繼任家督
關於爲信幼年的史料多不記載。多數以永祿十年(1567)三月開始有載，爲信因才能被南部家臣大浦爲則招爲女婿，從而遷入大浦城;同年末，爲則病死，由於無嗣，故由爲信繼承爲第四代家督，改姓大浦。
大浦氏原爲北陸奧大族南部氏的支族，但早已想稱霸津輕自立，卻屢屢失敗。當時的南部家督爲晴政，人稱“北陸奧之雄”，晴政對支族大肆剝削，令其他南部分支非常不滿，爲信利用此機會，開展稱霸津輕的計劃。
即位之初，爲信就迅速展開在情報和外交方面的工作，以期憑藉正確的情報和良好的外交形勢，構築自己政策的基本取向。永祿十二年(1569)四月二十一日，爲信派遣重臣森岡金吾信元前往出羽國山形，與最上義光通誼，達成了義光向爲信傳達中央政界動向的約定。最上義光還以出羽莊內的浦人鴨治右衛門、島與助爲使者，向爲信提供了長槍三百支、弓二十張、鐵炮三十挺，從海路運到了種裏附近的鰺澤湊。元龜元年(1570)春，爲信一行十六人祕密參拜了越後國的彌彥神社，之後在返回途中，拜訪了最上義光，進一步加深友誼。之後又參詣了出羽的羽黑山，這不僅僅是爲了祈求“諸敵退散，全勝皆元”，更是爲了在當地蒐羅可用的修驗者。——當時羽黑山是修驗者的重要據點，而以修習道行爲名義雲遊各國的修驗者是當時重要的情報力量。
南部內亂
爲爲信擴張勢力提供契機的是南部宗家當主南部晴政、九戶政實一派與石川高信、南部信直父子的不和。南部信直生於天文十五年(1546)，是石川高信和側室(一方井安正之女)所生的庶長子。由於晴政一直沒有兒子，所以信直在弘治年間娶了晴政的長女，作爲婿養子過繼到宗家，當時信直大約十二、三歲。這樣信直就獲得了繼承南部宗家的權利。然而由於永祿三年(1560)晴政長子晴繼的出生以及晴政長女的早亡，信直與晴政之間的關係逐漸惡化。由此，信直放棄了晴政養子的身份，回到了田子城。然而這並不意味着信直放棄了謀圖宗家繼承權的念頭，在《根城南部系圖》中有着值得注意的記載：“傳曰永祿中信直公在田子時，與嫡家晴政公不和，信直公依賴政義(根城南部當主八戶政榮)解救危難。尤其信直公在川守田館用鐵炮討伐九戶九郎，晴政公大怒，信直公懼，不敢回到田子。於是隱匿在根城，逃脫了危難。”
九戶九郎即九戶彥九郎實親，是九戶政實之弟、南部晴政的次女婿。信直狙擊他的目的，顯而易見。這一事件導致了晴政方和信直方矛盾的表面化，南部各分家以宗家和田子家爲核心，分化形成了兩大陣營。當時宗家方的主要力量有：九戶政實、實親兄弟，南部支流的擳引城主擳引清長、清政兄弟，久慈城主久慈直治(爲信之兄信義之子)、政則父子、七戶城主七戶家國、一戶實富、大里城主大里修理親基、大湯城主大湯四郎左衛門昌次、釜石的小笠原(葛西)重清、金田一的四戶中務、淨法寺城的淨法寺修理等人。其中九戶一族擁有二戶、根曾利、冬部、姊帶等有力支族、家臣，領地在一萬九千多石，是晴政方最主要的支持者。信直方則有：信直之父石川高信、晴政五女婿北秀愛之父北信愛、晴政四女婿南盛義之父南慶儀、信直繼室之父泉山和泉。處境比較微妙的是八戶政榮，其領地在石川高信擔任郡代的津輕，約有七、八千石的實力。在血緣上八戶氏和九戶氏關係較近，但由於地域的關係以及後來其子直榮迎娶了信直的女兒，所以在南部家的內爭中，採取了親信直的政策。南部一族此時的政治分野，一直延續到後來的九戶政實之亂。
在這樣的背景下，地處津輕西部、信直勢力後方而且實力尚弱的大浦爲信，其處境是相當微妙的。當然，他可以有兩種選擇：站在信直方，作爲其可靠的後方;或與宗家方遙相呼應，在信直的背後展開對津輕地域的侵蝕。晴政看重爲信所處的位置，給予了爲信“依次斬取津輕”的指示，要使信直方陷入兩線作戰的窘境。志在奪取津輕地方的爲信，也從宗家獲得了攻奪津輕的大義名分，因此他堅決的站在了反信直的立場上。在此背景下，我們也就能理解爲信敢於直入信直方的根據地，偷襲石川城的行爲，正是因爲他可以依靠宗家方在另一側牽制信直。
