康熙幼年智勇雙全除鰲拜的故事一直是歷史文學作品裏的熱門主題，雖說是一朝之君，但小小年紀如何清除頑黨，或許幕後的推手是不可缺失的重要角色。
玄燁繼位後，四輔臣“擔當國事，裁決庶務;入白太后，則別無可否，惟唯諾而已。”可見孝莊放手使用，四輔臣權力很大。加之缺乏監督、約束的機制，輔臣中個別人逐步走上結黨營私、擅權亂政之路。
由於歷史的原因及某些政見不同，輔臣中兩黃旗的索尼(正黃旗)、遏必隆、鰲拜(鑲黃旗)，與正白旗蘇克薩哈的關係日漸緊張。另一方面，隨着時間的推移，鰲拜居功自傲，權力慾逐步滋長，他聯合遏必隆，擴展鑲黃旗實力，擅殺朝中與自己存有積怨的滿臣，專橫跋扈的作風愈來愈顯著。
四輔臣於輔政期間做了不少有益的事，然而對處理滿漢關係，卻採取保守、倒退方針，在恢復祖制、首崇滿洲的旗號下，歧視漢官，使後者的積極性受到嚴重挫傷。當時，反清復明的戰火尚未完全平息，經濟凋敝，百廢待興。因滿臣還缺乏治理經驗，又不能與漢官密切合作，以致大大妨礙了國家機器的正常運轉，而一些投機分子逐步取得輔臣信任，爲非作歹，更加重了問題的嚴重性。玄燁親政前夕，已是“學校廢弛而文教日衰”，“風俗僭越而禮制日廢”，地方、朝中弊端叢生。
玄燁年齡還小，對此自然難以應付，但政治經驗豐富的孝莊，卻不露聲色地密切注視事態發展，在繼續任用輔臣的同時，採取了一些防患於未然的措施。
康熙四年(1665年)九月初八日，稟照祖母慈諭，12歲的玄燁舉行大婚典禮，索尼的兒子內大臣噶布喇之女赫舍里氏正位中宮，遏必隆之女落選，成爲皇妃。
在爲孫兒擇立皇后時，孝莊捨去遏必隆之女，選中赫舍里氏，旨在防範鰲拜借鑲黃旗之女成爲皇后之機，進一步擴大實力，同時也是針對主幼臣驕的情況，對清朝元老索尼及其家族予以榮寵的籠絡措施。
孝莊此舉還改變了皇太極和福臨時期，皇后莫不出自蒙古博爾濟吉特氏的慣例。這並不意味着忽視滿蒙貴族聯姻政策，而是從鞏固皇權、安定政局的現實需要出發，反映出這位傑出女性的戰略眼光與靈活策略。
玄燁大婚標誌少年皇帝正在步入青年，其親理政事已爲期不遠。換言之，孝莊是以此爲孫兒早日親政制造輿論，打下基礎。
當鰲拜得知玄燁選後的結果時，因希冀落空，“心懷妒忌”，氣惱萬分，竟與遏必隆一起入宮“奏阻”。這恰恰證明孝莊此步棋的巧妙:既分化了四輔臣，使索尼同鰲拜之間出現芥蒂，又促使索尼更爲效忠皇室，增加了皇室的力量。不過，從其後情況看，孝莊這時對鰲拜還未完全失去信任，仍希望他在輔臣任內能夠善始善終。
康熙五年(1666年)，發生圈換土地事件。鰲拜在索尼、遏必隆支持下，將清朝入關初期圈佔土地時分配給鑲黃旗與正白旗的土地，強行互換，並再次圈佔大量土地，致使廣大農民流離失所，加劇了滿漢民族矛盾。三輔臣還不顧玄燁的反對，矯詔將反對此舉的大學士管戶部事務蘇納海(正白旗)等三名大臣處死，造成一大冤案。這一事件說明，鰲拜並未領會孝莊的包容苦心，在擅權亂政路上愈走愈遠。因此，孝莊也相應採取了進一步措施。
康熙六年(1667年)七月初七日，玄燁“躬親大政”，輔臣“仍行佐理”。孝莊特爲孫兒收權安排一過渡階段，以使他在實踐中逐步提高;同時也讓輔臣有個適應過程，將他們因交權而產生的失落感，減少到最低程度，從而保證此次權力交接穩妥進行。
可是，樹欲靜而風不止。康熙六年六月索尼去世後，鰲拜成爲首席輔臣，遏必隆對他亦步亦趨，蘇克薩哈更加孤立。玄燁親政伊始，蘇克薩哈請求“往守先帝陵寢”，以期迫使鰲拜、遏必隆也辭去輔政。鰲拜爲清除異已，獨掌輔政大權，竟羅織蘇克薩哈的“罪狀”，企圖將他置於死地。儘管玄燁堅決反對，但鰲拜等不肯罷休，一連七日強奏，竟將蘇克薩哈及子孫全部處死，並籍沒家產。
