蘇我氏到了這個時代，樹大招風，加上自身的專制和蠻橫，招致了朝野上下的很多反對之聲。雖然蘇我氏家族一直權傾朝野，但爲了維護自身的地位，過得也是相當不容易。即使是自己家族的女人做了天皇，這種狀況還是如此。
這確實是個很令蘇我氏家族鬱悶的結果——推古天皇和聖德太子，一心想怎麼改革一下，讓日本能夠擺脫現有的社會中的重重矛盾，在國際社會上出人頭地。蘇我馬子把自己的外甥女嫁到皇室，真的就如同潑出去的水，最後都向着婆家了。
在女天皇的寶座還沒有坐熱乎的時候，據說蘇我馬子曾經請求女皇把葛城賜給他作爲領地，但是女王委婉地說：“我也是蘇我氏家族的人，按理說，只要是舅舅提出來的要求，晚上提出的就不會等到天亮，白天提出的總不會拖到天黑，我總是放在首位。但此次，舅舅的請求太過分了。如果我答應了，就等於是把領地無緣無故地下賜。這樣，我在後代君王乃至史書那裏，都會被罵爲愚蠢。”
這位女天皇，已經不買蘇我馬子的賬了。爲了平衡朝廷的權力，女天皇冊封用明天皇的遺子廄戶爲東宮，同時授予他“攝政”的頭銜，期望他能和蘇我氏抗衡。
這位東宮，就是聖德太子。這是一位野心勃勃的太子。在執政時期，他派出很多留學生去中國，學習隋唐的制度、禮儀與學問。這些“海龜”受到朝廷的重視，聖德太子多方採納留學生的意見，決定着手進行改革。聖德太子的改革措施，主要有制定冠位、制定憲法、提倡佛教、恢復中日邦交和編纂史書等。
冠位制定於推古天皇十二年(604年)，第二年開始實施。冠位不能世襲。因此冠位制的實行，在一定程度上起到抑制氏姓門閥勢力和選拔人才的作用，並推進了貴族的官僚化和以天皇爲首的官僚體制的形成——這在一定程度上也制約了蘇我氏權力的泛濫。
在制定冠位的同時，聖德太子還制定了17條憲法。說是憲法，其實和法律並沒有多大的關係。17條憲法更像一個思想教科書，目的是宣揚中國的儒學思想，向日本人灌輸“國靡二君，民無兩主;率士兆民，以王爲主”的思想，加強皇室地位和皇權。
聖德太子還特別推崇佛教。自己也投入了佛教，以自己的名義帶頭建立斑鳴寺(法隆寺的前身)，還親自在宮中講解佛經。在皇室的推崇和倡導下，日本國內很快出現了弘揚佛法、競造佛寺的局面。到推古天皇三十二年(624年)，日本寺院猶如雨後春筍般出現，從事僧侶職業的人也大大增加。
除以上之外，聖德太子在中日邦交方面也作出了很多努力。聖德太子的改革，在某種程度上抑制了氏姓貴族尤其是蘇我氏的勢力，遺憾的是這些措施並沒有從根本上解決日本的社會危機。而蘇我氏愈加跋扈起來。
蘇我馬子去世之後，蘇我家掌權的人物是蘇我蝦夷，在推古天皇去世之後，蘇我蝦夷和他爹一樣，也妄想在天皇的人選上插一手。他很想自己定嗣位，又怕不能服衆。蘇我氏一派極力擁戴田村皇子，而境部臣摩理勢等則推薦山背大兄(聖德太子之子)，並幾度與蘇我蝦夷發生衝突。
山背大兄的支持者實在是太少，蘇我蝦夷又尋了個機會，將幾個山背大兄的支持者捉住殺掉了。最終，在清除異己之後，蘇我蝦夷選立了自己心目中的天皇。
蘇我入鹿比之父親和祖父更爲蠻橫無謀，他的想法更是斬草除根，希望將聖德太子的支脈全部幹掉。蘇我入鹿襲擊山背大兄王，逼迫上宮王族(聖德太子一族)自殺。
極端瘋狂終於遭到反擊，645年，中大兄皇子等人在皇極天皇的面前殺了蘇我入鹿。同時，蘇我氏的同黨也遭到了清洗，蘇我蝦夷見大勢已去，自焚而死，蘇我氏就此退出了歷史舞臺。
功高蓋主，自然是會被統治者所忌憚的。蘇我氏家族在朝中權勢過大，又堅持反對革新，自然會被統治階級排除在權力中心之外。
