康熙幼年智勇雙全除鰲拜的故事一直是歷史文學作品裏的熱門主題，雖說是一朝之君，但小小年紀如何清除頑黨，或許幕後的推手是不可缺失的重要角色。
玄燁年齡還小，對此自然難以應付，但政治經驗豐富的孝莊，卻不露聲色地密切注視事態發展，在繼續任用輔臣的同時，採取了一些防患於未然的措施。
康熙四年(1665年)九月初八日，稟照祖母慈諭，12歲的玄燁舉行大婚典禮，索尼的兒子內大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宮，遏必隆之女落選，成爲皇妃。選中赫舍里氏爲皇后，對清朝元老索尼及其家族予以榮寵的籠絡措施。玄燁大婚標誌少年皇帝正在步入青年，其親理政事已爲期不遠。換言之，孝莊是以此爲孫兒早日親政制造輿論，打下基礎。當鰲拜得知玄燁選後的結果時，因希冀落空，“心懷妒忌”，氣惱萬分，竟與遏必隆一起入宮“奏阻”。
此前，玄燁已開始廣泛求言，製造輿論，通過各種舉措，糾正輔臣的種種失誤與施政弊端，這使朝中人心振奮，玄燁威望日增，鰲拜逐漸孤立。鰲拜集團附者甚衆，盤根錯節，已控制中央機構各要害部門。爲最大限度地減少動盪，孝莊幫助玄燁制定了“擒賊先擒王”康熙八年(1669年)五月十六日，鰲拜奉召進宮，旋即被衛隊擒拿，其主要黨羽也先後被逮捕歸案。考慮到鰲拜以往的功績，玄燁對他予以寬大處理，免死，籍沒家產，終身監禁。
踢開清朝向前發展的絆腳石後，玄燁真正掌握了清朝大權。短短几年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，爲其後平定三藩之亂，打下重要基礎。
當時，玄燁年僅16歲，還缺乏足夠的智謀與經驗。若無祖母的指教，他很難在親政後第三年，便一舉剷除這一把持朝政多年、勢力頗大的宗派集團，穩妥、徹底，不留後患。
孝莊指導玄燁寬大處理鰲拜集團，也是對當年兩黃旗大臣同心合力，擁立幼主(福臨)的回報，表明她爲保護幼孫，並從清朝的長遠統治計，不得不清除對她效忠多年的老臣時，仍舊手下留情。作爲最高統治集團的核心人物之一，這種做法尤爲難能可貴。