具有諷刺意味的是，爲信另一可以利用的是南部家一直以來對於津輕地方的殘酷壓榨。在南朝勢力衰敗之後，南部家中持南朝方立場的八戶氏隨之失勢，南部家倒向北朝，展開了對以浪岡北畠氏爲首的南朝勢力的進攻，逐步蠶食津輕地域，之後又將安東氏的勢力驅逐出津輕。到了南部守行這一代，在津輕地方建立所謂 “十二人衆”的支配體制。南部家對於這一被征服地區的嚴酷壓制，即使由前南部藩士編纂的《南部史要》也毫不否認：“人民的苦情甚重，向三戶的愁訴不斷，極是騷擾。”“自春雨水連綿不斷，兇作，加之疫病流行，病死者甚多。……此時南部宗家的信直，派遣櫻庭兵庫，命令將津輕的年貢米送往三戶。”而爲信不愧爲善於利用民心的民政家，“將金米貸與窮民，用醫藥品發放到神社佛閣來救濟”，因此津輕的民衆十分擁護爲信。同時，爲信還將被稱爲“溢れ者”的破落者、無賴編入自己的家臣團。
這時候，最上義光又向爲信送來了密書，告知織田信長統一天下的進程，並且提醒爲信“上方還未全治，攻擊之時已至也”。元龜二年(1571)(一說天正9年(1581))五月四日半夜，爲信突然發難，在五日凌晨的時候，突襲石川高信的本城石川城(弘前市大字石川)。高信軍猝不及防，被大浦軍一舉擊敗，石川高信自殺。是役，大浦軍斬獲一百八十三級。之後爲信又馬不停蹄，同日又攻打下了西北面的和德城(弘前市和徳町)，城主小山內贊岐父子自殺。《永祿日記》是這樣記載的：“同夜大浦殿五百騎餘進軍石川大仏ヶ鼻，討伐了大膳殿，同日又討伐了和德贊岐，諸人驚入……”當時爲信的兵力爲：一戶又五郎、一戶兵庫介、擳引助太郎、孫四郎兄弟、福士萬右衛門等四百五十人，另外還有忍者小慄山左京和盜賊首領砂子瀨勘右衛門爲首的野武士八十三人。就這樣，大浦爲信以寡兵奇襲，深入信直派在津輕地方的根據地，並且一舉成功，順利的邁出了統一津輕的第一步。
同年八月，南部信直爲報父仇，以勢多石隱岐爲先頭部隊，向大鱷宿川原一帶進攻。信直本人則自領二千餘人，從另一路進兵。但是由於九戶政實向南部信直背後出兵，使信直不得不撤兵，而勢多石隱岐所部則遭到爲信手下武將乳井大隅、板垣信成、兼平中書的反擊，向羽州鹿角撤退。這次交戰清楚的說明了，爲信與宗家方的聯動作戰，使得信直方腹背受敵，陷入相當被動的境地。此外，留存到南部晴政書狀中的兩份：六月二十四日和七月二十一日致八戶政榮的，根據推定，是元龜年間的文書。其內容是要求八戶政榮出兵，討伐信直方的淺水城主南慶儀、劍吉城主北信愛。這也證明了宗家方和爲信之間存在着相呼應的關係。
然而這種局面並未能持續多久，宗家當主南部晴政於元龜三年(1572)(一說天正10年(1582年))八月四日死亡，其子南部晴繼“繼其後，襲父名，改稱彥三郎”，元龜三年九月 “於三光庵營先君之葬儀，式終，公夜歸三戶城。突風大作，咫尺莫辨，有兇漢突然躍出途中，弒公。從者等大狼狽，未能捕兇漢而歸。公時年十三歲。”由於宗家南部家的兩代當主在短短一個月內相繼死亡，致使晴政這一支絕嗣，所以南部家不得不召開一族重臣會議，推舉新的宗家當主。
從一般情況而言，南部晴政的女婿作爲養子，從宗法上來說，是合適的繼承人。而前面說過，南部晴政的五個女兒分別嫁給了南部信直、九戶彥九郎實親、東朝政、南盛義、北秀愛。從順位上來說，自然是分別娶了晴政長女和次女的南部信直和九戶實親爲優先。而由於信直之妻早死，也並未產下子嗣，他本人又與晴政關係惡劣，早先就放棄了養子身份，後來又與宗家兵戎相見，所以在會上擁立九戶氏的佔據了壓倒性優勢，獨有北信愛力主擁立信直。北信愛在席間預先埋伏下全副武裝的百餘人，依靠着武力的恫嚇，壓制了九戶派，強行推舉信直成爲南部宗家的第二十六代當主。
