查士丁尼一世雖然有重整羅馬帝國和收復失地的意圖，但他並沒有制定一套長期的軍事戰略。從當時的客觀形勢來分析，查士丁尼面臨着東西兩線作戰的困境。西邊是日耳曼人佔領的過去西羅馬帝國的疆土，東邊是伊朗的薩珊王朝，兵力不容低估。如果東西兩線作戰，查士丁尼沒有獲勝的把握。查士丁尼不得已採取先同薩珊王朝議和的方針，騰出手來再出兵攻打西線的日耳曼人王國。
薩珊王朝新任國王科斯洛一世於公元531年即位，國內這時剛剛鎮壓了祅教異端者的起義，需要緩和一下同東羅馬帝國的關係。於是查士丁尼同科斯洛一世在公元532年訂立和約，承諾互不侵犯。科斯洛一世提出的條件是：要求查士丁尼把西征獲得的戰利品分一部分給薩珊王朝。查士丁尼知道這是科斯洛一世的敲詐勒索，但爲了解除西征時的後顧之憂，就先付一部分黃金作爲禮品送給他。
查士丁尼決定先收復阿非利加行省。這裏自公元439年起已被汪達爾人佔領，並建立了汪達爾王國，但管理混亂，人心渙散。公元533年，東羅馬艦隊於迦太基城登陸，幾個月後就滅掉了汪達爾王國。
查士丁尼把軍隊攻擊的目標轉到意大利，力求迅速消滅東哥特王國。東羅馬軍隊由阿非利加行省渡海，先收復西西里島，在意大利南部登陸，佔領了那不勒斯，很快就收復了羅馬城。公元555年東哥特王國滅亡。雖然東羅馬帝國獲得了戰爭的勝利，但軍隊已有厭戰情緒。查士丁尼沒有精力再向西擴張了。
不管怎樣，查士丁尼還是取得了西征的勝利，個人威望達到了空前的高度。
查士丁尼的經濟政策
查士丁尼爲了鞏固自己的統治，在經濟政策方面進行了一系列調整：
第一，千方百計充實國庫，這既是爲了籌足軍費，更是爲了應付薩珊王朝的糾纏。果然，在東羅馬軍隊消滅汪達爾王國並開進意大利之後，薩珊王朝就派人來向查士丁尼索取戰利品了。查士丁尼以西部戰爭尚未結束爲由，沒有答允薩珊王朝的要求，薩珊王朝譴責查士丁尼背信棄義。
查士丁尼是怎樣充實國庫的呢?他認爲關鍵是打開通往東方的商道，這既可以獲得東方商品以牟利，又可以在貿易發展的過程中增加稅收。但由於薩珊王朝控制了波斯灣，商路不暢，所以查士丁尼決定開闢南北兩路，繞道而行。南路，由紅海東航，直達東方。北路，由黑海北岸東行，經過中亞，通往東方。這兩條新商路開通了。
第二，大力推進租佃制，讓農民有更大的生產經營積極性。在羅馬帝國東部地區，城市中的工商業戶使用奴隸作爲勞動力的情況早在公元3世紀以後就已罕見，但在鄉村，自由民經營農業和大地產經營農業的狀況是並存的，而大地產中仍有使用奴隸勞動的情況。查士丁尼認爲，要繼續釋放奴隸，鼓勵大地產改爲租佃制，以調動租佃戶的生產經營積極性。過去，釋放了的奴隸獲得的是自由人身份，而現在，查士丁尼使釋放了的奴隸獲得的則是羅馬公民的身份。
第三，查士丁尼在被收復的土地上執行的政策是“物歸原主”。這主要是指地產而言。查士丁尼是重法制的，他認爲“物歸原主”原則不可更動。如果原主人及其後代都已經死亡，那就另當別論了。此外，如果原來地產上有些勞動者是奴隸，那麼這些奴隸當時逃走了就算了，不必把他們的後人再找回來當奴隸。
皇權的強化
公元532年，君士坦丁堡爆發了具有深刻社會背景的“尼卡騷亂”。“尼卡”是希臘語“勝利”的意思。由於城市居民彼此以暗號“尼卡”相互聯繫，傳遞信息，所以這場騷亂被稱爲“尼卡騷亂”。多年以來，君士坦丁堡流行着馬車競賽，這是羣衆的一種娛樂、競技活動。參加者以社區爲單位，以賽手衣着的顏色作爲區分。慢慢形成了兩大派，即綠派和藍派。每派後面都有王公貴族和富人作爲支撐，並且添加了政治色彩，即綠色代表農場、綠地，藍色代表海洋、水路貿易。賽場上兩派互相漫罵、攻擊。532年的“尼卡騷亂”就以互相漫罵、廝打開始，兩派都高喊“尼卡”，羣衆情緒一時難以控制，一起毆打在場的貴族、官員和富人，最後匯成大騷亂，並蔓延到街頭、廣場。騷亂的民衆焚燒官署，搗毀貴族和富商的府第，搶劫武器，佔領監獄，並要求罷免某些大臣。消息很快傳入宮中，查士丁尼允諾撤換司法部門和財政部門的大臣，以爲這樣一來事件就會平息。不料公衆不相信皇帝的承諾，騷亂持續，全城都被公衆控制。查士丁尼最終決定進行鎮壓，命令軍隊平定騷亂。查士丁尼判斷，騷亂的背後一定有一些元老和貴族的支持，所以在事件平息後，着手對這些元老和貴族進行大清洗。
