《水經注》對於中國地理學的發展做出了重要貢獻，在中國和世界地理學史上有重要地位。《水經注》中山川景物的描寫，還被作爲文學作品受到後人高度評價。書中的缺點也有：他因爲是北朝人，所以南方水系的記錄有些簡單，其中還有些差錯。 當然，如此宏富的鉅作，受到當時時代和條件的限制，難免存在不少錯誤。唐代杜佑在《通典》中即已明確指出其黃河河源問題上的“紕繆”。另外由於他不可能到邊遠地區和南方進行實地調查，這方面錯誤也較多些。有些地方的引書也不盡可信等等，但這些並不損害全書價值。
《水經注》原有40卷，宋初已缺5卷，後人將其所餘35卷，重新編定成40卷。由於迭經傳抄翻刻，錯簡奪僞十分嚴重，有些章節甚至難以辨讀。明清時不少學者爲研究《水經注》做了大量工作，有的訂正了經注混淆500餘處，使經注基本恢復了原來面貌。有的做了不少輯佚工作，更多的是做了校勘註疏工作，清末著名學者楊守敬與其弟子熊會貞用了畢生精力撰寫了《水經注疏》和編繪了古今對照、朱墨套印的《水經注圖》，江蘇古籍出版社出版了有段熙仲點校、陳橋驛覆校的《水經注疏》，爲今後研究利用《水經注》提供了方便。
戴震校勘《水經注》，刪去妄增之字一千多個 ，改正錯訛三千多處，補葺闕佚兩千多處，足見功夫之深，如段玉裁所說：“凡故訓、音聲、算數、天文、地理、制度、名物、人事之善惡是非，以及陰陽、氣化、道德、性命，莫不究乎其實。”——《戴震全書》
酈道元在給《水經》作注過程中，十分注重實地考察和調查研究，同時還博覽了大量前人著作，查看了不少精確詳細的地圖。據統計，酈道元寫《水經注》一共參閱了437種書籍。經過長期艱苦的努力，酈道元終於完成了他的《水經注》這一名著。《水經注》共40卷(原書宋朝已佚五卷，今本仍作40卷，是經後人改編而成的)，30多萬字，是當時一部空前的地理學鉅著。它名義上是註釋《水經》，實際上是在《水經》基礎上的再創作。全書記述了1252條河流，及有關的歷史遺蹟、人物掌故、神話傳說等，比原著增加了近千條，文字增加了20多倍，內容比《水經》原著要豐富得多。是我國最全面、最系統的綜合性地理著作。該書還記錄了不少碑刻墨跡和漁歌民謠，文筆絢爛，語言清麗，具有較高的文學價值。
《水經》是中國第一部記述河道水系的專著。舊傳爲西漢桑欽所作。經清代學者考證，大概是三國時人所作。原書列舉大小河道137條，內容非常簡略。酈道元就力之所及，蒐集了有關水道的記載和他自己遊歷各地、跋涉山川的見聞爲《水經》所注，對《水經》中的記載以詳細闡明並大爲擴充，介紹了1252條河流。注中除記載水道變遷沿革外，還記敘了兩岸的山陵城邑、風土人情、珍物異事。凡北魏以上的掌故、舊聞都可以得到考證。單以兵要地理資料一項而言，全註記載的從古以來的大小戰役不下300次，許多戰例都生動地說明了熟諳地理，利用地形，爭奪橋樑、險道、倉儲的重要性。《水經注》對研究中國古代的歷史、地理有很多的參考價值。