蘇克薩哈被清除後，鰲拜的權勢進一步擴大。他飛揚跋扈，“欺君擅權”，“文武各官盡出門下”，甚至在“御前呵叱部院大臣，攔截章奏”。玄燁去海子(南苑)狩獵時，讓隨行的鰲拜奏聞祖母，鰲拜“乃不遵旨，反雲皇上自奏”，全然不把玄燁放在眼中。他的種種行徑，已構成對皇權的嚴重威脅。至此，孝莊終於作出決斷，支持並指點孫兒擬定清除鰲拜集團的全盤部署。
此前，玄燁已開始廣泛求言，製造輿論，通過各種舉措，糾正輔臣的種種失誤與施政弊端，這使朝中人心振奮，玄燁威望日增，鰲拜逐漸孤立。與之同時，玄燁在身邊聚集起一批年輕的滿族貴族成員，索額圖即是其中的突出代表。索額圖爲索尼之子，孝莊選中他的侄女赫舍里氏做皇后，加深了索尼家族與清皇室的關係，也加強了正黃旗對皇室的向心力，並影響到鑲黃旗。索額圖對玄燁十分忠誠，在清除鰲拜集團的過程中，成爲玄燁得力的助手。
鰲拜集團附者甚衆，盤根錯節，已控制中央機構各要害部門。爲最大限度地減少動盪，孝莊幫助玄燁制定了“擒賊先擒王”，迅速打擊主要黨羽，震懾其他成員，穩妥解決問題的基本策略。據此，玄燁命索額圖祕密組織起一支善於撲擊的少年衛隊，又於行動前，有意將鰲拜的部分黨羽遣往外地，以分散其力量。可以肯定，玄燁還採取了其它一些周密部署。
康熙八年(1669年)五月十六日，鰲拜奉召進宮，旋即被衛隊擒拿，其主要黨羽也先後被逮捕歸案。考慮到鰲拜以往的功績，玄燁對他予以寬大處理，免死，籍沒家產，終身監禁;對其衆多追隨者，也只處死最主要的幾人，其餘一律寬免;就連遏必隆也被免罪，僅革去太師，後又給還公爵，值宿內廷，恢復對他的信任，從而團結了鑲黃旗。
清除鰲拜集團，排除了威脅皇權的潛在危險，踢開清朝向前發展的絆腳石後，玄燁真正掌握了清朝大權。他在“首崇滿洲”的原則下，着力改善滿漢關係，崇儒重道，發揮漢族官員積極性，發展生產，恢復經濟。短短几年內，政局進一步穩定，得到漢族地主階級更廣泛的擁護，經濟也有起色，爲其後平定三藩之亂，打下重要基礎。
剷除鰲拜集團這場驚心動魄的政治較量，是玄燁君臨天下後，祖母對他的一次關鍵性指導與幫助。當時，玄燁年僅16歲，還缺乏足夠的智謀與經驗。若無祖母的指教，他很難在親政後第三年，便一舉剷除這一把持朝政多年、勢力頗大的宗派集團，穩妥、徹底，不留後患。顯然，鰲拜集團存在時間愈長，對清朝的危害愈大，勢必積重難返;如果玄燁的治國方針受到阻撓，三藩之亂將更加曠日持久，康乾盛世的出現也會大大推遲了。
對鰲拜集團的鬥爭過程中，孝莊、玄燁祖孫相互加深瞭解，感情更爲深厚。其間，玄燁表現出他那一年齡少有的膽略和傑出組織才能，使孝莊滿意而欣慰;另一方面，玄燁也從祖母身上學到很多東西，除去縝密的思想方法，堅決、果敢的作風外，對他印象最深的，是祖母對人處事寬厚豁達的態度。正是在祖母的影響下，他處置鰲拜及其黨羽時，運用寬嚴相濟，打擊面小，安撫、團結絕大多數朝臣的策略，收到人心安定、朝政穩固的效果。孝莊的言傳身教，使玄燁逐步具備了一代名君所應有的寬闊心胸與氣度，這不僅在此次鬥爭中顯示出來，在他其後的漫長統治歲月裏，無論是平息黨派之爭，處理二廢太子事件，或採取其它重要舉措，這種方針、策略依然被保留下來。足見孝莊的智慧、品德與作風，已經體現在孫兒身上，由他繼承併發揚光大了。
還需指出，孝莊指導玄燁寬大處理鰲拜集團，也是對當年兩黃旗大臣同心合力，擁立幼主(福臨)的回報，表明她爲保護幼孫，並從清朝的長遠統治計，不得不清除對她效忠多年的老臣時，仍舊手下留情。作爲最高統治集團的核心人物之一，這種做法尤爲難能可貴。
