731部隊的前身
是石井四郎於1932年在中國東北哈爾濱市郊的背陰河設立的東鄉部隊。該部隊最早的開始進行了在日本國內無法進行的人體實驗。
1932年，石井四郎率部隊修建中馬城，在哈爾濱市郊的監獄。1935年的一次監獄暴動迫使石井關閉中馬城。石井到離哈爾濱更近的平房區重新設立一個新的設施。
673部隊在黑河孫吳縣建立細菌實驗基地，包括動物飼養、制菌室等300間建築。
得名由來
“731”在“背蔭河時期”(1932~1934)有三個歷史名稱：對外稱“關東軍防疫班”,而內部的祕密稱呼是“加茂部隊”或“東鄉部隊”。日本學者鬆村高夫在《戰爭與惡疫》一書中寫道：“(1932年石井四郎)在哈爾濱東南約70公里的五常縣背蔭河的防疫班(東鄉部隊)開始了細菌戰研究。”臺灣學者藤井志津枝在《731部隊———日本魔鬼的生化恐怖》一書中寫道：“1932年，陸軍省、參謀本部和關東軍的軍頭聽從石井的建議，首先在哈爾濱附近的背蔭河設立‘關東軍防疫班’，匿名是加茂部隊……”據此可知，在背蔭河時期“731”的公開名稱是“關東軍防疫班”;而其祕匿名稱有兩個：“加茂部隊”和“東鄉部隊”。《惡魔的飽食》一書的作者森村誠一在他的書中也談到，731部隊老兵們告訴他當時有兩個隱祕名稱：加茂部隊和東鄉部隊。
關於“加茂部隊”名稱的來歷，是由於“加茂”是石井四郎家鄉的名稱，而跟隨石井到背蔭河的人員大多是由石井從加茂招募而來。關於“東鄉部隊”名稱的來歷，是由於石井四郎的化名叫“東鄉春一”(一說“東鄉肇”)，因石井崇拜日俄戰爭(1905年)中日軍擊敗俄軍的統帥東鄉平八郎。在“平房時期”(1935~1945),731部隊的對外名稱先後爲“關東軍防疫部”和“關東軍防疫給水部”;祕匿名稱則爲“石井部隊”、“奈良部隊”、“滿洲第731部隊”等。隆二在伯力法庭上曾供述：“該部隊在成立初期是稱爲‘防疫部’，而在(1940年)改編後則稱呼爲‘防疫給水部’了。”另一次庭審中又供述：“1941年前，這部隊還沒有正式番號，只稱呼爲關東軍‘防疫給水部’，同時又叫做石井部隊，因爲日軍中各個部隊通常是按該部隊長官姓氏來稱呼的。1941年，關東軍總司令下令全軍所有各部隊及機關都採用番號時，於是這部隊就開始命名爲第731部隊。”“731部隊”一名，1941年以後纔開始使用。但今天的人們把日軍任何時期的在哈爾濱的細菌戰部隊都稱之爲“731部隊”。在日本，有的學者甚至把“731部隊”用作“日本細菌戰”的代名詞。
關於“奈良部隊”，這是731部隊在1940~1942年間向華中地區派出的細菌戰遠征隊的祕密名稱。據當時日軍大本營參謀本部作戰課參謀井本雄男大佐的工作日誌《井本日誌》記載： 731部隊1940年9月至10月曾在浙江寧波一帶實施細菌戰; 1941年11月4日曾在湖南常德實施細菌戰; 1942年7月至8月曾在浙贛鐵路沿線一帶地區實施細菌戰。731部隊在實施這三次細菌戰時，都組織了一支遠征隊，由這支遠征隊與南京的1644部隊配合去完成實施任務。這支遠征隊爲什麼被稱爲“奈良部隊”曾在1940年參加過遠征隊到浙江實施細菌戰的原731部隊老兵石橋直方說：當時負責組織遠征隊的731部隊總務部庶務課主任叫飯田奈良，於是就以“奈良”作爲遠征隊的祕密代稱。
旗下部隊
細菌武器研究室
設立於日本東京陸軍軍醫學校，位於日本東京新宿，對外稱防疫研究室。1997年新宿曾出土很多殘缺不全的頭顱等人骨，相信曾遭受人爲切割。
關東軍659部隊
本部設於哈爾濱平房區，對外稱關東軍隊防疫給水部，其本部稱爲731部隊。731部隊是舊日本軍(關東軍)防疫給水本部的別名。該單位由石井四郎所領導，因此也稱之爲「石井部隊」。731部隊也是在抗日戰爭(1937-1945)和第二次世界大戰期間，侵華日軍從事生物戰細菌戰研究和人體試驗相關研究的祕密軍事醫療部隊的代稱。
關東軍100部隊
本部設於長春，對外稱關東軍獸疫預防部，下設2630部隊等。負責人高橋隆篤獸醫中將和鬆有次郎獸醫少將。
北支甲1855部隊
本部設在北京的天壇公園西門南側的神樂署，原國民黨中央防疫處所在地，對外稱華北派遣軍防疫給水部，後稱第151兵站醫院，也被稱爲西村部隊。1855部隊部長初爲黑江，後爲菊池齊。1939年，西村英二繼任。下設三個科：
第1科設於協和醫學院，從事細菌(生物)戰劑的研究;第2科設於天壇公園西門南側，從事細菌生產;第3科設於北海旁北京圖書館西原北平靜生生物調查所和北平社會調查所，爲細菌武器研究所。 [8]
此外，在濟南、天津、太原、青島、鄭州、開封、郾城派駐支隊等。
榮字1644部隊
本部設於南京中山東路原南京陸軍中央醫院，對外稱華東派遣軍防疫給水部/中支那防疫給水部，又稱“多摩部隊”。部隊長爲桔田武夫中佐，副部隊長兼研究課長爲小林賢二少佐。下設7個課。榮字1644部隊在上海、南京、岳陽、荊門、宜昌等地派駐12個支隊
波字8604部隊
本部設於廣州原百子路中山大學醫學院內， 對外稱華南派遣軍防疫給水部。是日軍在中國南部的一支重要細菌戰部隊。部隊長先後爲田中嚴大佐、佐佐木高行、佐藤俊二、龜澤鹿郎。下設6個科：
總務科，科長熊倉少佐 ; 細菌研究科，科長溝口少佐; 防疫給水科，科長江口少佐; 傳染病治療科，科長小口少佐 ; 鼠疫培養和病體解剖科，科長渡邊少佐;器材供應科。
岡字9420部隊
本部設於馬來西亞新加坡，對外稱南方防疫給水部。
日本細菌部隊在中國境內有五大部隊，63個支隊。731部隊行徑只是日本侵略軍在佔領滿洲期間(從1931年到第二次世界大戰結束的1945年)犯下的許多戰爭罪行之一，在這期間，1500萬中國人，朝鮮人，菲律賓人，印度尼西亞人，緬甸平民，太平洋島上居民和反法西斯聯軍俘虜被殺害。
