其時，魯迅迎來了他人生的重大轉折點。《阿Q正傳》發表後的1923年，魯迅與共同居住的弟弟周作人一家決裂，翌年，搬到北京市內的西三條衚衕(現爲北京魯迅博物館)。二人關係惡化的原因之一是，作爲大家庭的家長維持全家生計的魯迅與周作人的日本妻子羽太信子的矛盾。據說由於信子無法放棄日本人的生活方式，喜好奢侈，致使每月虧空，家用拮据。
1925年3月，在北京女子師範大學擔任兼職教師的魯迅收到一封女學生的來信。寫信人署名許廣平，是魯迅班上表現活躍的學生幹部。當時的女師大校長屬於保守派，對學生運動採取壓制政策，以孫中山“共產共妻”(保守派對左傾化的國民黨的污衊)爲由，不許學生參加孫的葬禮。許廣平等學生領袖帶領學生多次要求更換校長，均遭當局反對。在這樣的壓迫下，許廣平感到彷徨和苦痛，急欲“在黑暗中尋找指引”，於是開始給老師魯迅寫信求教並傾訴胸中的苦悶。
收到信後的魯迅回了一封長信，鼓勵許廣平，自此二人開始寫信筆談。隨後，許廣平因參加學潮被開除，8月，北京政府更決定解散女師大。魯迅發表聲明支持學生，並擔任由女師大師生成立的校務維持委員會委員，繼續處理學校事務，爲被逐出校園的學生開課。北京當局下令免去魯迅在教育部的職務，但這並未使他屈從壓力。學生們開始經常出入魯迅家，被警察追捕的學生也藏在魯迅家裏。
1925年5月，上海的日商紗廠發生勞資衝突，中國工人被射殺。這一事件引發了大規模反帝罷工運動，即五卅運動。各界反對帝國主義和封建軍閥的聲音此起彼伏在女師大事件中，魯迅表現出了徹底反抗的態度，這不僅是出於對許廣平等充滿才氣的學生的同情，也體現了他對中國政治局勢的深度關懷。最終，政府不得不妥協，同意女師大覆校，魯迅也被教育部復職。
但是，新的悲劇已經在等待着學生們。次年，北京發生了三一八慘案。當時的北京政府由奉系張作霖與段祺瑞、馮玉祥組成聯合政權。1925年11月，奉系將軍郭鬆齡倒戈反奉。馮玉祥也爲了聯合革命派，自稱國民軍，與張作霖開戰，並於1926年3月擊敗張軍。但是，欲藉助張作霖維護其在東北權益的日本，出兵干預郭鬆齡，致使郭鬆齡兵敗。
憤怒的北京學生和市民於1926年3月18日在天安門廣場前舉行抗議集會，決議向北京政府請願，要求政府駁復八國通牒。當日早晨，許廣平抄寫完魯迅的書稿，正要出門參加集會。魯迅叫住她說:“爲什麼這樣匆促?只得留在家繼續完成抄寫書稿的工作。魯迅則在書齋深處埋頭撰寫《無花的薔薇之二》十時半左右，突然有人慌慌張張涌進魯迅家，說請願隊伍在國務院門前遭到軍警槍擊，死傷衆多。許廣平聞訊後立刻跑回學校，隨後學生幹部、也是魯迅學生的劉和珍等人的屍體被擡回。衝突中，軍警以大刀和棍棒毆打受傷學生，根據當局公佈的數字，死者47名，傷者150餘名。率領遊行隊伍的李大釗頭部受傷後，仍然指揮隊伍撤退。
爲美化屠殺行徑，北京政府把請願學生貼上“暴徒”的標籤。一些迎合政府的保守知識分子批評事件的責任在李大釗和學生領袖。這是魯迅所不能容忍的，他飽含激憤地寫下:“墨寫的謊說，決掩不住血寫的事實。”但是，緊張的形勢不允許魯迅當一個局外人。
北京政府懼怕事件發展爲革命運動，向李大釗等5名請願運動領袖發出逮捕令，魯迅等50名進步知識分子也被列入黑名單。預感到危機的魯迅暫到日本醫生經營的醫院避難。4月，張作霖進入北京，魯迅又躲到德國和法國醫院。5月，魯迅一度返家，但北平已然沒有安居之地，魯迅只得與許廣平等避赴南方。