雖然在會議上九戶派迫於北信愛的鐵炮長槍，一時屈服，但是一旦返回本領，就立刻整備軍馬，與信直方展開了連綿不斷的爭鬥。然而九戶派卻忽略了一個重要的事實：雖然信直得國不正，但是由於擁有了南部宗家的當主之位，就擁有了相對於九戶氏的上位地位，可以將自己的行爲正當化，而將九戶派置於家中叛逆之輩的地位上的大義名分。正如後面所要看到的那樣，這一點在導致九戶氏的滅亡上，起到了相當大的作用。
統一津輕
不過，信直繼承南部宗家並沒有阻斷爲信攻略津輕地域的步伐。天正二年(1574)八月十三日，爲信進攻石川城以北的大光寺城(南津軽郡平賀町大光寺)，遭到了城代瀧木播磨守重行的反擊，爲信在苦戰後敗退。次年正月元旦，爲信乘敵不備，又一次發動了奇襲，攻陷了大光寺城。瀧木播磨守重行之弟刑部左衛門投降，瀧木一黨的其他人向南部撤退。攻克大光寺城後，津輕南部大致落入爲信的手中。爲信將下一步攻擊的目標定爲津輕中部。這一帶是重要的糧食產區，當時在浪岡北畠氏的控制下。
浪岡北畠氏是北畠顯家一流，在南朝勢力衰退之後，從巖手縣的船越遷移到津輕，獲得了親南朝的安東氏的庇護。嘉吉三年(1443)安東氏的勢力被南部氏驅逐出津輕地方，南部氏將舊安東氏領交給了北畠氏，希望能夠利用北田氏權威，統御舊安東氏領中的大量南朝方豪族，形成對津輕地方的間接統治。浪岡北畠在六代當主北畠具永時達到極盛，具永派次男具信繼承了已經斷絕的川原御所當主，控制了浪岡御所西南方面的水木鄉等地。具永本人於弘治元年(1555)五月二十四日死去，其長子具統早死，其長孫式部少輔具運繼承了家業。永祿元年(1558)，爲了強化浪岡御所西面的守備，具運將其弟顯範分封到館野越，館野越與川原御所領有的水木鄉一帶相鄰。顯範和具信在領地邊境的劃分上產生矛盾，具運做出了袒護顯範的仲裁，這當然引起了川原御所方面的不滿。永祿五年(1562)四月五日、北畠具信和其子顯重，藉着拜訪具運的機會，突然在浪岡城中發難，殺死了具運。《永祿日記》記載了這一事件：“四月五日，川原之御所親子攻入大御所，城中大騷動，終殺御所樣。”具運被殺後，北田具信、顯重父子返回川原御所的領地水木鄉水木城。當時不在浪岡城而倖免於難的具運之弟顯範組織起浪岡方的武士，攻打水木城，具信、顯重父子戰死，川原御所就此滅亡。這一事件被稱爲“川原御所之變”。之後，顯範擁立了具運五歲的幼子北畠顯村，自己擔任了顯村的後見，和其子北畠顯忠掌握了實權，“御所樣御子息三郎樣時五歲，由北田左近養育，成長之後改名爲三郎兵衛尉。”(《永祿日記》)川原御所之變引起了北畠家臣團的分化，導致浪岡北畠氏的衰弱，《永祿日記》稱：“其節浪岡譜代之侍亦多落爲浪人。”又如，顯重之子成年後就出仕了大浦爲信。
元龜、天正年間，大浦爲信的勢力急速擴張，這當然引起了浪岡御所方的警惕，然而北畠家內部卻在是和是戰上爭議不休，遲遲舉棋不定。爲信則早做準備，派出家臣出仕北田家，潛入浪岡城內，以爲內應。此外還派遣大量收編的“溢れ者”進入浪岡領內，煽動對浪岡御所的一揆。爲信還寢返了浪岡御所的重臣—— 銀館主吉町彌右衛門，達成了裏應外合的密約。
在一切準備齊全之後，天正六年(1578)七月二十日，大浦軍開始進攻浪岡氏。爲信將部隊一分爲三，爲信率領的本隊從十川口，盟友千德政氏等從本鄉口，爲信的重臣森岡金吾信元、兼平中書等從赤茶口，一起攻入浪岡領內。而負責守備浪岡御所的田舍郡和爲信的鼻和郡相鄰邊界的銀館主吉町彌右衛門，按約定倒戈，爲大浦軍打開了浪岡的門戶。而早前潛伏在浪岡城內的大浦家臣在城內放火，使浪岡城內一片混亂。而當日，北田家中以豪勇聞名的北田顯則和浪岡四天王之一重臣奧寺萬助等人前往外濱地方的油川城巡視，不在城內。城中本來就守備空虛，聽聞爲信來攻，城內浪岡方的士兵又大多逃散。因此大浦軍幾乎未遇抵抗就佔領了浪岡城。大御所北田顯村被擒，被關押在西根的寺院中。翌日顯村自殺，留下了這樣的辭世句：
“在夢中見到了故鄉，我的生命啊，比路邊野草上的露水更短暫。”
在北田家的菩提寺京德寺的《過去帳》中，有這樣的記載：“二十日天正七卯己年七月卒直指院殿無外道珍大居士北田三郎兵衛源顯村。”京德寺的記載看來有誤，將北田顯村的卒年誤記晚了一年。
