鳥居龍藏在學術上的成就，表現於將考古學與人類學相結合;除了在日本國內從事考古工作外,還在西伯利亞東部、千島羣島、庫頁島、朝鮮及中國的內蒙古、東北、 雲貴、 臺灣等地進行調查發掘，研究東亞各民族、特別是少數民族的古代歷史和文化，晚年致力於中國遼代文化的研究。他是最早對中國少數民族進行調查研究的日本學者。
他非常重視實地調查，在1895年以後的50餘年間，曾到東西伯利亞、庫頁島、千島、朝鮮，以及中國的東北、西南和臺灣、內蒙古等地進行考察，對當地各民族的歷史、體質、語言、宗教、習俗作了詳細記錄，寫出多種調查報告和專著。他在1896—1899年先後4次對臺灣高山族進行調查，很多研究成果發表在《人類學雜誌》上。
鳥居龍藏堅持歷史與實際相結合的觀點，重視通過考察古蹟文物，廣泛鑽研中、日古文獻，參閱英、法、德文有關資料並對風俗、習慣、語言、宗教等進行全面調查研究，對民族文化進行縱橫分析。學術界認爲他是日本對東亞民族的歷史、文化、民俗進行調查研究的創始人，爲民族學、人類學、考古學開拓了道路。他對中國民族所作的調查研究及所寫出的調查報告，深爲中國學術界所重視。他歷任東京大學副教授、國學院大學教授、上智大學教授。