查士丁尼認爲，爲了扼殺再發生“尼卡騷亂”之類事件的可能性，必須強化皇權，除了加強軍力以外，還要削弱元老院的影響。
查士丁尼爲了統一人們的思想，對於非基督教的異教加強了鎮壓。他認爲這些異教邪說是不利於皇權的鞏固的。他下令關閉了著名的雅典哲學學院，許多教授被趕走了，有些教授逃往伊朗，學院的財產也被沒收。
查士丁尼神化皇權和他本人的另一項重要措施是大建教堂，費錢再多也在所不惜。君士坦丁堡原來的聖·索菲亞教堂在公元532年“尼卡騷亂”時被羣衆焚燬。查士丁尼不想在原址上修復，決心重建。費時6年，耗費的黃金總量多達32萬磅，據說爲此耗盡了國庫裏的黃金，終於建成了新的聖·索菲亞大教堂，其恢宏程度遠遠超過了羅馬城內所有的教堂(見圖1)。除聖·索菲亞大教堂外，在首都君士坦丁堡，查士丁尼還新建和改建了24座教堂。而在東羅馬帝國境內的其他城市，也都仿照君士坦丁堡而大建教堂，總數達1000多座。
查士丁尼王朝的終結
查士丁尼自公元527年登上皇帝寶座到公元565年因病去世，在位38年。皇后狄奧多拉死於公元548年。她死後，查士丁尼變得心灰意冷，疑心越來越重，對誰都不相信，一心想使自己神化，並使這種神化成爲制度。
查士丁尼年老時同大多數老皇帝一樣，好猜忌、多疑，唯恐將領、貴族和身邊的人篡位奪權。跟隨他幾十年的大將貝利撒留立功無數，威信極高，一直到老年時還率軍打敗了匈奴人從北部邊境對君士坦丁堡的進犯。但戰爭一結束，查士丁尼就撤去了他的兵權。
查士丁尼臨終前，帝國從外表上看仍是強盛的，但國庫已經空虛，兵力也已大大減少。有限的兵力除了分佈於東帝國各地外，還要分佈於查士丁尼收復的失地。留守於首都君士坦丁堡的，不過是少數禁衛軍而已。
查士丁尼死後，接下來的三個皇帝是：查士丁二世(公元565-578年)、提比留二世(公元578-582年)、莫利斯(公元582-602年)。他們雖然稱不上是什麼雄才大略的君主，但也都不是昏君或暴君。他們力圖支撐起這座已千瘡百孔的大廈，卻都力不從心。而國際形勢則繼續發生不利於東羅馬帝國的變化。
第一個變化是：公元568年，日耳曼人中的一支倫巴第人從北部進入意大利，趕走了駐防在意大利北部的東羅馬軍隊，建立了倫巴第王國。據說他們比任何其他北方蠻族部落都更爲兇殘，西羅馬帝國境內那些曾被東哥特人佔領的地區的意大利人又陷入苦難之中，而東羅馬政府對此已無能爲力。
第二個變化是：在東羅馬帝國北部邊境上，又聚集了兩支準備入侵的蠻族軍隊：一支是斯拉夫人，他們由東歐南下，陸續進入巴爾幹半島;另一支是阿瓦爾人。阿瓦爾人是中國南北朝時期北方遊牧民族柔然人的一支，屬於鮮卑族，他們約在公元5世紀初在中國北方建立了強大的國家，即柔然汗國。柔然人起先想南下，但中國北方這時已建立較強大的北魏政權，後被北魏擊敗。突厥人原來依附於柔然汗國。柔然人被北魏打敗後，突厥人力圖擺脫柔然的統治，並於公元552年打敗柔然。柔然人被迫西移，越過烏拉爾山，進入東歐，再南下逼近東羅馬邊境。公元582年，柔然人(這時被稱爲阿瓦爾人)侵入東羅馬境內，成爲東羅馬的又一勁敵。
第三個變化是：由於賦稅加重，兵源又不足，只有使軍費不斷增加才能招募新兵來對抗斯拉夫人和阿瓦爾人的南侵，查士丁尼以後的三個皇帝都爲此事發愁。三個皇帝中的最後一位——莫利斯想出了一個辦法，就是禁止修道院收容難民。這等於斷了修道院的財路。逃難者則認爲莫利斯斷了他們的生路。
由於軍費不足，軍隊發不出軍餉，軍官和士兵都反對莫利斯。公元602年，軍官福卡斯發動政變，篡奪皇位，殺死了莫利斯皇帝、皇后和他們的子女，查士丁尼王朝亡。朝中的大臣和貴族大批被處決。福卡斯是一個野心家，急於立功，下令把駐防在巴爾幹防區的軍隊調往西亞，同伊朗薩珊王朝開戰，不料竟被打敗。而巴爾幹防區空虛後，阿瓦爾人乘虛進攻，一直打到君士坦丁堡城下。在這萬分危急之際，君士坦丁堡的臣民請求阿非利加總督赫勒克留率軍來保衛君士坦丁堡。赫勒克留以年長爲藉口，派兒子小赫勒克留率艦隊在君士坦丁堡登陸，保住了君士坦丁堡，並推翻了篡位者福卡斯。
公元610年，小赫勒克留被擁戴爲皇帝，從此開始了東羅馬帝國的另一個王朝：赫勒克留王朝。
