周防、長門、豐前、筑前等領國的統治權後，於11月率軍退出京都，戰亂基本結束。應仁之亂中，京都大半化爲焦土，相國寺等古建築與許多藝術珍品遭破壞,人民備嘗離亂之苦。戰亂後，幕府將軍、守護大名和莊園領主貴族的力量更加衰弱，日本歷史進入新興的戰國大名互相混戰的戰國時代。
