兩區分治
這次戰爭中，普魯士首次動用整頓過的軍隊，並充分顯示實力。不過，奧地利忽略普軍力量，在18個月後付出代價。1865年8月14日，普魯士與奧地利簽署加斯泰因條約，分別管理石勒蘇益格和荷爾斯泰因。
普奧戰爭
奧普兩國對於公國的管理和未來地位，不久後就有齟齬。俾斯麥就以此爲由，在兩年後策劃普奧戰爭。奧地利在克尼格雷茨戰役失敗後，德意志邦聯被解散;奧地利撤出荷爾斯泰因，結果普魯士兼併該地和石勒蘇益格。 縱然如此，兩地夾雜着丹麥裔和德裔居民，而有關國家又有封建義務，令不少人認爲石勒蘇益格-荷爾斯泰因問題難以應付。對此，帕爾姆斯頓子爵曾說過：“只有三個人瞭解過問題，一個已經去世了，第二個已經瘋了，第三個就已經忘了。”這三人分別是艾伯特王子、一位德裔教授和他自己。
影響
就條約權益而言，石勒蘇益格的丹麥人之地位，就由1864年維也納條約 (該年10月30日) 和布拉格和約 (1866年8月23日)決定。根據前者的第十九條條款，丹麥所割讓領土中的丹麥裔居民，可以在簽約國批准條約的六年之內，加入丹麥國籍、帶着個人財產與家人移居丹麥，並保留在公國的不動產。該條款最後一段："Le droit d'indignat, tant dans le royaume de Danemark que dans les Duchés, est conserve a touts les individus qui le possèdent a l'époque de l'échange des ratifications du présent Traité".根據布拉格和約第五條條款，奧地利將石勒蘇益格割讓給普魯士，條件就是如若石勒蘇益格北部的居民希望與丹麥合併，將通過自由投票決定。在總人口約十五萬人的石勒蘇益格北部，大約五萬名丹麥居民利用條款選擇移居丹麥，結果被驅逐到丹麥，等待公投舉行，以期重返原居地。然而，公投從未舉行過。條約聲稱會舉行公投，其實僅僅是外交工具，爲了挽回拿破崙三世的面子。普魯士始終不想放棄征服所得領土，寸步不讓。在普法戰爭取勝後，普魯士更不再裝作會舉行公投。根據1878年10月11日簽署的維也納條約，有關公投的條款被廢除，奧地利亦批准之。