聞知浪岡城落城，作爲顯村後見役的顯則、顯忠等北田氏重臣起先籌劃集結殘餘，奪回浪岡城，然而由於可以集結到的兵力太少，因此放棄了這個念頭，轉而投靠南部信直和北田顯村的岳父檜山安東氏當主愛季。爲了給自己的女婿報仇，安東愛季當年就出兵攻打爲信。這可以得到一份當年安東愛季致蠣崎季廣的書狀的證明。天正七年一月十七日，安東愛季又一次發動了對大浦氏的進攻，其間蠣崎季廣向津輕口派出了援兵。然而這兩次軍事行動都沒有獲得什麼成果。當年七月，安東愛季又一次以比山六郎、七郎兄弟爲大將，進攻大浦爲信。這次行動還得到了早先被趕出大光寺城的瀧木播磨重行和北田左近顯則等大浦敵對勢力的參加，安東聯軍的總兵力爲一千餘人。
聯軍以熟悉地形的北田左近顯則爲先方軍師，從藏館(南津輕郡大鱷町)方面進攻平賀郡。戰役的開始階段，聯軍首先進攻了乳井茶臼館(青森縣弘前市乳井)，大浦方守將出町豐前棄館而逃，聯軍順利的佔據了此地，之後又奪取了以北一公里處的乳井城(弘前市藥師堂)。但是聯軍在進攻更北面的衝館城(南津輕郡平賀町)時，遭到大浦軍的反擊而失利。聯軍向乳井茶臼館退卻，並在此處籠城休整。此時津輕各地的大浦軍開始集結，向乳井城方向進發。最終，雙方在平川的支流六羽川沿岸展開決戰。在混戰之中，聯軍一度突入大浦軍的本隊，並且斬殺了爲信的影武者田中太郎五郎。然而在大浦軍展開的反擊下，大將比山六郎被討取，一度佔據優勢的聯軍因此全面崩潰，聯軍諸將放棄了乳井茶臼館，各自逃向南部領和安東領。經過這場六羽川合戰，安東家和浪岡殘黨武力奪回浪岡的希望破滅，顯忠的兒子顯則、慶好分別投靠了南部家和安東家，併成爲兩家的家臣。
由於在陸奧灣沿岸的外濱地區仍然爲浪岡北田氏的遺臣和南部信直方的武將所佔據，在佔領了浪岡一帶之後，爲信開始向此處進軍。天正十三年(1585)三月二十七日，爲信展開了對油川城(青森市油川)的攻擊，由於外濱地區的地侍大部分被爲信寢反，加之大浦軍在城外放火，守城方人心浮動，城主奧入瀨善九郎未經抵抗就棄城，帶着家族錢財，乘船逃向陸奧灣的另一側下北半島的田名部。橫內城主(青森市橫內)堤弾正得知油川城落城後，棄城而逃，卻被爲信家中的福士彌三郎、小三郎兄弟捕獲，在高陣場(青森市高田)被斬首。
同年四月，南部信直展開反擊，攻擊的對象是淺石瀨城主(黑石市高賀野)千德大和守。千德大和守本來是信直派的武將，但是後來與爲信達成了平分津輕之地的協議，轉而倒戈。信直因此大怒，以名久井日向爲大將，率領三千人進攻。然而由於千德大和守的奮戰和爲信的援軍趕到，南部軍大敗。
同年五月十二日，爲信攻打始終不肯歸降的田舍館城主(南津輕郡田舍館村)千徳掃部政武，經過一番激戰，田舍館城落城、守城方自城主千徳政武以下，共三百三十多人戰死或自殺。
天正十六年(1588)，爲信消滅了津輕地區最後的抵抗者——飯詰高盾城主(五所川原市飯詰)朝日左衛門尉。此人是浪岡北畠氏的屬將，在北畠氏滅亡之後，依然繼續抵抗。在大浦軍的猛攻之下，最終城陷自殺。至此，經過十六年的努力，大浦爲信終於統一了整個津輕地區。
親近秀吉
雖然統一了津輕地區，但是爲信卻面臨着更大的危機。此時，秀吉在統一日本的進程上越走越快，雖然是地處本州最北端的南部信直也認識到了這一大勢。負責向南部氏傳遞中央情勢的京都鷹匠田中清藏“將諸侯陸續上洛領受豐臣秀吉的朱印告知，勸公上洛”。但是信直卻苦於和爲信和九戶方的兩線作戰，根本無法親自上洛，於是將這個重任交給了北信愛。天正十五年二月十日，北信愛作爲使者，拜訪前田利家，獻上鷹三十一隻，以求通過前田利家獲得秀吉政權的朱印狀，保證自己的大名地位。之後，南部信直保持着與利家的良好關係，天正十七年八月二十日的南部信直致前田利家的書狀中，報告了湊安東和檜山安東間的內戰，違反了秀吉的“關東_奧總無事令”，請求秀吉政權予以鎮壓。在擺出忠於秀吉的姿態後，信直又提及了爲信，請求在秀吉出陣秋田之際，“將這反逆之族予以成敗”，“則信直早先以來的鬱憤可以消散”。但是秀吉政權對於地處偏僻的南部家中的內亂並沒有干涉的興趣，何況在消滅北條氏之前，秀吉也無法對東北地區施加有效的控制。雖然如此，這也傳遞出危險的信號：信直在自身無力消滅爲信和九戶一派的情況下，開始尋求借助中央政權的力量，掃除這兩個對手。
