在大化改新過程中，革新派與守舊勢力進行了長期的尖銳複雜的鬥爭。
公元645年9月，古人大兄皇子謀反。古人大兄是舒明天皇和蘇我馬子的女兒法提郎援所生的皇子，與蘇我氏有很深的關係，蝦夷、入鹿父子曾極力擁立他爲天皇。入座被殺後，他以“勤修佛道，奉佑天皇”爲名，出家到吉野，勾結蘇我田口臣川掘、物部樸井連椎於、吉備笠臣垂、倭漢文直麻呂、樸市秦造田來津策劃叛亂。據井上光貞考證，“蘇我田口臣川掘是推古朝時住在大和國高市郡田口村的蘇我氏一族(《新撰姓氏錄》)，物部樸井連椎於是樸井地區的物部氏一族，倭漢文直麻呂是和蘇我氏有密切關係的東漢氏的一族。”可見這些人都是反革新的守舊勢力的代表。由於吉備笠臣垂的自首，古人大兄皇子的陰謀暴露，中大兄立即派兵鎮壓。古人死。
大化5年(649)，蘇我日向誣告其異母兄右大臣蘇我石川麻呂要謀害中大兄皇子，中大兄迫使石川麻呂自盡。石川麻呂是與入鹿有矛盾，被革新派爭取過來的，但思想仍然守舊。大化4年(648)廢止古冠時他和左大臣堅持戴古冠，以抵制新的官僚體制。中大兄胎日向告發的機會除掉了推行改革事業的障礙。
白維4年(653)，中大兄奏請孝德天皇遷都飛鳥，以便控制守舊勢力。天皇不許，中大兄不顧天皇的反對，率領皇族和羣臣回到飛鳥。孝德天皇陷於孤立，第二年飲恨死去。
孝德天皇死後，中大兄之母前皇極天皇重登位，稱齊明天皇(公元655年—公元661年在位)。她大興土木，修建宮殿樓閣，給人民帶來沉重的徭役負擔，引起民怨。
公元658年，孝德天皇之子有間皇子陰謀叛亂。當年11月，齊明天皇和中大兄皇子去紀伊的牟婁溫泉療養，首都留守官守舊勢力的代表人物蘇我赤兄舉出天皇的失政三條，即：大修倉庫，積聚民財;穿鑿水渠，耗費公糧;以舟運石，累積爲丘。並以此爲由鼓動有間皇子叛亂。有間皇子準備舉兵，但蘇我赤兄見事難成功，於是轉而派人逮捕有間皇子，同時使人報告中大兄。中大兄將有間皇子絞死在藤白阪(今和歌山縣海南市)。
壬申之亂
近江朝廷嚴密監視在吉野的大海人皇子，並積極備戰。大海人聞訊後決定舉兵。弘文天皇元年(公元672年)，大海人離開吉野，經伊賀、伊勢，來到美濃，以此爲根據地，發動東國軍隊。東國與皇室有密切的關係，自6世紀以來朝廷關注東國;在那裏設置了不少屯倉，舍人的大部分都是由東國徵調來的。大化革新時首先在東國造戶籍，校田畝，實行改革。因此，那裏封建官僚貴族的力量比較強大，而守舊勢力卻比較薄弱。大海人舉兵之後，東國的國司、郡司紛紛加入大海人的隊伍。大海人搶先佔領了不破道和鈴鹿道，截斷了近江朝廷與東國的聯繫。公元672年7月初，大海人的兩路大軍分別向近江、大和迸發。同年7月22日，一路軍隊平定大和，另一路軍隊在獺田川戰役中取得決定性勝利，第二天大友皇子自組而死。歷時1個多月，遍及大和、山城以至伊賀、伊勢、美濃、近江等國的內戰，以大海人皇子的勝利告終。這次內戰發生在壬申年，所以被稱爲“壬申之亂”。
大海人迅速取得勝利的主要原因是得到東國新興中小封建官僚貴族國司、郡司的積極響應。大海人離開吉野時，手下只有舍人、女官30多名，但由於得到東國中小封建貴族的大力支持，很快佔領了軍事要地，組成了數萬大軍，打敗了近江朝廷。以大友皇子爲首的近江朝廷則失去了地方中小貴族的支持，朝廷四處派遣調兵的使者，但均沒有成功。聽到大海人舉兵的消息，“羣臣悉鄂，京內震動”，朝廷內部一片混亂，有的想投奔東國，有的逃隱山澤。
“壬申之亂”是大海人皇子和大友皇子的皇位之爭，但實質是革新派與守舊勢力之間的一場殊死搏鬥。
