在《女醫明妃傳》中，英宗不顧羣臣反對御駕親征，結果由於指揮不當，導致全軍覆沒，皇帝自己也被俘虜。這個事件就是在歷史上很有名的“土木堡之變”。
然而，“土木堡之變”卻疑點重重，這是怎麼回事呢?
在得知瓦剌的也先對明朝邊關進行侵犯後，英宗不顧各位大臣的反對，在太監王振的支持下御駕親征。命令下達了才兩天，大軍就倉促出發，文武大臣亦倉促而行。大家都知道，打仗可並不是一件容易的事情，而他們居然把遠征當兒戲，兩天後就出發。武器、糧食等準備情況可想而知，軍隊也難免會有些混亂。在行動途中，英宗就曾召集大臣要軍隊保證紀律。
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到了宣府的雞鳴山後，很多大臣都反對繼續再向前。負責看天象的欽天監正彭德清向王振表達了擔心，認爲繼續前行恐怕會有身陷險境的危險。結果王振痛罵道：“真要是這樣，那就是天命!”
皇帝到了大同後，跟瓦剌有祕密往來的大同鎮守太監郭敬稱，如果繼續出兵，可能就會中了也先的詭計。這就說明，明軍還打算在境外尋找瓦剌的主力進行決戰。由於衆多大臣不願意繼續出兵，因此明軍決定返回。
結果在返回途中，明軍卻變更了行軍路線。根據原計劃，是從蔚州返回，然而，在行軍過程中，卻變成了從宣府返回。從地圖上看，毫無疑問是蔚州方向更安全。可爲什麼明英宗要走宣府呢?真的是因爲王振怕踩壞了家鄉的莊稼麼?其實不是，無論是軍官郭登還是王振，都是主張從紫荊關走，《實錄》的說法其實是爲尊者諱。正是由於明英宗沒有同意，才造成了後面的悲劇。
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在皇帝回途中，宣府的諜報在跟皇帝說也先的人馬在打你的後軍後，就什麼動作也沒有了，也沒有出援皇帝。這說明，坐擁重兵的楊洪與也先已經達成了默契，至少有通敵嫌疑。更不可思議的是，坐視皇帝被俘的宣府守將楊洪不但未被追究責任，反而被文官升官加爵。
在與也先的戰鬥中，皇帝派出的幾位軍官先後戰死，這裏面就有身爲將門虎子的成國公朱勇，他帶領的四萬精兵也全軍覆滅。很明顯，明軍遇到的是也先主力。
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等明軍到了土木堡後，才發現這裏的水源竟然也被也先斷了。毫無疑問，也先大軍對這裏是非常熟悉。爲了吃掉明軍，也先軍假裝離開這裏，等明軍出來喝水時，也先軍趁機突擊，於是明軍潰散，皇帝也被俘。
土木堡之變後，北京留守文官迅速把持了朝中大權，新任兵部尚書于謙也贏得了北京保衛戰。之後，于謙對皇帝直屬的三大營進行改革，將其改爲十團營，文官于謙成爲首任提督。可以說，通過這次改革，文官集團掌握了軍權。武將勳貴勢力由於在土木堡之變中受損嚴重，導致在朝中難於再與文官勢力進行抗衡，負責統兵的五軍都督府也逐漸成爲擺設，武將的地位也是越來越低。可以說，文官集團是土木堡之變的最大贏家。
