1644年，清朝入關，取代大明朝。清軍入關之初，面對各地風起雲涌的反清鬥爭，爲了鞏固統治，採取了殘酷殺戮和無情鎮壓手段，在封建歷史上寫下了黑暗的一頁。不過在大局穩定之後，清朝皇帝轉而採取了較爲現實和明智的治國策略，勵精圖治，革故鼎新，前明延續近300年的許多弊端，也陸續被廢除。
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第一當首推廢除錦衣衛、東廠等特務機構。這些特務機構，純屬朝廷行政機器上的毒瘤，它凌駕於朝廷法務體系之上，完全聽命於皇帝一人，享有超越朝廷法紀的特權，可以不經任何正規程序而肆意監視、逮捕、殺戮官吏。它的存在，完全是皇帝皇權的變相延伸和過度擴展，純屬多此一舉，有百害而無一利。
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第二是成功阻止宮廷閹禍。明朝可謂是歷史上閹禍最爲慘烈的時代之一，王振、劉瑾、魏忠賢等宦官，結黨營私，把持朝政，排除異己陷害忠良，給明朝統治造成極大的危害。清朝皇帝入關之初就深刻認識到這一點，並採取了多種手段嚴厲壓制和管控宦官，使得這些人只能老老實實做個奴僕，故清代沒有出現一例像魏忠賢那樣的閹禍。晚清雖有李蓮英安德海等人一度走紅，但他們頂多也就中飽私囊賺點黑心錢，干預朝政把持大權是遠遠談不上。
第三是廢除廷杖之刑。自朱元璋開始，皇帝在朝堂之上可以肆意毆打體罰大臣，稱爲廷杖。廷杖如同錦衣衛一樣，也是皇權的濫觴和對法紀的踐踏。大臣即使真有罪，由刑部三法司依法懲治即可，皇帝不由分說打人家一頓，甚至當場打死打殘，野蠻殘暴令人髮指，還把其形成一項制度傳承幾百年。清朝則予以果斷廢止，在法治精神上比明朝前進一大步。
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第四是廢除太監監軍制度。明朝皇帝骨子裏有一種天生的不自信和自卑，就是不肯相信大臣的忠心和能力，始終視他們爲外人，對於領兵打仗的將領尤爲疑慮，因此把太監監軍作爲控制監視將領的有效手段。讓毫無軍事才能的太監來干預甚至決定武將的指揮權，結果往往是悲劇性的。清朝則廢除了此項制度。
當然，清朝也延續了明朝的一些弊端併發揚光大，比如繼續變本加厲實行海禁，嚴重製約了國際經濟文化交流，使得清朝發展遠遠落後於世界。另外，清朝還大興文字獄，禁錮思想摧殘文化。清朝甚至還有一些方面遠遜於明朝，比如明朝始終未出現后妃干政，而清朝出了個慈禧禍國殃民。
