公元311年，劉聰兵入洛陽，俘虜司馬熾，不久將其殺死。遠在長安的西晉遺臣們擁立司馬鄴爲皇帝。然而西晉此時已經沒有任何主動作戰的能力，朝廷剩下的大臣也多是有才無德、崇尚浮華之輩，這些人掌握權柄終將西晉推向覆亡。公元316年，匈奴軍隊攻入長安，俘虜司馬鄴與晉國衆臣，命司馬鄴青衣行酒，執戟開道，甚至爲漢王劉聰掀開廁蓋。
西晉的尚書郎辛賓不堪其辱，抱着司馬鄴痛哭，劉聰大怒，喝令將其推出斬首。同年年底，司馬鄴終被劉聰殺害，葬處不明。司馬睿在王導等人的幫助下，南渡建立東晉，儘管一些風言風語稱其爲牛繼馬後，而東晉一朝始終由門閥把持朝政，皇帝形同虛設。見此情形，北方的乞伏氏、慕容氏、禿髮氏、赫連氏、拓跋氏、沮渠氏等一大批原本忠於西晉的異族勢力也紛紛反晉自立。
東晉皇帝被架空了數十年，門閥也以此換了好幾撥，終於在元興二年(公元403年)，桓玄篡奪東晉帝位，建立了桓楚政權。恰逢底層出身的軍事將領劉裕，以出色的軍事才能和政治野心，聯合東晉衆臣合力打擊桓楚政權，耗費十年精力，最終將其消滅。
平定戰亂之後晉安帝司馬德宗得以復位，但東晉半壁江山的所有實權也落入了劉裕手中。劉裕後將司馬德宗絞死，立其弟司馬德文爲傀儡皇帝，消滅司馬休之，殺害司馬文寶、司馬文祖，處死司馬秀熙，將司馬氏子孫玩弄於股掌之上，亦如當年司馬昭篡奪魏室。
