1856年9月2日，北王韋昌輝、燕王秦日綱在天王洪秀全的授意下，乘着夜色率領數千精兵突襲東王府，結果東王楊秀清及其家屬、部衆盡遭屠戮。隨後北王以搜捕“東黨”爲名，大殺異己，血洗南京城，約2萬餘人慘遭屠殺。之後北王韋昌輝也於11月2日被殺，燕王秦日綱亦被處死，史稱“天京事變”。
作爲“天國”的天王，洪秀全爲何不直接下令處罰楊秀清，而是利用各王之間的矛盾生事呢？理由很簡單，楊秀清經常被“上帝附體”，一旦“上帝附體”，那麼楊秀清就是天國的最高領導人，因爲他可以代天父言事，甚至曾經下令杖責洪秀全。衆所周知拜上帝會是洪秀全建立的，教義是馮雲山創立，爲何還會冒出個“上帝附體”呢？
事情還得從頭說起，當年洪秀全在廣東第三次參加鄉試，落榜後在家裏生一場大病，病好之後，便說自己是上帝的次子，下凡是來拯救蒼生，建立人間的小天堂的。此後洪秀全便與好友馮雲山在廣東一帶傳教，但取得進展，於是兩人轉移到了廣西。在廣西，兩人一下子拉攏起來數千信徒，也就在此時燒炭工楊秀清也加入拜上帝會。
1847年2月，馮雲山因在桂平帶領會衆搗毀廟宇而被捕入獄，洪秀全返回廣州組織營救。拜上帝會一時間羣龍無首，會衆人心動要，甚至有解散的危險。就在此時楊秀清站了出來，他口吐白沫，跌倒在地，之後起身宣佈自己是“上帝”，要求會衆不要擔心，之後蕭朝貴也來了個“耶穌附體”，通過兩人的努力，從而鞏固了拜上帝教。
之後馮雲山出獄，與洪秀全返回廣西，兩人心裏最明白知道楊秀清、蕭朝貴的伎倆，但鑑於種種原因，還是沒有戳破。編者認爲至少有四方面的原因：其一，戳破楊、蕭二人等於否定拜上帝教；其二，楊、蕭二人在當地頗有威望；其三，楊、蕭二人確有不凡的才能；其四，楊、蕭二人的行爲挽救了拜上帝教。
1851年，金田起義後，洪秀全在永安分封諸王，其中楊秀清被封爲東王，節制其他諸王，同時擔任左輔正軍師，統領太平天國全軍。在轉戰過程中，楊秀清又多次借“天父下凡”向全軍傳達必勝信念，成功地將全軍的意志和力量集結起來。
此外楊秀清雖然沒讀過書，不知兵法，但卻對“行陣機宜，山川形勢，頗能諳習”，他還制定軍律，賞罰有度。當時清朝官方是這樣說的，“其法至嚴，凡有失利取敗，違令私財，重則立斬，輕者責降，不敢徇情，略無姑息。有功亦破格升遷，賞不逾時，而桀驁不馴之徒，遂羣焉俯首，甘心服役，至身臨矢石而不惴，膏塗草野而無悔矣。”
1853年，太平天國定都天京後，楊秀清又組織北伐、西征、東征，鞏固了政權。1856年8月，楊秀清指揮太平軍攻破江南大營後，他以此爲由，再一次“上帝附體”，要求洪秀全把他由“九千歲”加封爲“萬歲”。洪、楊兩人的矛盾達到頂峯，洪秀全遂授意韋昌輝等人誅殺楊秀清。
韋昌輝被殺後，洪秀全出於政治的考慮，將責任全部推卸給韋昌輝，爲楊秀清平反，並將第五子洪天佑過繼給楊秀清，襲爵幼東王，還將楊秀清被殺的那天定爲“東王昇天節”。在今天看來，上帝附體、天父下凡，都是騙人的把戲，太平天國畢竟只是一場舊式的農民起義戰爭，只能依靠宗教來維繫，這樣的運動必然不會取得勝利。
關於太平天國的評價各說紛紜，最後說一個不太提及的觀點。太平天國前後歷時十四年，造成江南地區人口的巨大損失，具體數字至今雖無定論，然均一致估計在數千萬以上，甚至有人口史學者研究估計約有7330萬，這個數字超過了二戰。也許述說戰爭的殘酷，才能讓人們更加珍愛和平。