通過最上義光，爲信也掌握着中央政局的不斷變化，認識到臣服秀吉的必要性。據說早在天正十三年(1586)八月，爲信就準備率領二千五百人從鰺澤湊海路上洛，但是由於海況惡劣，九月份才從深浦出發，途中又在出羽牡鹿海面上遭遇風暴，漂流到了鬆前福山，只得做罷。十四年九月，爲信開始攻略津輕以南的安東氏領地比內，企圖打通到最上領的交通線，從陸路上洛，但是遭到了當地豪族淺利修理亮實義的抵抗而未果。十五年六月，又率兩千餘人進軍平內小湊口，企圖從南部領中打開路線，但是依舊失敗。十六年，又取道秋田口，結果仍然爲秋田實季所阻，不得不在阿仁附近止步。由於無法控制交通線，爲信屢次上洛的努力都告失敗，這使得爲信認識到大規模上洛是不可行的。因此，十七年，爲信以最上義光爲中介，派遣家臣八木橋備中上洛，通過結交石田三成，向秀吉進獻鷹和名馬筑紫鹿毛，並且告知屢次上洛未果的無可奈何，以求獲得秀吉的認可。
在秀吉的認識中，爲信是南部一族的。而增田右衛門尉、木村彌一右衛門尉則是增田長盛和木村吉清。增田長盛和木村吉清都是秀吉政權中，負責傳奏事宜的。尤其是木村吉清，從天正十七年十一月開始，就作爲未來秀吉政權在奧羽一帶的代理人，到了天正十八年八月，最終被封在葛西、大崎的舊領。因此，秀吉要求爲信以後通過木村和增田與自己聯絡。
天正十八年，秀吉對爲信的態度明顯親近，對於爲信“遠路切切懇志”表示了讚許。已經察覺到關東、奧羽情勢不穩的秀吉，要求爲信對其國境加強警備，這實際上就是要求爲信作爲秀吉政權的領主發揮作用。尤其是，對爲信的稱呼從“南部右京亮”改爲了“津輕左京亮”，這是一個值得注意的信號。秀吉態度的變化，可以肯定是出於石田三成的努力。
爲信對秀吉的初步工作獲得了一定成果，但是仍然沒有獲得最爲重要的領地安堵朱印狀，並不能認爲爲信的地位已經穩固。小田原征伐和隨後的奧州仕置，是秀吉按照自己的構想，對於關東奧羽地區政治力量的大洗牌。對於沒有趕來參陣的關東奧羽大名一律給予改易的嚴厲處分，正是秀吉建立關東奧羽支配體系的基本步驟。將凡是無視秀吉政權權威者全部排除在統治階層之外，通過這個具有強悍震懾力的手段，可以一舉使關東奧羽這個未曾領略到信長、秀吉武威的地區的大小勢力感到來自中央的強大權威。
津輕爲信和南部信直都認識到了參陣小田原的重要性。“天正十八年二月，秀吉公攻打小田原北條之事，自最上義光傳來。欲直往馳參，由於與鄰國的關係，無法以大勢上洛。於是以軍師沼田面鬆齋、金出雲信就爲首之一騎當千之武將十八人相伴，二月出發，三月二日到着京都，三月二十七日於沼津拜謁秀吉公。蒙懇懇之上意，獲津輕安堵，歸國。”爲信終於獲得了秀吉的朱印狀，確保了在秀吉政權中的地位。而南部信直也從前田利家處獲悉了必須前往小田原的信息，雖然苦於九戶方的攻擊，信直仍然決定前往，在將領國託付給八戶政榮之後，和八戶政榮之子直榮一起參陣。信直順利的獲得了朱印狀，然而八戶氏就比較倒黴，由於八戶政榮未至，僅以直榮作爲代理者，因而沒有獲得秀吉的朱印狀，最終成爲了盛岡南部家的家臣。
天正十八年(1590)七月到九月，消滅了北條氏的秀吉，發表了一系列改易、轉封的命令，完成了對關東奧州政治格局的重新劃分，並且要求各大名將妻子子女送往京都。之後，秀吉將關東奧羽的事務託付給豐臣秀次，命令石田三成和淺野長政負責奧州總檢地，大谷吉繼負責羽州總檢地，自己凱旋迴京都。天正十八年九月，前田利家、前田慶次郎、片桐且元、小野木縫殿助來到津輕，十一月，檢地完成。津輕檢地的勘定數量爲四萬五千石。
