衆所周知在封建社會，皇權神聖不可冒犯，但是《明夷待訪錄》的所體現出來的思想非常超前，這是一部具有啓蒙性質的批判君主專制，呼喚民主政體的名著。
《明夷待訪錄》計有《原君》、《原臣》、《原法》、《置相》、《學校》、《取士上》、《取士下》、《建都》、《方鎮》、《田制一》、《田制二》、《田制三》、《兵制一》、《兵制二》、《兵制三》、《財計一》、《財計二》、《財計三》、《胥吏》、《奄宦上》、《奄宦下》，共21篇。
黃氏在《原君》篇中，揭露了封建帝王的罪惡，指出帝王是唯一的害民之賊。他說：“凡天下之無地而得安寧者，爲君也。是以其未得之也，屠毒天下之肝腦，離散天下之子女，以博我一人之產業，曾不慘然，曰：我固爲子孫創業也。
其既得之也，敲剝天下之骨髓，離散天下之子女，以奉我一人之淫樂，視爲當然，曰：此我產業之花息也。然則爲天下之大害者，君而已矣，向使無君，人各得自私也，人各得自利也，嗚呼!豈設君之道固如是乎!”這些話在300年前，是沒有人敢說的，黃宗羲卻大聲疾呼：皇帝是“天下之大害者”、“敲剝者”。因此有人稱讚《明夷待訪錄》是“人權宣言”。
他對封建專制進行猛烈的批評，說它是公私不分，權利義務不平，沒有公法可言。因此他反對“一家之法”，主張“天下之法”，“有治法而後有治人”(《原法》)。他爲了求得人權平等，主張非廢除秦漢以來的“非法之法”不可;要求得天下太平，非廢除專制的君本制度，而改爲民本制度不可。
他呼籲，現今應當是“天下(人民)爲主，君爲客”(《原君》)。他同時也提醒封建時代的臣僚，不要再是皇帝“敲剝”百姓的服役者，而應該是“爲天下，非爲君也;爲萬民，非爲一姓也。”“天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂”。他得出這樣的結論：做官的人如果“不以天下爲事，則君之僕妾也;以天下爲事，則君之師友也。”(《原臣》)
黃宗羲的思想意識中已有責任內閣制的因素，他認爲宰相，一是賢人，二是有職有權的人;
而君主的職位不過是虛名罷了。他在《置相》篇中闡述了這一觀點，他認爲宰相既當責任內閣之權，“四方上書言利弊者……皆集焉，凡事無不得達”。
黃氏也有近代代議制的意識，他在《學校》篇中，已流露出議會政治的萌芽思想。他把東漢的太學清議的歷史意義理解爲近代的議會政治，這是託古改制。黃宗羲的理想是，在中央政府，天子以至公卿都要在太學祭酒的面前就弟子之列，祭酒(類似議長)有權批評政治的得失。在地方政府，郡縣官都要在地方學官的面前就弟子之列，學官對於地方政事缺失，“小則糾繩，大則伐鼓號於衆”。
明、清之際，隨着都市經濟的成長，出現了資本主義的工場手工業，反映到意識形態上，產生了黃宗羲具有資本主義萌芽思想的市民政治學說。中國封建社會，一向是“重農抑商”的。而黃宗羲鑑於社會的變動，面對現實，卻提出“工商皆本”的學說。他說：“今夫通都之市肆，十室而九，……"(《財計三》)
“世儒不察，以工商爲末，妄議抑之。夫工固聖王之所欲來，商又使其願出於途者，蓋皆本也。”(《財計三》)在經濟學說上，黃氏也反映市民的要求，主張廢止金銀貨幣，使用“寶鈔”，而以金銀作爲寶鈔的基金。他這種經濟思想，有利於商品流通，有利於工商業的發展，並啓發了近代的經濟政策。在黃氏看來，明朝末年是封建制度崩潰的前夜，此時，“土力日竭”了，市場停頓了，人民生活的條件被皇帝奪去了，加稅加餉永沒有限制了。他站在市民的立場，還呼籲減輕軍費負擔，主張實行徵兵制度;反對募兵制。
當時農民無地可耕，而土地都被皇室、外戚、閹宦和地方的豪強所霸佔，賦稅苛役特重，就拿江南一帶來說，“一困於賦，再困於役，蓋已皮盡而骨存矣”(《復社紀略》)。黃氏爲了減輕農民的負擔，主張減賦稅(現代研究的事實是，明代的稅收過低，明末賦稅收入已經少到了不正常的地步)。
爲了使人民能生活下去，他又提出“天下大公”的制度。在黃宗羲看來，土地制度的改革，其理想是恢復井田制度。所以他主張“齊之均之”，認爲土地應收回爲國家所有，然後再平均分配給農民耕種。他還主張“授田於民，以什一爲則。未授之田，以二十一爲則。其戶口則以爲出兵養兵之賦，國用自無不足。”(《田制三》)宗羲“齊之”而“均之”的改革論，是在土地制度上的民主主義。他所憧憬的前途是“富民”的世界。他認爲，如果按他的想法去做，這就可以取消封建土地的佔有，給農民以土地，使之成爲自由人。