九戶之亂
在完成奧州檢地之後，秀吉認爲奧州形勢已定，但是沒有想到其中卻隱伏着亂因。秀吉要求一併廢除家臣所領有的城池，並且家臣必須將妻子子女送往三戶城集中居住，等同於人質，對於違抗者，可以“加以成敗”。這對於與信直對抗了多年的九戶一黨來說，無疑等同於徹底投降，這是他們所無法接受的。九戶一黨對此不予理睬，依舊據守城池。天正十九年的正月元旦，信直在三戶舉辦新年儀式，要求九戶政實等前往，九戶方不予理睬。一月十七日，南部信直以此爲口實，率軍包圍了九戶城。九戶城三面臨河，建於數十丈的山崖上，南部軍根本無法撼動，不得已，只得撤兵。“九戶政實之亂”就此發端。
由於秀吉的嚴厲處分，奧州一帶有大量的武士失去了主家，領地被剝奪，這些人普遍對於秀吉懷有不滿。以九戶政實之亂爲契機，浪人們的能量一下子爆發出來。葛西、大崎、和賀、稗貫的舊臣，立刻前往投奔九戶黨。一時間，九戶軍四處攻擊信直方的城池，在和賀、稗貫留下守備的淺野軍也遭到猛攻，幾乎盡墨。稗貫郡鳥崎城的守將淺野重吉幸而被信直軍救出，送往三戶城保護。一時間，九戶方的勢力，遠遠凌駕於南部信直之上。四月十三日，信直派出嫡子利直、淺野重吉、北信愛等，通過前田利家，向秀吉請援。
秀吉認識到必須對這種無視自己命令的行爲痛加懲創，否則難以保持整個奧州的統治，因此立刻組織討伐大軍：以豐臣秀次爲總大將，德川家康爲後見，伊達政宗、蒲生氏鄉爲先鋒，從二本鬆口進軍。並且命令關東、北陸、奧羽地方的大名出兵，以淺野長政爲奧州方面的軍監，以大谷吉繼爲北陸方面的軍監，石田三成爲關東方面的軍監，分別從最上口、相馬口進入南部。
在這個時段，津輕爲信意外地保持着沉默。參加九戶政實一方的一戶又五郎、一戶兵庫介、擳引助太郎、孫四郎兄弟、福士萬右衛門等人都是最早跟隨自己起兵的舊部，自己的本家久慈南部氏也參加其中。從自己和九戶方一貫的聯盟政策和對南部信直的對立立場來說，他理應出兵援助九戶政實。另一方面，爲信卻又清楚的明白對抗秀吉的下場，苦於兩難的處境，一時他無法做出選擇，只能暫時按兵不動，觀望形勢。然而秀吉在六月二十日發出書狀，催促爲信出兵，“對南部家中懷有逆意的一族，加以成敗”。爲信無法再觀望下去，最終做出了加入討伐九戶政實的行列中。八月，爲信率領二千三百人，從平內口出兵，在小湊上船，從海路進兵，在南部五戶郡名久井與討伐軍匯合。之後與九戶軍數次交戰，交戰中“葛西彌兵衛、上新岡七郎、神助五郎爲首，有名的臣下數十名戰死”。
隨着討伐軍的陸續到達，一度對九戶方有利的形勢迅速逆轉，九戶軍最終被圍困在福岡城中，這時候城中的九戶一黨尚有五千多人，而圍成的討伐軍則達到了六萬五千人。討伐軍展開數次攻擊，都在付出了累累死傷後無功而返。九月二日，討伐軍以北信愛爲先鋒，發動總攻，雙方展開激戰。當日九戶方死傷一千七百多人，討伐軍也付出了九百人的代價，然而福岡城依然不動。由於正面攻擊的傷亡太大，而且冬季將至，維持幾萬大軍的衣食補給殊非易事，討伐軍決定改變策略，淺野長政、井伊直政、堀尾吉晴、蒲生氏鄉等連署了一封勸降書，在勸降書中寫道：“望政實早早降參，在京都將對天下並無逆心之意向上樣申訴。若此，可扶助一門郎從的性命。且亦將勇武之趣達於上聞，(上樣)感於其功，或可允許還領本領歟。”
書成，命九戶氏的菩提寺長興寺住職薩天和尚送往城中。長政對薩天和尚說：“政實對於秀吉殿下並無逆意。見過改之，君子之教也。若能改正前非，殿下對於降參諸將並不會加以死刑的污罪，反而會感嘆其武勇，予以寬恕。”
接到勸降書後，政實將此事告知諸將。諸將皆雲從之。政實之弟實親憤然曰：“初起事時，皆有不成則死的覺悟。然因敵人之言即放棄大義，其如初志何?”田山重勝亦諫死。然諸將皆疲於籠城，遂決意降服，翌日政實共諸將降長政陣門。此之際，實親不離本丸，欲待敵而死。長政遣使再三慰諭，漸退向二之丸。然氏鄉兵無禮，實親怒，斬數人，氏鄉兵恐，以鐵炮斃之。氏鄉將政實一族及城中子女悉驅入二之丸，閉門，放火。逃出者皆爲兵士所斬。
九戶政實等剃髮，表示恭順謝罪，然終因秀次的命令，被斬於慄駒厚地村。同死者櫛引河內守清長、 同弟左馬助清政、七戶彥三郎家國、久慈備前守政則、同弟中務、大湯四郎左衛門昌次、大里修理太夫親基七人。
政實方投降後，討伐軍諸將各自返回陣營中。此時，南部信直前往淺野長政陣中，請求道：“津輕爲信乃實父高信之仇。幸而爲信在此處在陣，正是天與的機會。我欲乘機討伐爲信，以報父仇。請貴將一定許可。”長政道：“此度出陣乃是爲了討伐對貴殿發起謀叛的政實。欲藉此機會對津輕爲信報復私仇，不能認可。”信直無話可說，轉而去拜訪蒲生氏鄉。氏鄉倒是贊同信直，於是兩人再次去長政陣中，提出此事。長政斷然拒絕：“爲信是臣屬於關白殿下，因此獲賜朱印狀者。此度亦在當地顯示了十分的武功，向天下表示了自己的忠勤。在這種時候，不能容忍信直報復私仇的行爲。”石田三成得知，立刻勸告爲信，讓其歸國，避免不測事態的發生。爲信乃退回津輕。
爲信雖然參加了鎮壓九戶政實的軍事行動，卻也不忘舊誼，庇護了相當一批九戶殘黨。九戶政實之子市左衛門成爲津輕家御馬回，知行四百石，其後代世爲弘前藩士，直至幕末。大湯四郎左衛門昌次的長子勝三郎、次子伴二郎也成爲津輕藩重臣，一直延續到幕末。武田九郎左衛門之子武田新四郎改名爲鬆野久七，之後還獲賜爲信偏諱，名爲鬆野久七信安，併成爲津輕家老中。在慶長十年(1605)隨爲信上洛，爲信去世時向他託付了後事。此外，津輕家中還有很多久慈一族者。
九戶政實之亂結束後，秀吉展開了罪惡的侵朝戰爭，爲信前往名護屋參陣。文祿二年三月十二日，爲信率領三百五十人從津輕出發，於四月二十一日到達京都，拜訪了近衛家並停留數日，使近衛家認可了所謂津輕家系近衛庶流的說法，並且允許津輕家使用近衛氏的牡丹家紋。此外爲信還在京都、大阪等地購置了屋館，作爲日後在畿內活動的據點。
在爲信到達名護屋後，前往會見前田利家，卻遭到了前田家臣奧村主計的侮辱，尤其令爲信憤慨的是，淺野長政也附和奧村。之後爲信斷絕了和前田、淺野的來往，而與石田三成更加親密。爲信在名護屋受辱一事，津輕藩一直深以爲恥，在官方記錄中隱諱莫深。反而是南部信直在給八戶政榮的書信中提到此事，幸災樂禍了一番。津輕家對前田家的仇視一直延續到後來，慶長七年(1602)七月十八日，爲信的三男津輕信枚在京都與前田家臣發生衝突，雙方都有死傷。這場爭鬥延續了九天，到七月二十七日才漸漸平息。
在秀吉的侵朝戰爭中，津輕家並沒有實際參戰，只是安坐在海峽對面的名護屋打發日子。爲信在這個時期，也主要將精力放在領內開發和家臣團整備上。慶長二年(1597)，幫助爲信平定津輕的千德氏不滿於爲信沒有遵守當初的約定，——平定津輕後平分而治，反而將千德氏視爲家臣，在淺瀨石城集合了二千多人，發起叛亂，結果被爲信迅速討平，千德政康兵敗自殺。
文祿二年(1593)，秀吉正式給予津輕領地四萬五千石朱印狀，翌年爲信由大浦城遷入崛越城，並加工擴建。文祿慶長之役，爲信未有參與，只留在九州待命。
德川時代
隨着秀吉死去，日本國內形勢再次動盪。在津輕家獲豐臣政權認可，確定大名身份的過程中，頗獲石田三成的幫助。在爲信參陣小田原之際，爲信的嫡子信建元服，石田三成做了信建的“烏帽子親”，還贈給信建名刀——備前吉方小脅差。——可見雙方關係的親密。但是觀察整個奧羽關東的形勢，親德川者爲絕大多數，若是貿然舉起西軍的旗幟，恐怕未待關原的決戰打響，津輕家就會被東軍的大隊人馬踏平。經過一番抉擇，爲信決定倒向東軍，向德川秀忠表明了參加東軍的立場。
根據津輕方的記載，德川秀忠隨後於慶長五年八月十九日發來了催促爲信出兵的書信。於是爲信親率二千人出發，在駿府參見了家康，之後又命令留守領內的尾崎喜藏、板垣兵部、多田玄蕃、鬆野久七四人再率八百兵增援。以上四人立刻率兵在深浦港集結。然而此時前三人卻一直推搪，不肯進兵，於是鬆野久七就率領着部下二百人先行離開，受鬆野行動的感動，陸續又有三百五十人加入進來。津輕軍隨後參加了攻擊大垣城的行動，爲信利用在當地召用的服部長門守康成潛入城中，說服秋月、高橋、相良等人倒戈，導致了大垣城的陷落。而仍舊逗留在領內的尾崎喜藏、板垣兵部、多田玄蕃三人在堀越城反叛，引起了藩內的騷動，這時出仕家康的鷹師三橋但馬守來到了津輕，報知西軍戰敗的消息，以上三將被金小三郎等人殺死，叛亂平息。
雖然無法找到津輕軍參加關原合戰的可靠記載，但是戰後津輕家卻獲得了二千石的加封，這就是說明了津輕軍肯定加入了東軍，並且有着一定程度的貢獻。然而比之同樣參加大垣城攻略的東軍大名，津輕家的加封又少得可憐：西尾光教，出兵六百人，加封一萬石。水野勝重，出兵九百人，加封一萬石。鬆平康長，出兵三百人，加封一萬石。津輕家出兵二千多人，通過計謀引起了大垣城中西軍的分裂，導致大垣的迅速落城，這等戰功，即便是加封三、五萬石也是應該的。
由於以上疑點，歷史研究者提出了：“當主爲信並沒有參加東軍，參加攻擊大垣城的是津輕家的家臣。爲信在京都，而嫡子津輕信建在大阪城”的觀點。
在流傳到今天的種種關原合戰繪圖中，其中有一種出自津輕藩之手，被稱爲《津輕屏風繪圖》。其中，在家康的赤阪本陣內，有着“卍”紋的旗幟。根據研究者的考證，當時使用此種旗幟的，有堀氏、蜂須賀氏和津輕氏三家。可以確定，堀氏、蜂須賀氏並不在家康本陣中，則持此軍旗者顯然是津輕家。爲信當時在京都，而其長子信建則由於和石田三成的關係，在大阪城中，爲信還派出三百人歸信建指揮。得知佐和山城陷落，和三成的次子隼人正重成離開大阪，從若狹上船，逃到津輕。那麼當時在家康本陣中的，則是爲信的三男信枚(次子信堅早逝)。關原合戰之後，作爲論功行賞的一個方面，津輕家中唯有信枚和德川家康、最上義光等一起參內，獲敘從五位下越中守，這是慶長六年五月十一日的事情。從此也可以看出，信枚參加了東軍無疑。
值得一提的是，和對待九戶黨的遺族一樣，對於石田三成的遺子隼人正重成，津輕藩也妥爲保護。爲避德川家的耳目，重成改姓爲杉山，即後來的津輕藩執政杉山八兵衛吉成。
關原合戰結束之後，爲信於十一月回到領內。次年三月七日至十日，在堀越城西清水森城的大佛殿，舉辦法事，悼念自起兵以來敵我雙方的戰死者。儀式甚爲隆重，“不問敵我，以紺紙金泥書其俗名、法名，於佛壇左右列是，僧侶凡百三十餘人，導師聞是喜三和尚……”然而在法事上，敗於爲信而自殺的千德政武之妻於市在祭壇前自殺，頗令在場之人震驚。此女爲和徳城主小山內贊岐之女，其父其夫都是被爲信逼入自殺的境地而死的，自然對於爲信極爲憤恨。
關原之戰後，爲信努力發展及開發津輕郡，加強漕運及鼓勵墾荒，受到不少領民的愛護，同最上義光一樣，津輕郡在爲信的管治下未曾有一揆記錄，證明爲信的民政能力之高，慶長八年(1603)，爲信開始在巖木川及土淵川之間築高岡城，後改名弘前城，至二代藩主信牧完工。
慶長十二年(1607)，爲信最後一次上洛。當時他的健康狀況已經惡化，諸般醫療無效。自知大限將至的爲信，將三男信枚召至京都，在枕前留下了關於“國政安民，防敵守疆”的遺訓，命令重臣鬆野久七信安、森山內藏介二人擔任輔佐信枚的重任，並向老中安藤帶刀直次、本多佐渡守正信、上野介正純提出津輕家由信枚繼承的遺願。
十二月五日，津輕爲信波瀾動盪的一生閉幕，時年五十八歲。爲信死後，由於長男、次男早死，故由三男信牧繼位，但其間，由於長男之子大熊不服，發生騷動，最後由幕府於慶長十四年(1609)宣佈爲信預定的遺囑，由信牧正式接掌爲二代弘前藩主，信牧繼位後，發揮其遺傳至爲信的內政能力，慶長十六年(1611)，弘前城完工，快速地開發城下町，使原本落後的津輕更爲繁榮，實質石高增至十萬石。此後弘前藩一直存續至幕末，最後更與天皇家結親，承襲爵位。
